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Yorodumi- PDB-6gg9: Crystal structures of a short blue light photoreceptor protein Pp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gg9 | ||||||
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Title | Crystal structures of a short blue light photoreceptor protein PpSB1-LOV mutant (dark state) - R61H/R66I | ||||||
Components | Sensory box protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / blue light photoreceptor / Sensory box protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Roellen, K. / Granzin, J. / Batra-Safferling, R. | ||||||
Citation | Journal: PLoS One / Year: 2018 Title: Small-angle X-ray scattering study of the kinetics of light-dark transition in a LOV protein. Authors: Katrin Röllen / Joachim Granzin / Renu Batra-Safferling / Andreas Maximilian Stadler / Abstract: Light, oxygen, voltage (LOV) photoreceptors consist of conserved photo-responsive domains in bacteria, archaea, plants and fungi, and detect blue-light via a flavin cofactor. We investigated the blue- ...Light, oxygen, voltage (LOV) photoreceptors consist of conserved photo-responsive domains in bacteria, archaea, plants and fungi, and detect blue-light via a flavin cofactor. We investigated the blue-light induced conformational transition of the dimeric photoreceptor PpSB1-LOV-R66I from Pseudomonas putida in solution by using small-angle X-ray scattering (SAXS). SAXS experiments of the fully populated light- and dark-states under steady-state conditions revealed significant structural differences between the two states that are in agreement with the known structures determined by crystallography. We followed the transition from the light- to the dark-state by using SAXS measurements in real-time. A two-state model based on the light- and dark-state conformations could describe the measured time-course SAXS data with a relaxation time τREC of ~ 34 to 35 min being larger than the recovery time found with UV/vis spectroscopy. Unlike the flavin chromophore-based UV/vis method that is sensitive to the local chromophore environment in flavoproteins, SAXS-based assay depends on protein conformational changes and provides with an alternative to measure the recovery kinetics. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gg9.cif.gz | 239.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gg9.ent.gz | 192.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gg9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6gg9_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6gg9_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 6gg9_validation.xml.gz | 23.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6gg9_validation.cif.gz | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/6gg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/6gg9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5j3wS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18554.746 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: R61H, R66I Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: expression tag: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH / Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) / Gene: PP_4629 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q88E39 #2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.6 / Details: 0.2 MgCl2, 0.1M MES, 15% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9772 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9772 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.04→48.45 Å / Num. obs: 39334 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.1 Å / Redundancy: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3076 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J3W Resolution: 2.04→48.45 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 28.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→48.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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