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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6esa | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp120 and AMP | ||||||
![]() | (cAMP-dependent protein kinase ...![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage 著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 240.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5nw8C ![]() 5o0eC ![]() 5o5mC ![]() 5ol3C ![]() 5ot3C ![]() 5ouaC ![]() 5ousC ![]() 6egwC ![]() 6eh0C ![]() 6eh2C ![]() 6em2C ![]() 6em6C ![]() 6em7C ![]() 6emaC ![]() 6ertC ![]() 6eruC ![]() 6ervC ![]() 6erwC ![]() 6i2aC ![]() 6i2bC ![]() 6i2cC ![]() 6i2dC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 AE
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P25321, ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 1946.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PKI 5-22 with N20RBS mutation 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: G3HK48*PLUS |
-糖 , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/RIP.gif)
#5: 糖 | ChemComp-RIP / ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 336分子 ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / ![]() | ||
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#4: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 % |
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結晶化![]() | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 55 mM lithium chloride, 10 mM magnesium chloride 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM AMP, 20% v/v methanol/water in reservoir |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.31→35.562 Å / Num. obs: 106860 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.39 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 21.79 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.39 Å / 冗長度: 4.38 % / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique obs: 16609 / CC1/2: 0.87 / Rsym value: 0.491 / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.307→35.562 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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