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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z8y | ||||||
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Title | Copper transporter OprC | ||||||
![]() | Putative copper transport outer membrane porin OprC | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC | ||||||
Function / homology | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site. Authors: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 424.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 45.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6fokSC ![]() 6fomC ![]() 6z8qC ![]() 6z8rC ![]() 6z8sC ![]() 6z8tC ![]() 6z8uC ![]() 6z8zC ![]() 6z91C ![]() 6z99C ![]() 6z9nC ![]() 6z9yC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 79363.297 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C143A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.57 Å3/Da / Density % sol: 65.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.34 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate 12 -16 % w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.40889 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.78→198.04 Å / Num. obs: 58146 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.66 % / Biso Wilson estimate: 68.57 Å2 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 5.52 |
Reflection shell | Resolution: 2.78→2.83 Å / Num. unique obs: 5698 / CC1/2: 0.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6FOK Resolution: 2.78→67.03 Å / SU ML: 0.4453 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 29.2958 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.78→67.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 10.1150720773 Å / Origin y: 44.2192958894 Å / Origin z: 62.1493349337 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |