[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4k5b: Co-crystallization with conformation-specific designed ankyrin re... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k5b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Co-crystallization with conformation-specific designed ankyrin repeat proteins explains the conformational flexibility of BCL-W | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | APOPTOSIS / anti-apoptotic BCL-2 family / BCL-W / crystal structure / ligand binding-competent conformation / DARPins | ||||||
Function / homology | Function and homology information Sertoli cell proliferation / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / disordered domain specific binding / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Schilling, J. / Schoeppe, J. / Sauer, E. / Plueckthun, A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2014 Title: Co-Crystallization with Conformation-Specific Designed Ankyrin Repeat Proteins Explains the Conformational Flexibility of BCL-W Authors: Schilling, J. / Schoppe, J. / Sauer, E. / Pluckthun, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4k5b.cif.gz | 133 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4k5b.ent.gz | 102.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4k5b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4k5b_validation.pdf.gz | 444.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4k5b_full_validation.pdf.gz | 446 KB | Display | |
Data in XML | 4k5b_validation.xml.gz | 25.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4k5b_validation.cif.gz | 38 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5b | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 18209.633 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Plasmid: pPANK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1-blue #2: Protein | Mass: 20194.453 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 2-171 / Mutation: P128V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: BCL2L2 / Plasmid: pQIq / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XL1-blue / References: UniProt: Q1RMX3 #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE ENTITY 1 DOES NOT CURRENTLY EXIST. | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.84 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 3.3 Details: 0.1M citric acid, 20% PEG6000, pH 3.3, vapor diffusion, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Highest resolution: 1.85 Å / Num. obs: 52593 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.384 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→38.769 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8374 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / Phase error: 23.66 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 67.09 Å2 / Biso mean: 24.6543 Å2 / Biso min: 8.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→38.769 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
|