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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cbm | ||||||
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Title | Crystal structure of PfA-M17 with virtual ligand inhibitor | ||||||
![]() | M17 family aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / M17 LEUCYL-AMINOPEPTIDASE / PROTEASE / INHIBITOR / HYDROXAMIC ACID | ||||||
Function / homology | ![]() leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruggeri, C. / Drinkwater, N. / McGowan, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Identification and Validation of a Potent Dual Inhibitor of the P. falciparum M1 and M17 Aminopeptidases Using Virtual Screening. Authors: Ruggeri, C. / Drinkwater, N. / Sivaraman, K.K. / Bamert, R.S. / McGowan, S. / Paiardini, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1015.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zqtC ![]() 3kqzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
#1: Protein | Mass: 57564.648 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: UNP residues 87-605 / Mutation: N152Q,N515Q,N563Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: PFFVO_05086 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 3323 molecules ![](data/chem/img/CO3.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/4ZN.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/4ZN.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CO3 / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-4ZN / ( #5: Chemical | ChemComp-1PE / #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | ChemComp-SO4 / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 23, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→48.98 Å / Num. obs: 315610 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 24.19 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.482 / Rpim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 2509800 / Scaling rejects: 1303 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3KQZ Resolution: 2.3→48.976 Å / FOM work R set: 0.7737 / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.33 Å2 / Biso mean: 26.91 Å2 / Biso min: 8.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→48.976 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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