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- PDB-6gh0: Two-quartet kit* G-quadruplex is formed via double-stranded pre-f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gh0
タイトルTwo-quartet kit* G-quadruplex is formed via double-stranded pre-folded structure
要素DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / two G-quartets / c-KIT promoter
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kotar, A. / Rigo, R. / Sissi, C. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, イタリア, 3件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-6733 スロベニア
CPDA147272/14 イタリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Two-quartet kit* G-quadruplex is formed via double-stranded pre-folded structure.
著者: Kotar, A. / Rigo, R. / Sissi, C. / Plavec, J.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9401
ポリマ－6,9401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4120 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 6940.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
118isotropic12D 1H-1H NOESY
128isotropic22D 1H-1H NOESY
135isotropic21D 1H-15N HSQC
145isotropic22D 1H-15N HSQC
155isotropic22D 1H-13C HSQC
267isotropic12D 1H-1H TOCSY
176isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
185isotropic22D 1H-15N HSQC NH2 only
297isotropic12D DQF-COSY
1106isotropic22D 1H-1H NOESY
1116isotropic12D 1H-1H NOESY
2127isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution50.5 mM 10% 13C, 10% 15N DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3'), 100 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2OResidue specific labeling. In total 19 samples were prepared differing only in the position of the isotopically enriched residue.13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution60.4 mM DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3'), 100 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution70.4 mM DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3'), 100 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 100% D2Osample_2100% D2O
solution80.5 mM DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3'), 100 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2Osample_390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMDNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')10% 13C, 10% 15N5
100 mMpotassium chloridenatural abundance5
20 mMpotassium phosphatenatural abundance5
0.4 mMDNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')natural abundance6
100 mMpotassium chloridenatural abundance6
20 mMpotassium phosphatenatural abundance6
0.4 mMDNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')natural abundance7
100 mMpotassium chloridenatural abundance7
20 mMpotassium phosphatenatural abundance7
0.5 mMDNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')natural abundance8
100 mMpotassium chloridenatural abundance8
20 mMpotassium phosphatenatural abundance8
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMconditions_17.41 atm310 K
2100 mMconditions_27.8 pD1 atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System8001
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR3.2AVariancollection
VNMR3.2AVarian解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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