PDB-4pqp: Crystal structure of human SNX14 PX domain in space group P43212

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pqp

タイトル

Crystal structure of human SNX14 PX domain in space group P43212

要素

Sorting nexin-14

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / sorting nexin / phox homology domain / phosphoinositide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / autophagosome maturation / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / phosphatidylinositol binding / late endosome membrane / late endosome / protein transport / lysosome / postsynapse / lysosomal membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Mas, C. / Norwood, S. / Bugarcic, A. / Kinna, G. / Leneva, N. / Kovtun, O. / Teasdale, R. / Collins, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Different Phosphoinositide Specificities of the PX Domains of Sorting Nexins Regulating G-protein Signaling.
著者: Mas, C. / Norwood, S.J. / Bugarcic, A. / Kinna, G. / Leneva, N. / Kovtun, O. / Ghai, R. / Ona Yanez, L.E. / Davis, J.L. / Teasdale, R.D. / Collins, B.M.

履歴

登録	2014年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pqp.cif.gz	190.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pqp.ent.gz	156.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pqp_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pqp_full_validation.pdf.gz	482 KB	表示
XML形式データ	4pqp_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4pqp_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/4pqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/4pqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p2iC 4p2jC 4pqoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k2y-4 2yan-2 1wav-10 1zeg-d 3k2y-6 5u7n-7 3fsw-4 1b20-3 5oxx-d 1gov-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Sorting nexin-14

B: Sorting nexin-14

C: Sorting nexin-14

D: Sorting nexin-14

ヘテロ分子

61.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sorting nexin-14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sorting nexin-14

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Sorting nexin-14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Sorting nexin-14

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.670, 121.670, 82.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )
2	1	chain B and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )
3	1	chain C and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )
4	1	chain D and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	A	563 - 575
1	2	1	chain A and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	A	608 - 644
1	3	1	chain A and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	A	649 - 686
2	1	1	chain B and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	B	563 - 575
2	2	1	chain B and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	B	608 - 644
2	3	1	chain B and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	B	649 - 686
3	1	1	chain C and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	C	563 - 575
3	2	1	chain C and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	C	608 - 644
3	3	1	chain C and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	C	649 - 686
4	1	1	chain D and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	D	563 - 575
4	2	1	chain D and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	D	608 - 644
4	3	1	chain D and (resseq 563:575 or resseq 608:644 or resseq 649:686 )	D	649 - 686

#1: タンパク質	Sorting nexin-14 / SNX14 分子量: 15227.159 Da / 分子数: 4 / 断片: PX domain (UNP residues 561-686) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5W7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% PEG4000, 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→68.2 Å / Num. all: 12933 / Num. obs: 12933 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4.7 / 冗長度: 27.8 % / B_iso Wilson estimate: 89.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.14
反射シェル	最高解像度: 3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→48.948 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2856	629	4.88 %	RANDOM
R_work	0.2343	-	-	-
obs	0.2368	12883	99.95 %	-
all	-	12883	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→48.948 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3435	0	12	19	3466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3563
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.452	4818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.744	1317
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.121	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	611

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	748	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	2	B	748	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	3	C	748	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
1	4	D	714	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.3019	0.3313	167	0.2763	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3019-3.7796	0.3096	146	0.2402	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7796-4.7612	0.2658	154	0.2086	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7612-48.9545	0.2769	162	0.2398	3199	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.9932	-6.2146	0.449	9.842	-3.1799	7.9333	-0.3643	-1.1484	-0.9021	0.1658	0.3718	0.1274	0.1804	0.4898	0.0173	0.6574	-0.0187	-0.0627	0.5083	0.0961	0.4822	132.4762	-33.2727	97.4746
2	4.9742	2.3148	-2.8712	7.0084	-1.8671	9.7565	0.0886	-0.2368	0.7363	0.8053	-0.037	-0.2228	-0.7939	-0.4119	-0.1201	0.5877	0.0804	-0.1022	0.5335	-0.1077	0.4678	130.9221	-25.1632	90.7785
3	4.7688	3.3335	-1.0281	2.0102	-7.8328	6.4213	1.4199	3.8653	-2.2827	-0.0451	-3.1445	-2.932	-1.0552	2.393	0.6978	1.384	1.0804	-0.5638	2.3061	0.0865	1.0732	145.0649	-34.6689	86.4862
4	10.165	2.5363	-4.1369	3.6969	-0.7933	3.1413	-0.4064	-1.15	-0.0547	1.4067	0.1916	0.0956	-0.6006	-0.2413	0.2606	0.8759	0.1252	-0.0795	0.6757	-0.147	0.6272	132.1924	-24.1857	94.1685
5	6.8837	6.2241	-2.1853	7.4902	-1.4963	5.7929	-0.4783	-1.2297	0.4589	-0.0988	0.3127	0.4308	-1.8967	0.0387	-0.0551	1.4394	0.0441	-0.0812	0.5213	-0.1044	0.6599	149.0715	-8.4753	81.0633
6	4.8153	-1.5476	-1.567	3.4862	0.8376	3.6693	0.9471	-1.2079	-0.6554	2.8503	-1.0272	0.4417	-0.0176	0.2036	-0.0762	1.4698	-0.1304	-0.0187	0.5836	0.1029	0.5972	152.2991	-4.3525	84.0642
7	6.4123	1.7558	-3.4348	6.7824	0.9755	5.3686	0.4326	-0.3591	-0.0259	0.47	-0.2271	-0.0085	-0.7745	0.734	-0.2053	0.7926	-0.0024	-0.1046	0.512	0.0559	0.498	153.9188	-12.8297	74.0452
8	6.2567	-5.2257	4.293	9.493	-0.1099	5.3637	-0.5985	-0.1942	-0.4518	0.6652	0.3959	0.8966	-1.3065	0.2797	0.3197	1.4848	0.1368	0.2383	0.5952	0.1105	0.5925	147.9502	-45.7134	63.0334
9	5.7876	-2.1733	0.9923	2.4623	0.2382	2.623	0.7754	0.5295	-0.4903	-2.502	-1.4115	0.2892	0.0561	0.6661	0.4693	1.4758	0.0214	0.1909	0.7173	0.2135	0.7954	152.3677	-51.3801	59.9207
10	6.829	-2.2228	1.1354	7.3402	0.6433	6.0963	-0.4908	-0.1511	0.3928	-0.6353	0.1801	-0.3147	0.0391	0.5032	0.2903	0.6528	-0.0824	0.1005	0.5398	0.0693	0.6668	151.2335	-39.7449	71.3215
11	8.4752	2.8665	-2.7079	9.878	1.9935	4.3937	0.1695	-0.2347	-0.888	0.445	0.0502	-1.0979	1.6113	2.3586	-0.2999	0.8693	0.3245	0.1976	0.8845	0.0617	0.9425	158.2282	-50.8763	71.9847
12	9.8224	5.6114	-3.2433	3.9411	0.2228	5.1458	-0.4191	-0.1867	0.6238	-2.1277	0.2707	0.5185	0.0812	-0.2796	-0.0269	0.8856	0.0196	-0.2485	0.5765	0.1039	0.6759	167.4454	-30.6446	87.0583
13	3.7627	3.9449	-3.1751	5.3655	-0.5445	6.0168	-0.6837	1.819	1.1324	-0.2021	0.7461	0.8721	-0.4673	-1.7276	0.1158	0.7731	-0.1981	-0.3248	1.44	0.2794	0.8193	170.6713	-28.9984	85.618
14	7.9804	1.8046	-2.597	4.5679	-0.5322	5.1605	0.0482	0.4392	0.5171	-0.5744	0.1415	1.0924	-0.2205	-0.3771	-0.1267	0.73	0.2312	-0.1677	0.8776	0.1063	0.7343	167.0267	-27.5346	96.9178
15	5.7054	-5.9469	-4.2596	9.8487	1.1466	6.1772	0.5427	-0.1381	-0.6385	-0.8887	-0.2245	0.9777	-1.2339	-0.4708	-0.2223	0.6643	0.0965	-0.0995	0.8017	-0.0224	0.8706	164.836	-22.1717	93.0799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 563 through 590 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 591 through 641 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 642 through 649 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 650 through 686 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 562 through 587 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 588 through 609 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 610 through 686 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 563 through 587 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 588 through 610 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 611 through 668 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 669 through 686 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 562 through 577 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 586 through 609 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 610 through 630 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 631 through 686 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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