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- PDB-6ev2: Crystal structure of antibody against schizophyllan in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ev2
タイトルCrystal structure of antibody against schizophyllan in complex with laminarihexaose
要素
  • Heavy chain
  • Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Schizophyllan / laminarihexaose
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / beta-laminaribiose / beta-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Sung, K.H. / Josewski, J. / Duebel, S. / Blankenfeldt, W. / Rau, U.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural insights into antigen recognition of an anti-beta-(1,6)-beta-(1,3)-D-glucan antibody.
著者: Sung, K.H. / Josewski, J. / Dubel, S. / Blankenfeldt, W. / Rau, U.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain
B: Light chain
C: Heavy chain
D: Light chain
E: Heavy chain
F: Light chain
G: Heavy chain
H: Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,34510
ポリマ－188,8228
非ポリマー5222
水9,530529
1
A: Heavy chain
B: Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3863
ポリマ－47,2062
非ポリマー1801
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
2
C: Heavy chain
D: Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5483
ポリマ－47,2062
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
3
E: Heavy chain
F: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2062
ポリマ－47,2062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
4
G: Heavy chain
H: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2062
ポリマ－47,2062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.732, 131.502, 91.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
Heavy chain


分子量: 23665.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Light chain


分子量: 23540.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, Sodium acetate, lithium sulfate, PEG 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→91 Å / Num. obs: 74793 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.403→2.445 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3694 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 0.84 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EV1

6ev1


解像度: 2.403→55.787 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 3664 4.91 %
Rwork0.1935 --
obs0.1954 74686 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→55.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13102 0 35 529 13666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75618369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6158064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062307
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4033-2.43490.3461160.29282741X-RAY DIFFRACTION100
2.4349-2.46830.32031470.27252713X-RAY DIFFRACTION100
2.4683-2.50360.34661380.27642723X-RAY DIFFRACTION100
2.5036-2.54090.3391180.25872729X-RAY DIFFRACTION100
2.5409-2.58060.3221520.24642751X-RAY DIFFRACTION100
2.5806-2.62290.30161410.25252721X-RAY DIFFRACTION100
2.6229-2.66820.30911450.24282735X-RAY DIFFRACTION100
2.6682-2.71670.27221520.24712678X-RAY DIFFRACTION100
2.7167-2.76890.31031230.24762734X-RAY DIFFRACTION100
2.7689-2.82540.30311460.24452733X-RAY DIFFRACTION100
2.8254-2.88690.27361270.24642725X-RAY DIFFRACTION100
2.8869-2.9540.26511320.24362760X-RAY DIFFRACTION100
2.954-3.02790.2881600.2392734X-RAY DIFFRACTION100
3.0279-3.10980.25011360.2312679X-RAY DIFFRACTION100
3.1098-3.20130.27191400.2152743X-RAY DIFFRACTION100
3.2013-3.30460.27021380.20952732X-RAY DIFFRACTION100
3.3046-3.42270.22251370.20692754X-RAY DIFFRACTION100
3.4227-3.55970.19221480.2022741X-RAY DIFFRACTION100
3.5597-3.72170.23091550.19472710X-RAY DIFFRACTION100
3.7217-3.91780.21151460.18972705X-RAY DIFFRACTION100
3.9178-4.16320.23181300.16442762X-RAY DIFFRACTION100
4.1632-4.48450.20121370.14192741X-RAY DIFFRACTION100
4.4845-4.93560.16521510.13222723X-RAY DIFFRACTION100
4.9356-5.64920.18051610.14522747X-RAY DIFFRACTION100
5.6492-7.11510.20991460.1712756X-RAY DIFFRACTION100
7.1151-55.80220.20391420.16722752X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81881.2917-0.1693.27890.3456-0.1660.222-0.763-0.10220.166-0.3699-0.26590.03950.11850.1450.5483-0.084-0.01160.81710.07160.29718.2188-2.846347.3859
21.88511.2844-0.1672.412-0.10610.41680.0299-0.45610.08320.0662-0.1307-0.00390.01770.15020.09230.41820.018-0.01540.4168-0.03790.194-7.3907-1.725738.8312
31.2613-1.87280.04154.8335-0.88080.10570.13350.2864-0.1521-0.2746-0.08050.30820.0155-0.1286-0.04410.51160.0283-0.04730.4637-0.0460.268631.7546-1.1243-2.4214
41.1335-1.1502-0.15022.767-0.30020.2868-0.04940.26840.03510.0501-0.00540.0418-0.0194-0.11090.07620.4374-0.041-0.04820.38120.00040.234946.9482-0.83136.632
50.87720.17920.1893.11680.36260.6037-0.06250.565-0.0118-0.42110.0815-0.29270.10590.0961-0.00230.6304-0.09540.11290.93410.03120.3581.1148-3.9494-9.4481
61.7842-0.9783-0.15762.78650.30730.6501-0.01640.4791-0.01270.0156-0.00530.01550.00130.08750.03380.3944-0.06870.01330.4509-0.01390.2069-11.9494-5.08133.5579
70.79040.4654-0.10763.764-0.87420.3487-0.0442-0.23370.04760.47250.18290.2612-0.0528-0.1215-0.11560.58890.09310.08930.5384-0.01470.263838.0921-5.995354.5355
81.38891.038-0.46943.21170.03430.4781-0.0412-0.2449-0.02140.11160.0458-0.07160.00170.03070.00950.38780.0535-0.01630.39570.02330.217751.4274-6.429641.777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:220)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:217)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:222)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:217)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:220)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 1:213)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq 1:220)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 1:213)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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