+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z8u | ||||||
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Title | Copper transporter OprC | ||||||
Components | Putative copper transport outer membrane porin OprC | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC | ||||||
Function / homology | Function and homology information siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.61 Å | ||||||
Authors | Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B. | ||||||
Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2021 Title: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site. Authors: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6z8u.cif.gz | 612 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6z8u.ent.gz | 421.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6z8u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6z8u_validation.pdf.gz | 414.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6z8u_full_validation.pdf.gz | 428.5 KB | Display | |
Data in XML | 6z8u_validation.xml.gz | 26.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6z8u_validation.cif.gz | 41.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6fokSC 6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8sC 6z8tC 6z8yC 6z8zC 6z91C 6z99C 6z9nC 6z9yC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 79328.297 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H323A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: oprC, PA3790 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G3XD89 #2: Chemical | ChemComp-AG / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.95 Å3/Da / Density % sol: 68.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.5 M Potassium chloride 0.05 M HEPES 12-16 % v/v PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 1.35136 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.35136 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.61→63.14 Å / Num. obs: 74873 / % possible obs: 98.01 % / Redundancy: 13.25 % / Biso Wilson estimate: 57.44 Å2 / Rpim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 5 |
Reflection shell | Resolution: 2.61→2.66 Å / Num. unique obs: 7326 / CC1/2: 0.317 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6FOK Resolution: 2.61→63.14 Å / SU ML: 0.476 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.5925 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.61→63.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 29.2218016335 Å / Origin y: -34.0148335376 Å / Origin z: -41.1878061852 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |