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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z91 | ||||||
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Title | Copper transporter OprC | ||||||
![]() | Putative copper transport outer membrane porin OprC | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC | ||||||
Function / homology | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site. Authors: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 609.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 422.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6fokSC ![]() 6fomC ![]() 6z8qC ![]() 6z8rC ![]() 6z8sC ![]() 6z8tC ![]() 6z8uC ![]() 6z8yC ![]() 6z8zC ![]() 6z99C ![]() 6z9nC ![]() 6z9yC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 79363.297 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C143A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: oprC, PA3790 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-AG / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.93 Å3/Da / Density % sol: 68.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M Choline chloride 0.1 M Tris 12-16 % w/v PEG 2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.407337 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→165.47 Å / Num. obs: 76695 / % possible obs: 99.92 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 61.55 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 7.56 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 7519 / CC1/2: 0.644 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6FOK Resolution: 2.6→82.74 Å / SU ML: 0.4008 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / Phase error: 31.5848 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 72.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→82.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 29.0381004099 Å / Origin y: -33.754867167 Å / Origin z: -41.1155157752 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |