PDB-6fg2: CRYSTAL STRUCTURE OF FAB OF NATALIZUMAB IN COMPLEX WITH FAB OF NAA84.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fg2

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF FAB OF NATALIZUMAB IN COMPLEX WITH FAB OF NAA84.

要素

HEAVY CHAIN FAB NAA84
HEAVY CHAIN FAB NATALIZUMAB
LIGHT CHAIN FAB NAA84
LIGHT CHAIN FAB NATALIZUMAB

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.788 Å

データ登録者

Bertrand, T. / Pouzieux, S.

引用

ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2019
タイトル: A single T cell epitope drives the neutralizing anti-drug antibody response to natalizumab in multiple sclerosis patients.
著者: Cassotta, A. / Mikol, V. / Bertrand, T. / Pouzieux, S. / Le Parc, J. / Ferrari, P. / Dumas, J. / Auer, M. / Deisenhammer, F. / Gastaldi, M. / Franciotta, D. / Silacci-Fregni, C. / Fernandez ...

履歴

登録	2018年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fg2.cif.gz	333.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fg2.ent.gz	267.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fg2_validation.pdf.gz	795.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fg2_full_validation.pdf.gz	809.9 KB	表示
XML形式データ	6fg2_validation.xml.gz	55.7 KB	表示
CIF形式データ	6fg2_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fg1C 3s37S 4irzS 4od2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cic-d 1iai-d 5t4z-d 1pg7-2 6vrq-d 6dcv-d 6btj-d 5jo4-d 6bpe-2 6axl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

D: HEAVY CHAIN FAB NAA84

E: LIGHT CHAIN FAB NAA84

F: HEAVY CHAIN FAB NAA84

G: LIGHT CHAIN FAB NAA84

H: HEAVY CHAIN FAB NATALIZUMAB

I: HEAVY CHAIN FAB NATALIZUMAB

L: LIGHT CHAIN FAB NATALIZUMAB

M: LIGHT CHAIN FAB NATALIZUMAB

ヘテロ分子

195 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: HEAVY CHAIN FAB NAA84

E: LIGHT CHAIN FAB NAA84

I: HEAVY CHAIN FAB NATALIZUMAB

M: LIGHT CHAIN FAB NATALIZUMAB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
97.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: HEAVY CHAIN FAB NAA84

G: LIGHT CHAIN FAB NAA84

H: HEAVY CHAIN FAB NATALIZUMAB

L: LIGHT CHAIN FAB NATALIZUMAB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.404, 66.619, 199.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体

HEAVY CHAIN FAB NAA84

分子量: 25857.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

LIGHT CHAIN FAB NAA84

分子量: 22878.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 抗体

HEAVY CHAIN FAB NATALIZUMAB

分子量: 25427.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 抗体

LIGHT CHAIN FAB NATALIZUMAB

分子量: 23346.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#5: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.99 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES 100mM - PEG 400 35% - NaCl 200mM - MPD 4% - pH6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.788→197.06 Å / Num. obs: 40020 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 69.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.788→3.143 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IRZ, 3S37 and 4OD2

4irz

3s37

4od2

解像度: 2.788→55.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.867 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.834 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.485

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	1992	4.98 %	RANDOM
R_work	0.238	-	-	-
obs	0.239	40000	58.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2469 Å²	0 Å²	3.3592 Å²
2-	-	-7.5403 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.2935 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.52 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.788→55.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13096	0	28	0	13124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	13457	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	18346	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4408	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2245	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13457	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.13
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.09
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1789	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14256	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.5588	-	5 %
R_work	0.4465	-	-
all	0.4522	100	-
obs	-	-	2.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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