PDB-6fok: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fok

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / metalloprotein / TonB dependent transporter / outer membrane protein / copper / Pseudomonas aeruginosa

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2018年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / computing / diffrn / entity_src_gen / pdbx_database_related / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell Item: _audit_author.name / _citation.title ..._audit_author.name / _citation.title / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_shell.d_res_low / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half 解説: Ligand identity 詳細: Information has been replaced in the header only for: 1. Entry authors and title 2. Ligand ID: Cu(I) instead of Cu(II) Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.2	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fok.cif.gz	279.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fok.ent.gz	222.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8sC 6z8tC 6z8uC 6z8yC 6z8zC 6z91C 6z99C 6z9nC 6z9yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fom-2 1xkw-d 2nya-2 1qff-d 1fep-d 5nec-1 4aiq-d 6fom-1 4cu4-d 5fp1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
80.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.370, 196.720, 166.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79395.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE 分子量: 306.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M NaCl 0.15 M NH4SO4 0.1 M MES 18-22% PEG1000 3 mM CuCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.3785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→84.67 Å / Num. obs: 178934 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 25.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / Num. unique obs: 0 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.97→84.67 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	8963	5.01 %
R_work	0.21	-	-
obs	0.211	178784	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→84.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10011	0	151	556	10718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10439
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925	14095
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.012	6160
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1860

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-1.9924	0.3301	291	0.2992	5628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9924-2.0158	0.328	310	0.2871	5620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0404	0.2835	288	0.277	5667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0404-2.0662	0.2892	319	0.2699	5676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0662-2.0934	0.3176	301	0.274	5647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0934-2.1221	0.2646	291	0.2547	5616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1221-2.1524	0.2639	312	0.2409	5649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1524-2.1846	0.2482	321	0.2361	5612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1846-2.2187	0.2709	303	0.229	5672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2187-2.2551	0.2874	265	0.2591	5661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2551-2.294	0.2946	265	0.2438	5708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.3357	0.2773	289	0.232	5664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3357-2.3806	0.2732	302	0.2337	5650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3806-2.4292	0.2623	319	0.232	5661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4292-2.482	0.2945	305	0.2457	5673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.482-2.5398	0.3361	264	0.3002	5463	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5398-2.6033	0.5	248	0.4454	5022	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6033-2.6737	0.2516	284	0.2327	5714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6737-2.7524	0.2464	313	0.2027	5636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7524-2.8412	0.2556	266	0.1953	5727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8412-2.9428	0.2391	296	0.1972	5688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9428-3.0606	0.2287	290	0.1937	5709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0606-3.1999	0.2368	298	0.1987	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1999-3.3686	0.2229	317	0.1883	5672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3686-3.5797	0.1992	296	0.185	5756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5797-3.856	0.2117	341	0.1888	5680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.856-4.2441	0.2025	309	0.1917	5738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2441-4.8582	0.1772	290	0.1706	5786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8582-6.1205	0.19	346	0.1799	5762	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1205-84.67	0.2277	324	0.2184	5966	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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