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- PDB-2nya: Crystal structure of the periplasmic nitrate reductase (NAP) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nya
タイトルCrystal structure of the periplasmic nitrate reductase (NAP) from Escherichia coli
要素Periplasmic nitrate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Molybdenum / Nitrate Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrate reductase (cytochrome) / nitrate reductase (cytochrome) activity / nitrate reductase complex / nitrate reductase activity / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space ...nitrate reductase (cytochrome) / nitrate reductase (cytochrome) activity / nitrate reductase complex / nitrate reductase activity / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #210 / Periplasmic nitrate reductase, large subunit / Nitrate reductase NapA-like, molybdopterin-binding domain / Rossmann fold - #740 / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 - #210 / Periplasmic nitrate reductase, large subunit / Nitrate reductase NapA-like, molybdopterin-binding domain / Rossmann fold - #740 / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Barwin-like endoglucanases / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / : / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-MGD / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic nitrate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jepson, B.J.N. / Richardson, D.J. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Spectropotentiometric and structural analysis of the periplasmic nitrate reductase from Escherichia coli
著者: Jepson, B.J. / Mohan, S. / Clarke, T.A. / Gates, A.J. / Cole, J.A. / Butler, C.S. / Butt, J.N. / Hemmings, A.M. / Richardson, D.J.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic nitrate reductase
F: Periplasmic nitrate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,09510
ポリマ－179,2382
非ポリマー3,8578
水16,664925
1
A: Periplasmic nitrate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5485
ポリマ－89,6191
非ポリマー1,9294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Periplasmic nitrate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5485
ポリマ－89,6191
非ポリマー1,9294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.449, 94.596, 131.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a monomer. Two copies are found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic nitrate reductase


分子量: 89618.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: napA / プラスミド: pJG460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LCB2048 / 参照: UniProt: P33937, nitrate reductase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-6MO / MOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#4: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 10% 2-propanol, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月15日
放射モノクロメーター: Diamond [111] and Ge [220]. Focussed by toroidal Zerodur mirror.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 56862 / Num. obs: 56852 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym value% possible all
2.5-2.642.30.3651.40.36597.8
2.64-2.82.40.3061.80.30698.1
2.8-2.992.50.2272.90.22798.1
2.99-3.232.60.16940.16997.8
3.23-3.542.60.1175.40.11797.4
3.54-3.952.60.0936.80.09397.2
3.95-4.562.60.0669.30.06696.9
4.56-5.592.60.0589.70.05896.4
5.59-7.912.60.05310.80.05395.5
7.91-65.232.40.055100.05593.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NAP

2nap


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 11.18 / SU ML: 0.243 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24314 2860 5 %RANDOM
Rwork0.18113 ---
obs0.18435 53973 97.11 %-
all-56833 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.451 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.12 Å20 Å23.15 Å2
2---3.08 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12604 0 206 925 13735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02213174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9717916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.46851580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37523.866626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.397152162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2451590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.27494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.28767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2730.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6381.58071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.058212676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67535934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6124.55216
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 188 -
Rwork0.283 3989 -
obs--97.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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