+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l26 | ||||||
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Title | HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 38 | ||||||
Components | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / HPK1 HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE / INHIBITOR COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Lesburg, C.A. | ||||||
Citation | Journal: Acs Med.Chem.Lett. / Year: 2021 Title: Identification of Potent Reverse Indazole Inhibitors for HPK1. Authors: Yu, E.C. / Methot, J.L. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Lacey, B.M. / Siliphaivanh, P. / Liu, P. / Smith, D.M. / Xu, Z. / Piesvaux, J.A. / Kawamura, S. / Xu, H. / Miller, J.R. / Bittinger, M. / Pasternak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l26.cif.gz | 463.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l26.ent.gz | 386.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l26.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l26 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 8 - 294 / Label seq-ID: 1 - 287
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 32220.621 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: KINASE DOMAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAP4K1, HPK1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | ChemComp-XHM / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: UNDISCLOSED |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.00002 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 3, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00002 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→98.95 Å / Num. obs: 54548 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 47.283 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.069 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 8.65 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.55 Å / Redundancy: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 14634 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.568 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 95.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PREVIOUSLY SOLVED STUCTURE Resolution: 2.3→98.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 29.626 / SU ML: 0.341 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.287 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.05 Å2 / Biso mean: 64.411 Å2 / Biso min: 26.72 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→98.95 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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