PDB-6z9n: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z9n

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z9n.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z9n.ent.gz	817.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z9n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z9n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fokSC 6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8sC 6z8tC 6z8uC 6z8yC 6z8zC 6z91C 6z99C 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z9y-2 6z9y-3 6z8z-2 6fom-2 4rdt-2 6z8y-2 3fhh-d 6z8s-1 6z8t-2 6z99-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

C: Putative copper transport outer membrane porin OprC

D: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

318 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.325, 197.274, 172.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.424, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79328.297 Da / 分子数: 4 / 変異: H323A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.34 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate 12 -16 % w/v PEG 4000 2 mM CuSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.35136 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.35136 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→197.27 Å / Num. obs: 118817 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.64 % / B_iso Wilson estimate: 67.15 Å² / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 7.82
反射シェル	解像度: 2.73→2.78 Å / Num. unique obs: 11858 / CC_1/2: 0.674

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok

解像度: 2.73→67.3 Å / SU ML: 0.4039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 28.9201
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2666	11579	5.01 %
R_work	0.2162	219750	-
obs	0.2188	118703	98.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→67.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20205	0	4	67	20276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	20722
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.144	28104
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0594	2911
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	3751
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5475	2884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.73-2.76	0.3098	371	0.2665	7283	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.76-2.79	0.3228	450	0.2685	7355	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.79-2.83	0.3038	374	0.2628	7345	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.83-2.86	0.3451	389	0.2763	7263	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.86-2.9	0.3966	378	0.2999	7356	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.9-2.94	0.3175	387	0.2873	7310	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.94-2.98	0.3669	346	0.2824	7311	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.98-3.03	0.3233	390	0.2712	7297	X-RAY DIFFRACTION	98.14
3.03-3.07	0.3203	349	0.2577	7412	X-RAY DIFFRACTION	98.13
3.07-3.13	0.3092	340	0.2453	7267	X-RAY DIFFRACTION	98.27
3.13-3.18	0.2791	336	0.2461	7406	X-RAY DIFFRACTION	98.1
3.18-3.24	0.3073	377	0.251	7307	X-RAY DIFFRACTION	98.14
3.24-3.3	0.3132	395	0.2434	7275	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.3-3.37	0.2769	413	0.2501	7459	X-RAY DIFFRACTION	98.22
3.37-3.44	0.3187	393	0.2369	7197	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.44-3.52	0.2921	419	0.2265	7349	X-RAY DIFFRACTION	98.38
3.52-3.61	0.2426	403	0.2089	7229	X-RAY DIFFRACTION	98.57
3.61-3.71	0.2719	413	0.2135	7383	X-RAY DIFFRACTION	98.51
3.71-3.81	0.2403	380	0.2161	7297	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.81-3.94	0.2932	343	0.2254	7411	X-RAY DIFFRACTION	98.28
3.94-4.08	0.2918	377	0.2353	7259	X-RAY DIFFRACTION	97.95
4.08-4.24	0.2796	365	0.2085	7403	X-RAY DIFFRACTION	98.42
4.24-4.43	0.2341	408	0.1868	7354	X-RAY DIFFRACTION	98.43
4.43-4.67	0.2213	497	0.1807	7137	X-RAY DIFFRACTION	98.81
4.67-4.96	0.2497	363	0.1774	7413	X-RAY DIFFRACTION	98.68
4.96-5.34	0.2296	352	0.1846	7345	X-RAY DIFFRACTION	98.24
5.34-5.88	0.2478	420	0.1834	7308	X-RAY DIFFRACTION	98.99
5.88-6.73	0.2404	367	0.1927	7445	X-RAY DIFFRACTION	98.41
6.73-8.48	0.2475	380	0.1842	7332	X-RAY DIFFRACTION	98.64
8.48-67.3	0.2429	404	0.2311	7242	X-RAY DIFFRACTION	97.82

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.4798601851 Å / Origin y: 73.7941088 Å / Origin z: 127.50382686 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.43784662397 Å²	-0.0343206360182 Å²	0.0107557018033 Å²	-	0.512083300844 Å²	0.0204500392575 Å²	-	-	0.480323448032 Å²
L	0.051433579419 °²	-0.0208711637311 °²	0.00209967059955 °²	-	0.0979897791821 °²	0.031255740677 °²	-	-	0.120645208974 °²
S	0.0184411414408 Å °	-0.0149070139861 Å °	-0.0240724373494 Å °	-0.0152431686136 Å °	-0.0292268931794 Å °	0.0507618565277 Å °	0.0106293352 Å °	-0.0359417540425 Å °	0.0130775796065 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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