PDB-6g65: Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-VV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g65

タイトル

Crystal structure of a parallel six-helix coiled coil CC-Type2-VV

要素

CC-Type2-VV

キーワード

DE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / AB_INITIO / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2018年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g65.cif.gz	146.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g65.ent.gz	127.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6g65_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g65_full_validation.pdf.gz	488.7 KB	表示
XML形式データ	6g65_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	6g65_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g66C 6g67C 6g68C 6g69C 6g6aC 6g6bC 6g6cC 6g6dC 6g6eC 6g6fC 6g6gC 6g6hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zie-d 1lki-d 1hk0-d 6wcy-2 2kfb-d 6wcy-1 6w5b-d 1p4t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-VV

B: CC-Type2-VV

C: CC-Type2-VV

D: CC-Type2-VV

E: CC-Type2-VV

F: CC-Type2-VV

G: CC-Type2-VV

H: CC-Type2-VV

I: CC-Type2-VV

J: CC-Type2-VV

K: CC-Type2-VV

L: CC-Type2-VV

37.5 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CC-Type2-VV

B: CC-Type2-VV

C: CC-Type2-VV

A: CC-Type2-VV

B: CC-Type2-VV

C: CC-Type2-VV

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
18.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: CC-Type2-VV

E: CC-Type2-VV

F: CC-Type2-VV

D: CC-Type2-VV

E: CC-Type2-VV

F: CC-Type2-VV

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
18.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: CC-Type2-VV

H: CC-Type2-VV

I: CC-Type2-VV

G: CC-Type2-VV

H: CC-Type2-VV

I: CC-Type2-VV

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
18.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

J: CC-Type2-VV

K: CC-Type2-VV

L: CC-Type2-VV

J: CC-Type2-VV

K: CC-Type2-VV

L: CC-Type2-VV

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
18.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.561, 96.793, 56.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-139- HOH
2	1	B-140- HOH
3	1	B-141- HOH
4	1	B-142- HOH
5	1	E-131- HOH
6	1	E-132- HOH
7	1	F-130- HOH
8	1	F-131- HOH
9	1	G-134- HOH
10	1	G-135- HOH
11	1	G-136- HOH
12	1	I-135- HOH
13	1	K-129- HOH
14	1	L-123- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-VV 分子量: 3122.655 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.85 % / Mosaicity: 0.42 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 5 mM Manganese(II) chloride tetrahydrate, 50 mM Sodium citrate and 1.25 M 1,6-Hexanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.15→14.28 Å / Num. obs: 99219 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 7.12 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 622875 / Scaling rejects: 336

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.15-1.17	6.3	0.328	4990	0.986	0.144	0.359	97.9
6.3-14.28	7.5	0.068	595	0.992	0.03	0.075	91.5

-
位相決定

位相決定	手法: AB_INITIO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.25	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
Arcimboldo	4.0.0	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.15→13.88 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1896	5029	5.1 %
R_work	0.1761	-	-
obs	0.1767	98638	95.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.99 Å² / B_iso mean: 13.3263 Å² / B_iso min: 4.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.15→13.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2652	0	0	350	3002
B_iso mean	-	-	-	30.18	-
残基数	-	-	-	-	384

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2892
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.68	3934
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	459
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.263	1088

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.15-1.1631	0.2465	190	0.2019	3086	3276	97
1.1631-1.1768	0.1926	201	0.2036	3108	3309	96
1.1768-1.1911	0.2178	159	0.1915	3097	3256	95
1.1911-1.2062	0.197	153	0.1878	3088	3241	95
1.2062-1.222	0.1954	159	0.1754	3128	3287	96
1.222-1.2388	0.1918	152	0.1746	3116	3268	95
1.2388-1.2564	0.1723	124	0.1728	3115	3239	95
1.2564-1.2752	0.1461	173	0.1602	3040	3213	94
1.2752-1.2951	0.1812	172	0.15	3000	3172	92
1.2951-1.3163	0.1765	187	0.154	2970	3157	92
1.3163-1.339	0.1668	199	0.1596	3164	3363	98
1.339-1.3633	0.1652	172	0.1607	3152	3324	98
1.3633-1.3895	0.1835	157	0.1609	3222	3379	98
1.3895-1.4179	0.173	156	0.1624	3145	3301	97
1.4179-1.4487	0.1667	180	0.1584	3160	3340	97
1.4487-1.4823	0.1579	168	0.1496	3149	3317	97
1.4823-1.5193	0.1462	162	0.1437	3082	3244	95
1.5193-1.5604	0.1576	160	0.1425	3085	3245	94
1.5604-1.6062	0.1466	174	0.144	2943	3117	91
1.6062-1.658	0.1667	160	0.1416	3197	3357	98
1.658-1.7171	0.1655	195	0.1552	3190	3385	99
1.7171-1.7857	0.1705	217	0.1553	3134	3351	98
1.7857-1.8668	0.1751	160	0.1579	3210	3370	98
1.8668-1.965	0.1844	129	0.1791	3176	3305	97
1.965-2.0877	0.1802	158	0.1915	3132	3290	95
2.0877-2.2483	0.1746	146	0.1635	2973	3119	91
2.2483-2.4734	0.1748	152	0.164	3188	3340	98
2.4734-2.8287	0.2372	163	0.1915	3275	3438	99
2.8287-3.5539	0.1986	189	0.192	3218	3407	98
3.5539-13.8813	0.2647	162	0.2395	3066	3228	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2362	0.0754	-0.0225	0.0521	-0.0937	0.1836	-0.0133	-0.0291	0.0313	0.4926	-0.0211	-0.2977	-0.0039	0.0203	-0.0018	0.1077	0.0109	-0.0307	0.0722	-0.0017	0.0642	5.771	29.4187	7.1043
2	0.1646	0.0243	0.1005	0.1536	0.0792	0.3135	0.0265	-0.0013	-0.0186	0.0407	-0.0603	0.3832	0.0381	-0.0254	-0.1035	0.0656	-0.0021	0.02	0.0761	-0.0083	0.0953	7.9164	46.7878	24.9912
3	0.1903	0.1153	0.0756	0.0554	0.0299	0.1424	0.0175	-0.0092	-0.0167	0.268	-0.056	0.1881	0.0089	0.0063	0	0.0933	0.0045	0.0192	0.0678	0.0014	0.0502	-3.0327	29.1272	8.6432
4	0.1854	-0.0983	-0.1015	0.0479	0.0485	0.1586	-0.006	0.0063	0.0018	-0.3374	-0.0512	0.2575	0.029	0.0009	-0	0.095	0.0029	-0.0147	0.0672	-0.0063	0.07	11.1898	47.5308	16.1398
5	0.21	-0.0393	0.0301	0.0498	-0.082	0.1425	0.0238	0.0047	-0.0057	-0.0715	-0.0456	-0.347	0.0039	0.0245	-0.0004	0.0677	0.002	0.0108	0.065	-0.0011	0.0706	9.0691	28.67	-1.6755
6	0.1926	-0.1089	-0.0159	0.0613	-0.0232	0.074	-0.0249	0.0018	-0.0366	-0.3779	-0.0254	-0.1466	-0.0034	0.0263	-0.0001	0.1036	0.0043	0.0265	0.0694	0.0033	0.0613	20.1543	47.0393	14.758
7	0.2376	0.1429	0.0136	0.1171	-0.0494	0.0864	0.0044	-0.0114	0.0044	0.4701	-0.0168	-0.089	-0.0086	0.005	0.0001	0.1089	0.0044	-0.0135	0.0671	-0.0008	0.047	1.9786	77.958	8.9942
8	0.1403	0.0272	0.0686	0.0658	0.1065	0.1845	0.0517	0.0024	-0.0105	0.2569	-0.0792	0.2181	-0.0043	-0.0145	-0.0001	0.0669	-0.0033	0.0201	0.0676	0.0003	0.0719	9.8151	-0.5605	29.4746
9	0.0753	0.1021	0.0774	0.074	0.095	0.2159	0.0137	-0.0104	-0.0303	0.3339	-0.029	0.3762	-0.0206	-0.0095	-0.0004	0.0803	0.0051	0.0343	0.0707	0.0053	0.0765	-6.6923	77.8277	6.3651
10	0.0304	0.0222	-0.1124	0.0828	-0.174	0.2585	0.0218	-0.0069	0.006	0.2792	-0.0266	-0.5744	0.0049	0.0094	-0.0949	0.0596	0.0023	-0.0332	0.0729	-0.005	0.1231	9.1515	77.7292	2.7924
11	0.2557	-0.1142	-0.0088	0.1542	0.0067	0.0106	0.0462	0.0321	-0.0023	-0.578	-0.0971	0.0547	-0.0043	0.0058	-0.0013	0.1215	0.0049	-0.0115	0.07	0.0002	0.0566	15.2157	-0.719	14.1341
12	0.0928	-0.0843	-0.137	0.0766	0.1599	0.3046	0.0669	0.0199	-0.006	-0.1148	-0.0885	0.5599	0.0019	-0.009	-0.0021	0.0454	0.0006	-0.0275	0.0686	0.001	0.1101	8.2793	-1.1736	20.4274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 30 )	H	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A	1 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'G' and (resid 1 through 30 )	G	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 30 )	B	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'I' and (resid 1 through 30 )	I	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 1 through 30 )	C	1 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'K' and (resid 1 through 30 )	K	1 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 1 through 30 )	D	1 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'J' and (resid 1 through 30 )	J	1 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 1 through 30 )	L	1 - 30
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 1 through 30 )	F	1 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 1 through 30 )	E	1 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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