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- PDB-5j3w: Crystal structures reveal signaling states of a short blue light ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3w
タイトルCrystal structures reveal signaling states of a short blue light photoreceptor protein PpSB1-LOV (dark state)
要素Sensory box protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / PAS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Granzin, J. / Batra-Safferling, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Bundesministerium fuer Bildung und ForschungFKZ-031A167B ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Signaling States of a Short Blue-Light Photoreceptor Protein PpSB1-LOV Revealed from Crystal Structures and Solution NMR Spectroscopy.
著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Panwalkar, V. / Arinkin, V. / Rani, R. / Hartmann, R. / Krauss, U. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Batra-Safferling, R.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory box protein
B: Sensory box protein
C: Sensory box protein
D: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2978
ポリマ－74,4714
非ポリマー1,8254
水00
1
A: Sensory box protein
C: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1484
ポリマ－37,2362
非ポリマー9132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
2
B: Sensory box protein
D: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1484
ポリマ－37,2362
非ポリマー9132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.379, 71.086, 91.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Sensory box protein


分子量: 18617.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain KT2440) (バクテリア)
株: KT2440 / 遺伝子: PP_4629 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88E39
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Na-cacodylate, MgCl2, PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日
放射モノクロメーター: Silicon (111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45.001 Å / Num. obs: 21326 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SW1

3sw1


解像度: 2.55→45.001 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 1071 5.11 %
Rwork0.1915 --
obs0.1947 20946 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 124 0 4194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4995779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3141516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.66610.42561170.30622188X-RAY DIFFRACTION87
2.6661-2.80660.34811430.27412465X-RAY DIFFRACTION98
2.8066-2.98240.3571310.26982543X-RAY DIFFRACTION99
2.9824-3.21260.37461450.26052499X-RAY DIFFRACTION99
3.2126-3.53580.34521200.22612529X-RAY DIFFRACTION99
3.5358-4.04720.26251550.19822509X-RAY DIFFRACTION99
4.0472-5.09790.20321270.15782565X-RAY DIFFRACTION99
5.0979-45.00820.20161330.16482577X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9310.35960.84621.0237-0.02353.8719-0.4004-0.9862-0.07740.0850.07040.0152-0.23020.44530.29640.78410.2174-0.04240.98290.03310.68724.1703-0.621923.1644
27.08180.4122-2.0255.92324.98925.8919-0.1465-2.1794-0.46251.4137-0.2829-0.2037-1.77280.85860.35421.36730.0896-0.11361.2436-0.06380.720412.09170.720532.699
37.3467-1.9754-0.6915.9657-1.21173.1286-0.3744-0.6909-0.81190.76110.1141-1.34020.56940.72690.25350.9350.1745-0.02321.17970.17470.957219.8865-11.653525.4668
43.8452-0.66070.56856.06010.59135.0938-0.4206-1.44770.20621.12790.2516-0.01590.00230.87340.48520.9690.19160.1281.04540.15980.673912.386-8.450930.8408
52.20991.354-0.92456.48560.17756.3409-0.2097-0.09520.23010.42430.90190.4767-1.1725-0.5427-0.50130.44140.13110.02391.00590.09920.58919.1075-3.365718.426
62.9501-0.98843.34113.7505-2.63364.5134-1.5985-1.5411-2.0317-0.8207-0.2-1.5461.56210.06420.9891.56330.270.50611.50510.99921.390412.4433-25.674441.1332
74.04012.1088-5.81737.2208-0.46059.53140.2111-0.81170.0391.1848-1.30880.2005-0.66440.64481.08691.22140.32070.00281.196-0.18131.256818.3331-5.901426.2264
87.4189-2.1597-0.80266.7691-2.36519.23810.02481.62280.78540.5337-0.00210.7314-0.4274-0.04570.36640.5740.08970.06810.74060.08350.758715.6968-28.17850.6388
99.9782-0.1301-7.11633.57522.53328.14740.0853-2.07241.0109-0.24570.7506-0.3317-0.1661.6464-0.89220.7460.0027-0.12260.7835-0.17180.679933.7697-24.39490.7394
108.41352.0196-3.72186.4818-0.21026.71320.39561.39261.1094-0.9557-0.03161.1624-1.5179-1.0622-0.43710.99970.1347-0.02180.70710.08620.939729.2255-14.62895.0629
112.8924-1.966-0.73145.2248-1.70374.61270.25420.67240.72830.4806-0.257-1.043-0.18931.17710.11170.74990.0468-0.02011.11640.06781.300943.2598-24.00967.3536
127.6751-0.69650.62228.0062-0.08927.5828-0.288-1.5905-0.76190.44240.14370.05240.59680.61880.16560.51420.1658-0.04020.9408-0.02180.857639.5611-28.913911.6974
134.1709-0.90811.1334.4614-1.42335.5184-0.138-0.94990.07190.16950.0137-0.8015-0.7827-0.53320.16720.83120.3147-0.07930.8731-0.10850.923534.9159-22.671310.9446
142.28590.87750.04263.58941.90125.8685-0.2336-0.40740.2442-0.24510.4623-0.3443-0.31630.1787-0.12950.39580.0534-0.06070.6871-0.11430.638631.9615-30.5151-0.1634
152.95040.03312.24291.43780.4321.8131-0.7945-2.6937-0.28052.1465-1.3038-1.12740.092-0.05951.42721.86060.2969-0.15821.96580.04881.00934.2342-21.279432.1567
162.6051-0.3273-1.95771.8021-0.98162.32521.0347-1.34361.0024-0.16530.46741.6806-0.6980.864-1.11010.85540.180.08571.73580.09561.736340.6695-24.75576.1195
174.10640.1152-0.95356.2669-1.37355.0677-0.355-0.6137-0.00550.05830.2793-0.2299-0.0802-0.30030.02490.81550.1717-0.00741.08870.04840.8043-4.0828-5.686621.0346
183.0520.6415-0.76317.5798-1.42150.6839-0.137-2.6808-0.7134-0.9735-0.24830.68070.2654-1.39770.47830.65720.0978-0.00761.5660.11581.0942-11.9849-15.814520.4162
190.9580.2952-0.54010.1447-0.12590.13660.2053-0.5955-1.7984-0.8722-2.66290.8017-0.10960.27441.17062.21930.7639-0.09013.11450.56470.873-18.1408-20.535527.3373
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215.188-1.50131.18424.8975-1.20033.8625-0.2213-1.5802-1.69890.5441-0.45240.74930.2715-0.77820.44550.94990.27620.14421.30650.45421.0727-8.6977-19.644529.9601
222.20941.03411.63664.1822-2.00563.6043-0.30550.3431-0.3995-2.4711-0.92882.842-0.91-1.57691.20291.46840.5439-0.14621.59180.05311.5364-17.37493.663925.8365
234.9198-2.33570.10128.49840.99852.9234-0.1794-1.7665-0.3014-0.38630.40650.91170.3663-1.2695-0.27390.94770.12920.1771.40470.01120.8693-8.3749-11.493729.654
246.0381.0584-1.56193.87211.90241.74610.456-0.1887-0.87511.91690.50671.23512.1392-0.1428-0.18571.5910.45820.23781.60050.54821.23543.7364-29.5741.8852
252.5041.165-3.21073.7369-0.11284.7232-0.0127-0.527-1.3224-1.0727-0.32670.67790.0818-1.10540.40371.3107-0.0831-0.03361.59560.17011.4122-16.5992-15.664631.0338
266.9662-0.61181.00227.53240.36853.6882-0.4330.0234-0.17950.03350.8734-0.2984-0.1296-0.6209-0.32890.49410.0278-0.10910.6804-0.08770.78724.1923-32.0169-1.0179
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283.25990.71551.43042.85741.60754.9804-0.1638-0.4894-0.20930.49910.09050.25220.24460.04190.06780.62740.13320.06770.66740.16940.72769.1333-27.869416.5036
291.96510.35710.37884.05862.26023.45060.3537-0.1478-0.21543.6735-0.0397-1.51050.3830.31-0.24811.67770.0455-0.30481.44460.3010.940225.2552-23.3235.4031
306.44342.5558-4.31931.71660.47969.39742.155-0.3841-0.30910.5864-0.64690.66810.222-0.2472-1.39910.86690.135-0.07430.5382-0.06430.87776.1171-30.601917.7519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 57 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 86 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 87 through 103 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 104 through 119 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 120 through 133 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 500 through 500 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 13 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 14 through 33 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 34 through 48 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 49 through 74 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 75 through 86 )
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 24 )
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 64 through 86 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 87 through 102 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 103 through 110 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 111 through 119 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 120 through 134 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 500 through 500 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 1 through 13 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 14 through 57 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 58 through 119 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 120 through 134 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 500 through 500 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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