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- PDB-7a9a: Crystal structure of rubredoxin B (Rv3250c) from Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9a
タイトルCrystal structure of rubredoxin B (Rv3250c) from Mycobacterium tuberculosis
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON SULFUR / METALLOPROTEIN / CYTOCHROME P450 REDOX PARTNER / CYP / CYP124 / CYP125 / CYP142
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Rubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Vakhrameev, D. / Kavaleuski, A. / Bukhdruker, S. / Marin, E. / Sushko, T. / Grabovec, I.P. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.
資金援助 ロシア, Belarus, 2件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research20-54-00005 ロシア
Belarusian Republican Foundation for Fundamental ResearchB20R-061Belarus
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: A new twist of rubredoxin function in M. tuberculosis.
著者: Sushko, T. / Kavaleuski, A. / Grabovec, I. / Kavaleuskaya, A. / Vakhrameev, D. / Bukhdruker, S. / Marin, E. / Kuzikov, A. / Masamrekh, R. / Shumyantseva, V. / Tsumoto, K. / Borshchevskiy, V. ...著者: Sushko, T. / Kavaleuski, A. / Grabovec, I. / Kavaleuskaya, A. / Vakhrameev, D. / Bukhdruker, S. / Marin, E. / Kuzikov, A. / Masamrekh, R. / Shumyantseva, V. / Tsumoto, K. / Borshchevskiy, V. / Gilep, A. / Strushkevich, N.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
B: Rubredoxin
C: Rubredoxin
D: Rubredoxin
E: Rubredoxin
F: Rubredoxin
G: Rubredoxin
H: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,49768
ポリマ－54,4208
非ポリマー4,07860
水10,431579
1
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1827
ポリマ－6,8021
非ポリマー3806
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2478
ポリマ－6,8021
非ポリマー4457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,37810
ポリマ－6,8021
非ポリマー5769
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3579
ポリマ－6,8021
非ポリマー5548
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2267
ポリマ－6,8021
非ポリマー4246
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,43510
ポリマ－6,8021
非ポリマー6329
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3549
ポリマ－6,8021
非ポリマー5518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3188
ポリマ－6,8021
非ポリマー5167
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.035, 61.322, 76.910
Angle α, β, γ (deg.)90.152, 90.319, 93.754
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Rubredoxin


分子量: 6802.464 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rubB, Rv3250c / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6YFL7

-
非ポリマー , 7種, 639分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 50 mM zinc acetate, 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→47.95 Å / Num. obs: 119411 / % possible obs: 93.18 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 9.13 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 4.69
反射 シェル解像度: 1.17→1.31 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 2.077 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 119411 / CC1/2: 0.295 / Rpim(I) all: 1.312 / Rrim(I) all: 2.466 / % possible all: 90.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
REFMAC5.8.0258精密化
MoRDa位相決定
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PYA

2pya


解像度: 1.17→47.95 Å / SU ML: 0.1186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 23.9895
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1868 3786 4.95 %
Rwork0.1537 72647 -
obs0.1554 76433 59.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3716 0 113 579 4408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65725804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0729555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.56721624
LS精密化 シェル解像度: 1.17→47.95 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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