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Yorodumi- PDB-5j3w: Crystal structures reveal signaling states of a short blue light ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j3w | ||||||
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Title | Crystal structures reveal signaling states of a short blue light photoreceptor protein PpSB1-LOV (dark state) | ||||||
Components | Sensory box protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / LOV domain / PAS domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Granzin, J. / Batra-Safferling, R. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Signaling States of a Short Blue-Light Photoreceptor Protein PpSB1-LOV Revealed from Crystal Structures and Solution NMR Spectroscopy. Authors: Rollen, K. / Granzin, J. / Panwalkar, V. / Arinkin, V. / Rani, R. / Hartmann, R. / Krauss, U. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Batra-Safferling, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j3w.cif.gz | 236 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j3w.ent.gz | 190.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j3w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j3w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5j4eC 3sw1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18617.830 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (strain KT2440) (bacteria) Strain: KT2440 / Gene: PP_4629 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q88E39 #2: Chemical | ChemComp-FMN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: Na-cacodylate, MgCl2, PEG 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.96863 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2014 |
Radiation | Monochromator: Silicon (111) channel-cut / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96863 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→45.001 Å / Num. obs: 21326 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 14.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.66 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SW1 Resolution: 2.55→45.001 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 34.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→45.001 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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