PDB-5uhr: Crystal structure of (Cit)LANFLV heptapeptide segment from islet ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uhr

タイトル

Crystal structure of (Cit)LANFLV heptapeptide segment from islet amyloid polypeptide (IAPP) incorporated into a macrocyclic beta-sheet template

要素

ORN-CIR-LEU-ALA-ASN-PHE-LEU-VAL-ORN-ILE-LYS-HAO-LYS-A8E

キーワード

DE NOVO PROTEIN / amyloid / diabetes / oligomer / tetramer

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Wang, Y. / Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S.

引用

ジャーナル: J. Org. Chem. / 年: 2017
タイトル: A Tetramer Derived from Islet Amyloid Polypeptide.
著者: Wang, Y. / Kreutzer, A.G. / Truex, N.L. / Nowick, J.S.

履歴

登録	2017年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uhr.cif.gz	48.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uhr.ent.gz	38.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uhr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gh0-d 1i6f-d 2zzs-19 2odc-d 1mwz-d 5lqg-d 4ou0-d 2fcs-2 3bqq-4 3ci2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORN-CIR-LEU-ALA-ASN-PHE-LEU-VAL-ORN-ILE-LYS-HAO-LYS-A8E

B: ORN-CIR-LEU-ALA-ASN-PHE-LEU-VAL-ORN-ILE-LYS-HAO-LYS-A8E

C: ORN-CIR-LEU-ALA-ASN-PHE-LEU-VAL-ORN-ILE-LYS-HAO-LYS-A8E

D: ORN-CIR-LEU-ALA-ASN-PHE-LEU-VAL-ORN-ILE-LYS-HAO-LYS-A8E

ヘテロ分子

7.41 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.876, 33.876, 99.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-210- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	ORN-CIR-LEU-ALA-ASN-PHE-LEU-VAL-ORN-ILE-LYS-HAO-LYS-A8E 分子量: 1844.003 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.15 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate at pH 4.9, 20% (v/v) isopropanol, 18% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月17日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal monochromator, non fixed exit slit プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.798→27.96 Å / Num. obs: 10201 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.01553 / R_pim(I) all: 0.01553 / Net I/σ(I): 41.22
反射シェル	解像度: 1.798→1.862 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.06924 / Mean I/σ(I) obs: 9.47 / R_sym value: 0.09792 / % possible all: 95.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.798→27.96 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2645	1016	9.96 %
R_work	0.2192	-	-
obs	0.2239	10201	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.798→27.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	500	0	1	39	540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.063	660
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.564	336
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	68
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	76

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7981-1.8929	0.319	142	0.2835	1287	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8929-2.0115	0.2674	142	0.2421	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0115-2.1667	0.2923	143	0.2425	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1667-2.3847	0.2729	149	0.2439	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3847-2.7296	0.3266	144	0.2362	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7296-3.4384	0.2323	153	0.2108	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4384-32.0584	0.2493	143	0.1955	1322	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0293	-0.8057	-0.1464	4.9594	-4.7386	4.8389	-0.3161	0.1715	-0.2089	-0.4719	0.2511	0.9062	0.4145	-0.2085	-0.115	0.2954	-0.0305	-0.0189	0.1485	0.0086	0.2788	46.7162	28.1763	-4.2742
2	5.282	2.0019	-1.1671	2.4375	-3.2512	5.0387	0.0022	-0.7092	0.326	0.2422	-0.2675	-0.1911	0.0451	0.4564	0.2948	0.1643	0.0411	0.0175	0.1926	0.0188	0.1999	55.243	28.4276	0.5721
3	4.6855	3.3903	2.2855	5.0684	-2.2803	7.5222	0.167	-0.6672	1.4745	0.4325	-0.007	0.134	-0.566	-0.2808	0.5255	0.2183	0.0287	0.003	0.313	-0.192	0.448	47.0747	37.1394	2.1372
4	6.2061	2.7328	4.8264	6.1486	-0.3967	6.0385	0.3101	0.2694	-0.3112	0.2887	0.22	0.0453	0.1045	0.7255	-0.5794	0.1783	0.0729	0.0039	0.347	-0.0561	0.1903	45.8457	29.4618	7.8533

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 4 through 14 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 4 through 14 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 4 through 14 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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