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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kr5 | ||||||
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Title | Structure of a protease 4 | ||||||
![]() | M17 leucyl aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / protease / Aminopeptidase | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidases / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidases / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McGowan, S. / Whisstock, J.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the Plasmodium falciparum M17 aminopeptidase and significance for the design of drugs targeting the neutral exopeptidases Authors: McGowan, S. / Oellig, C.A. / Birru, W.A. / Caradoc-Davies, T.T. / Stack, C.M. / Lowther, J. / Skinner-Adams, T. / Mucha, A. / Kafarski, P. / Grembecka, J. / Trenholme, K.R. / Buckle, A.M. / ...Authors: McGowan, S. / Oellig, C.A. / Birru, W.A. / Caradoc-Davies, T.T. / Stack, C.M. / Lowther, J. / Skinner-Adams, T. / Mucha, A. / Kafarski, P. / Grembecka, J. / Trenholme, K.R. / Buckle, A.M. / Gardiner, D.L. / Dalton, J.P. / Whisstock, J.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3kqxSC ![]() 3kqzC ![]() 3kr4C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 58708.973 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: residues 84-605 / Mutation: N152Q, N515Q, N546Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 3D7 / Plasmid: pTrc-His2b / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 2414 molecules ![](data/chem/img/CO3.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/BEY.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/BEY.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CO3 / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-BEY / ( #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-1PE / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 40% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M LiSO4, 1mM TCEP, 1mM ZnCl2, 1mM Co4/BEY, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 9, 2009 |
Radiation | Monochromator: Double crystal silicon 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95376 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.56→78.9 Å / Num. obs: 217885 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Rsym value: 0.164 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 2662653 |
Reflection shell | Resolution: 2.56→2.74 Å / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 390909 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3KQX Resolution: 2.56→77.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 28.392 / SU ML: 0.281 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 2.209 / ESU R Free: 0.359 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 295.39 Å2 / Biso mean: 24.299 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.56→77.7 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 2422 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.556→2.622 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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