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- PDB-4r6t: Structure of the m17 leucyl aminopeptidase from malaria complexed... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r6t | ||||||
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Title | Structure of the m17 leucyl aminopeptidase from malaria complexed with a hydroxamic acid-based inhibitor | ||||||
![]() | M17 leucyl aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidases / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidases / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drinkwater, N. / Mcgowan, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Two-Pronged Attack: Dual Inhibition of Plasmodium falciparum M1 and M17 Metalloaminopeptidases by a Novel Series of Hydroxamic Acid-Based Inhibitors. Authors: Mistry, S.N. / Drinkwater, N. / Ruggeri, C. / Sivaraman, K.K. / Loganathan, S. / Fletcher, S. / Drag, M. / Paiardini, A. / Avery, V.M. / Scammells, P.J. / McGowan, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4r5tC ![]() 4r5vC ![]() 4r5xC ![]() 4r76C ![]() 4r7mC ![]() 3kr4S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | the biological unit is a hexamer, there are 2 biological units in the asymmetric unit |
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Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 58708.973 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 1783 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CO3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/R5T.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/R5T.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CO3 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-R5T / #6: Chemical | ChemComp-1PE / #7: Chemical | ChemComp-DMS / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 1 mM TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 6, 2013 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→77.95 Å / Num. all: 494683 / Num. obs: 189586 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 30.195 Å2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3KR4 Resolution: 2.6→46.702 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.0838 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→46.702 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 89.122 Å / Origin y: 55.5939 Å / Origin z: 79.8555 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |