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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z9y | ||||||
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Title | Copper transporter OprC | ||||||
![]() | Putative copper transport outer membrane porin OprC | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC | ||||||
Function / homology | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site. Authors: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 817.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6fokSC ![]() 6fomC ![]() 6z8qC ![]() 6z8rC ![]() 6z8sC ![]() 6z8tC ![]() 6z8uC ![]() 6z8yC ![]() 6z8zC ![]() 6z91C ![]() 6z99C ![]() 6z9nC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 79328.297 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H323A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: oprC, PA3790 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CU / Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.6 Å3/Da / Density % sol: 65.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.34 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate 12 -16 % w/v PEG 4000 2 mM CuSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.40889 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→197.67 Å / Num. obs: 94129 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 69.46 Å2 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 5.56 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3 Å / Num. unique obs: 9369 / CC1/2: 0.551 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6FOK Resolution: 2.95→85.85 Å / SU ML: 0.4697 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 33.2231 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95→85.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 34.5943028852 Å / Origin y: 48.0451114178 Å / Origin z: 44.3852856507 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |