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- PDB-5j4e: Crystal structures reveal signaling states of a short blue light ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j4e
タイトルCrystal structures reveal signaling states of a short blue light photoreceptor protein PpSB1-LOV (Photoexcited state)
要素Sensory box protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Granzin, J. / Batra-Safferling, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Bundesministerium fuer Bildung und ForschungFKZ-031A167B ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Signaling States of a Short Blue-Light Photoreceptor Protein PpSB1-LOV Revealed from Crystal Structures and Solution NMR Spectroscopy.
著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Panwalkar, V. / Arinkin, V. / Rani, R. / Hartmann, R. / Krauss, U. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Batra-Safferling, R.
履歴
登録2016年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensory box protein
B: Sensory box protein
C: Sensory box protein
D: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2978
ポリマ－74,4714
非ポリマー1,8254
水00
1
A: Sensory box protein
C: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1484
ポリマ－37,2362
非ポリマー9132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
2
B: Sensory box protein
D: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1484
ポリマ－37,2362
非ポリマー9132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.409, 71.080, 91.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Sensory box protein / LOV protein


分子量: 18617.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: PP_4629 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88E39
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Na-cacodylate, MgCl2, PEG 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日
放射モノクロメーター: Silicon (111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→45.68 Å / Num. obs: 18700 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J3W

5j3w


解像度: 2.67→45.677 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 956 5.14 %
Rwork0.186 --
obs0.1898 18604 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→45.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4035 0 124 0 4159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3835742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0041482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6701-2.81090.33681420.26572429X-RAY DIFFRACTION96
2.8109-2.98690.36711320.27312522X-RAY DIFFRACTION99
2.9869-3.21750.36651450.26342518X-RAY DIFFRACTION99
3.2175-3.54120.37371200.22262507X-RAY DIFFRACTION99
3.5412-4.05330.25721550.19332516X-RAY DIFFRACTION100
4.0533-5.10570.20271280.15312569X-RAY DIFFRACTION100
5.1057-45.68390.23541340.16662587X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8323-0.06424.87811.13320.16137.5807-0.3847-0.62440.07820.4338-0.03560.0383-0.08290.39080.29970.98460.18460.01550.9279-0.01150.71224.4802-2.008825.7005
24.79990.7025-1.59236.3186-0.51097.5126-0.7226-1.3977-0.21.47690.0622-0.9789-1.29170.99260.61211.18060.1385-0.19811.36280.05751.074418.5955-4.549928.7072
36.03720.4366-1.19329.5733-0.65266.3223-0.0724-0.4958-0.03610.4845-0.0459-0.32950.73470.91730.19030.64920.11530.03130.91930.08930.7812.9386-8.860424.815
43.8730.97110.71542.3675-2.20835.4555-1.2986-1.3794-1.60451.17580.4001-1.31780.4375-1.94930.8141.19360.28190.16661.36580.40261.097710.8887-17.738933.3235
53.86331.8744-2.33661.8838-4.37292.00770.2608-0.5289-0.50310.9857-0.8710.004-1.63082.0742-0.22471.03720.23790.37651.1507-0.46391.758218.3434-6.883926.2224
68.5022.75990.56896.78073.92733.513-0.1235-1.12670.33140.1435-0.19560.57450.0025-0.15710.150.63220.0848-0.08150.73040.11460.694222.9558-27.98211.4627
70.3363-1.4378-1.01388.89517.84342.0666-0.7189-0.04391.7461-1.44252.184-1.0542-0.82984.37-0.5761.04530.1829-0.15460.68250.12140.676236.8307-24.276-1.8189
87.7832-0.07490.59324.21580.00623.9912-0.08140.71121.0333-1.0322-0.1740.6833-1.4944-1.00450.19571.01080.1952-0.01130.69180.11810.990529.3519-15.83125.3507
96.4719-2.32294.00763.923-1.17033.39350.76961.32680.67130.8014-0.3829-0.82610.35553.1347-0.63950.85060.04370.01330.99570.00191.398442.3976-20.39267.2851
104.47871.5002-1.01524.5692-3.29766.1069-0.79171.03672.2105-0.6936-0.1742-1.99810.74512.32981.0540.73150.10460.01321.19260.19551.565944.8647-32.62617.565
116.16431.07981.97480.2264-0.24174.7045-0.1753-1.0361-0.78070.2568-0.13910.86740.27480.6859-0.19780.76730.238-0.02760.87530.0110.917139.6333-30.245711.2278
123.97550.36851.49223.3752-1.57069.201-0.2211-1.19070.23110.96610.2132-0.7413-0.6665-0.4156-0.36830.61740.2297-0.12730.9255-0.160.876134.7749-24.225210.1142
132.59710.258-1.45228.26342.09082.1674-0.0218-0.24340.3902-0.52650.7411-0.8875-0.4294-0.6473-0.75940.39730.0469-0.0920.8091-0.09750.736732.056-31.32430.2099
143.79050.1791-2.58045.927-2.09579.36190.0378-1.89150.1290.4838-1.9564-0.5747-3.2316-2.35171.92831.49050.0129-0.12991.473-0.04070.910534.0622-22.237432.4413
154.3988-1.1068-4.02723.3754-0.93775.53491.4475-1.06220.6535-0.4726-0.72530.6568-0.57922.5521-0.82890.86770.0189-0.16521.43960.02631.219440.6282-25.7026.1736
161.52730.25210.3892.47330.19951.9158-0.0529-0.60120.3640.30890.07090.0327-0.2816-0.65280.00040.94960.26160.0281.2430.0780.9275-3.4962-6.535420.9407
171.14970.09571.66280.9502-0.3981.62170.3712-0.9539-0.7132-0.3658-0.76050.48510.6691-1.414-0.00271.0040.04840.05391.63730.03511.1229-12.3465-16.62620.6619
180.3016-0.1893-0.22620.61490.49820.94680.5992-0.7514-0.7685-0.5041-1.13511.30761.2643-2.3794-0.00111.6228-0.10750.01182.96230.19121.3214-18.241-17.943731.3173
192.2158-0.72730.39890.6862-1.14731.4473-0.5942-1.3308-0.84330.72520.22291.15530.3935-0.80010.00021.14470.21740.11191.53430.39081.1495-10.3488-18.609432.8595
202.75991.34761.16131.90892.81854.47520.2876-0.2008-1.79640.14510.27262.16880.2562-0.09240.00391.02930.09580.43471.67830.22570.9114-4.7052-17.559334.6647
210.10680.03-0.03430.10770.04140.03980.66360.07460.65220.4920.82380.7886-0.1328-0.2073-0.00071.32590.6366-0.05983.79350.01421.6109-16.8137-16.617431.0681
224.9620.1799-2.09613.25411.4374.29860.26830.5794-0.7855-0.17660.19020.1529-0.01490.3785-0.26140.7040.1102-0.12470.7796-0.0040.820618.7511-33.01023.4291
236.64680.04283.72240.84171.38432.90330.1494-1.3-0.82160.13470.34760.37940.4016-0.3125-0.41190.76410.0018-0.02220.36910.16150.942811.5132-37.72512.3464
244.1117-0.39591.42936.6635-1.59867.85450.4401-0.8648-0.79770.1184-0.27580.34890.935-0.8515-0.15880.83580.0457-0.02230.71220.29230.86835.8958-33.903818.9311
252.6099-0.1177-0.34063.54371.8215.0691-0.403-0.5355-0.35070.63830.4669-0.10960.01270.58120.0410.72510.1493-0.01450.8440.13180.822812.7804-29.656819.809
264.25332.54250.84564.62781.62225.23350.11820.3565-0.0361-0.14930.34130.20080.80820.8079-0.14850.68290.13990.0880.47970.14250.75889.6315-29.59785.896
271.13130.0504-0.45090.4594-0.95191.87960.08430.99830.51661.29281.2095-0.9893-0.57141.82730.341.22650.1107-0.29511.33510.12310.928125.4466-24.044135.2549
284.28882.7278-3.1421.8649-0.95049.13112.6102-0.36020.7891-0.5421-1.41930.17131.89330.0546-0.79570.99910.093-0.00940.45990.02920.746.1481-31.636617.7074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 109 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 110 through 133 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 500 through 500 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 24 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 33 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 34 through 48 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 49 through 64 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 65 through 74 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 75 through 86 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 87 through 104 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 105 through 119 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 120 through 134 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 500 through 500 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 24 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 25 through 48 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 49 through 74 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 75 through 102 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 103 through 134 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 500 through 500 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1 through 24 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 25 through 41 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 42 through 75 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 76 through 103 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 104 through 119 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 120 through 134 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 500 through 500 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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