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万見
- PDB-6ee2: X-ray crystal structure of Pf-M17 in complex with inhibitor 6i an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ee2
タイトルX-ray crystal structure of Pf-M17 in complex with inhibitor 6i and regulatory zinc ion
要素Pf-M17
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / M17 LEUCYL-AMINOPEPTIDASE / PROTEASE / INHIBITOR / HYDROXAMIC ACID / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like ...Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Chem-J1V / CYTOSOL_AP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum NF135/5.C10 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Drinkwater, N. / McGowan, S.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1063786 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT100100690 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Hydroxamic Acid Inhibitors Provide Cross-Species Inhibition of Plasmodium M1 and M17 Aminopeptidases.
著者: Vinh, N.B. / Drinkwater, N. / Malcolm, T.R. / Kassiou, M. / Lucantoni, L. / Grin, P.M. / Butler, G.S. / Duffy, S. / Overall, C.M. / Avery, V.M. / Scammells, P.J. / McGowan, S.
履歴
登録2018年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pf-M17
B: Pf-M17
C: Pf-M17
D: Pf-M17
E: Pf-M17
F: Pf-M17
G: Pf-M17
H: Pf-M17
I: Pf-M17
J: Pf-M17
K: Pf-M17
L: Pf-M17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)719,510119
ポリマ－701,27612
非ポリマー18,235107
水72,0604000
1
A: Pf-M17
B: Pf-M17
C: Pf-M17
D: Pf-M17
E: Pf-M17
F: Pf-M17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,26358
ポリマ－350,6386
非ポリマー8,62552
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39060 Å2
ΔGint-317 kcal/mol
Surface area95400 Å2
手法PISA
2
G: Pf-M17
H: Pf-M17
I: Pf-M17
J: Pf-M17
K: Pf-M17
L: Pf-M17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,24861
ポリマ－350,6386
非ポリマー9,61055
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40350 Å2
ΔGint-338 kcal/mol
Surface area95660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.183, 177.867, 229.645
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Pf-M17


分子量: 58439.629 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 85-605 / 変異: N152Q,N515Q,N563Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum NF135/5.C10 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFNF135_05834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: W4I9J7

-
非ポリマー , 8種, 4107分子

#2: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-J1V / N-[(1R)-2-(hydroxyamino)-2-oxo-1-(3',4',5'-trifluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl]cyclohexanecarboxamide


分子量: 406.398 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21F3N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物...
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4000 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.77 Å / Num. obs: 409865 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 18.91 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.514 / Rpim(I) all: 0.235 / Rrim(I) all: 0.568 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.144.83.004202520.3211.413.33699.9
11.5-44.775.10.06824760.9760.0320.07692.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.9データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→44.77 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 20443 5.01 %
Rwork0.1934 --
obs0.1957 408280 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.65 Å2 / Biso mean: 20.5723 Å2 / Biso min: 4.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47325 0 933 4000 52258
Biso mean--32.29 26.93 -
残基数----6189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00849205
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8866612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.23735485
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12390.34636250.3025127831340898
2.1239-2.14880.35226550.2989128331348899
2.1488-2.17510.33917360.2853126841342099
2.1751-2.20260.30646830.2736128871357099
2.2026-2.23160.33147150.2734128071352299
2.2316-2.26210.30946580.2601128981355699
2.2621-2.29450.31066700.25621290313573100
2.2945-2.32870.31086820.25381295713639100
2.3287-2.36510.30246830.24191290313586100
2.3651-2.40390.29826860.24451297213658100
2.4039-2.44530.28566980.23281295813656100
2.4453-2.48980.28386830.22561295613639100
2.4898-2.53770.2846800.22231293813618100
2.5377-2.58940.29656980.22561295313651100
2.5894-2.64570.26476620.21091303313695100
2.6457-2.70730.25426610.20041297913640100
2.7073-2.7750.25497390.19811293013669100
2.775-2.850.25556590.19651304113700100
2.85-2.93380.25136090.19471308313692100
2.9338-3.02850.2547020.19431298913691100
3.0285-3.13670.24576670.18191305313720100
3.1367-3.26230.23667230.17781298513708100
3.2623-3.41070.21086970.17381300413701100
3.4107-3.59050.21326870.1643129861367399
3.5905-3.81530.18737400.1464129501369099
3.8153-4.10970.18146710.1412129581362999
4.1097-4.52290.15916790.1268129741365398
4.5229-5.17660.16096540.1313129831363798
5.1766-6.51870.19826950.1612128981359397
6.5187-44.78040.17966460.1634125591320592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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