PDB-4k3n: Phosphonic Arginine Mimetics as Inhibitors of the M17 Aminopeptid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k3n

タイトル

Phosphonic Arginine Mimetics as Inhibitors of the M17 Aminopeptidases from Plasmodium falciparum

要素

M17 leucyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Aminopeptidase / Leucyl aminopeptidase / Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

McGowan, S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of Phosphonic Arginine Mimetics as Inhibitors of the M1 and M17 Aminopeptidases from Plasmodium falciparum.
著者: Kannan Sivaraman, K. / Paiardini, A. / Sienczyk, M. / Ruggeri, C. / Oellig, C.A. / Dalton, J.P. / Scammells, P.J. / Drag, M. / McGowan, S.

履歴

登録	2013年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k3n.cif.gz	2.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k3n.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k3n_validation.pdf.gz	6.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k3n_full_validation.pdf.gz	6.7 MB	表示
XML形式データ	4k3n_validation.xml.gz	222.8 KB	表示
CIF形式データ	4k3n_validation.cif.gz	303.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k5lC 4k5mC 4k5nC 4k5oC 4k5pC 3kqxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ee2-2 4zy0-1 4r6t-2 3kqx-2 5cbm-1 3kqz-2 3kqx-1 4x2t-1 3kqz-1 4zy1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

725 kDa, 12 ポリマー
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1

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
363 kDa, 6 ポリマー
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2

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
362 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.716, 177.079, 229.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	M17 leucyl aminopeptidase 分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 断片: unp residues 84-605 / 変異: D152N, D515N, D516N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: LAP, PF14_0439 / プラスミド: pTrc-His2b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IL11

#1: タンパク質

M17 leucyl aminopeptidase

分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 断片: unp residues 84-605 / 変異: D152N, D515N, D516N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: LAP, PF14_0439 / プラスミド: pTrc-His2b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IL11

-
非ポリマー , 7種, 1899分子

#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION 分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 化合物	ChemComp-1OT / {(R)-amino[4-(1H-pyrazol-1-yl)phenyl]methyl}phosphonic acid 分子量: 253.194 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₃O₃P
#5: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	... ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL 分子量: 414.488 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40% PEG 400, 0.1M Tris, 0.2M LiSO4, 1mM TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.96181 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→62 Å / Num. all: 2545970 / Num. obs: 472101 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 %
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3KQX

3kqx

解像度: 2→45.106 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: Rfree / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2401	23713	5.03 %	Rfree flags from 3KQX
R_work	0.1964	-	-	-
obs	0.1986	471337	99.82 %	-
all	-	472101	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47188	0	867	1784	49839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	48905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.111	66184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.059	17484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	7547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	8328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3217	802	0.2722	14801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.3067	795	0.2641	14849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.3097	766	0.2576	14814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.294	804	0.2431	14805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.2996	772	0.234	14833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2891	781	0.2332	14848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.2681	752	0.2246	14878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.2641	770	0.2169	14894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.2723	796	0.2194	14821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.277	762	0.2127	14875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.2536	771	0.2079	14898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3712	0.2615	796	0.2003	14830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3712-2.4168	0.2688	814	0.2053	14893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4168-2.4661	0.2659	813	0.2046	14832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4661-2.5198	0.265	830	0.2062	14878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5784	0.2571	830	0.204	14799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6428	0.2503	754	0.2004	14929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.7143	0.2725	773	0.2021	14940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.7942	0.2477	788	0.2014	14922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7942-2.8843	0.2468	789	0.1982	14917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8843-2.9874	0.2448	792	0.2012	14942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9874-3.107	0.2658	837	0.2138	14910	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.2483	0.2355	762	0.2064	14962	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2483-3.4196	0.2456	763	0.1988	15011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4196-3.6337	0.2124	781	0.1818	14995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6337-3.9141	0.2054	781	0.1689	14982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9141-4.3077	0.1852	785	0.153	15099	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3077-4.9304	0.1673	815	0.1363	15085	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9304-6.2092	0.2054	793	0.1714	15246	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2092-45.1179	0.1896	846	0.1795	15136	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0004	0.0007	-0.0002	0.0033	0.0016	0.0004	-0.0021	-0.0149	0.0051	0.0067	0.0128	0.001	-0.0115	-0.016	0.0104	0.0791	0.04	0.0112	0.0765	0.0063	0.0403	58.6909	87.0842	38.0139
2	0.0136	0.0166	0.0101	0.0231	0.0115	0.0149	0.0047	-0.0192	-0.0212	0.0397	0.0001	-0.0054	0.0128	-0.0043	0.0043	0.1092	0.0339	0.0166	0.1078	0.0217	0.0827	49.1586	70.0486	54.2397
3	0.0028	-0.0009	-0.0011	0.0035	0	0.0004	-0.0032	-0.0075	-0.0016	0.0094	0.012	-0.0061	0.0026	0.0065	0.0073	0.0735	0.0355	0.0016	0.0987	-0.0057	0.0446	58.4287	80.2666	43.1931
4	0.0105	0.0137	0.002	0.0205	0.0037	0.0007	-0.0084	0.0003	0.0113	-0.001	0.0084	-0.0047	-0.0077	-0.0105	-0.0022	0.0529	0.0126	0.0343	0.0746	-0.0139	0.0435	59.9055	86.0999	44.1397
5	0.0114	-0.0018	0	0.0096	0.0046	0.004	-0.0149	-0.0449	0.0255	-0.0061	0.0172	-0.0194	-0.0117	0.0025	-0	0.0577	0.0039	0.0253	0.057	0.0053	0.1267	85.8092	88.8175	30.4744
6	0.0018	-0.0014	0.0009	0.0016	-0.0014	0.0015	-0.0224	-0.0288	0.0021	0.0032	0.0036	-0.0061	-0.0026	0.0027	-0	0.0933	0.0099	0.0082	0.0842	0.0084	0.0922	85.2435	79.8741	46.83
7	0.0015	-0.0005	0.0018	-0.0003	-0.0007	0.0017	-0.0068	-0.0138	0.0017	0.0151	-0.007	-0.0206	0.004	-0.0061	-0.003	0.0698	0.0119	0.0365	0.0821	0.0071	0.0885	97.8812	74.1197	39.8962
8	0.0011	0.0012	-0.0016	0.0064	-0.0088	0.0117	-0.0004	-0.0191	0.0098	0.0099	0.0006	0.0009	-0.0092	0.0072	-0.0024	0.0412	0.0049	0.0002	0.0559	-0.0198	0.058	83.7057	80.9885	41.6512
9	0.0129	-0.0062	-0.0145	0.0264	-0.0046	0.0429	-0.036	-0.0266	0.0166	0.0027	0.0127	0.0105	0.0352	0.0467	-0.0063	0.0571	0.0307	0.0251	0.0928	0.0254	0.1276	135.4415	70.6232	32.7176
10	0.0152	0.0008	-0.0223	0.0075	-0.0196	0.0758	-0.0134	-0.0088	-0.0107	-0.009	-0.007	-0.0247	0.054	0.0192	-0.0312	0.0612	-0.0034	0.0123	0.0535	-0.0421	0.1267	130.2591	68.5041	28.3072
11	0.0136	0.0105	0.006	0.0075	0.0036	0.0102	-0.0066	0.0064	-0.0058	-0.004	0.0083	-0.0116	0.0005	0.0169	-0.0071	0.0249	-0.0091	0.0019	0.0508	-0.0245	0.0997	131.5104	74.9791	21.7404
12	0.0065	-0.0013	0.0002	0.0121	-0.0008	0.001	0.0031	0.0127	0.0235	-0.0267	0.0122	-0.0277	-0.011	0.0085	0.0079	0.0435	-0.0242	0.055	0.0458	0.0566	0.1082	109.0043	74.8401	2.7407
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56	0.0006	0	0.0006	0.0013	0.0009	0.0046	0.0035	0.0082	-0.0096	-0.0054	0.0085	-0.0264	0.0132	0.0156	0.0061	0.0809	0.0071	0.0083	0.0507	-0.0449	0.1034	105.5925	22.8056	109.6038
57	0.0123	-0.0071	-0.002	0.0187	0.002	0.0101	-0.0027	0.0102	-0.0302	0.0034	0.0007	-0.0311	0.0126	0.0098	-0.0095	0.0336	0.018	-0.0231	0.0022	-0.0298	0.085	109.4697	28.0112	136.1193
58	0.0085	0.0058	0.0002	0.0073	0.0009	0.0081	-0.0022	0.0134	-0.0101	0.0116	-0.0013	-0.0213	-0.0064	0.0115	-0.0048	0.0468	-0.0088	-0.0058	0.0361	-0.0207	0.0854	119.3506	42.2657	125.6026
59	0.0014	0.0012	-0.0003	0.0014	0.0003	0.0008	0.006	-0.011	-0.0052	0.0065	0.0062	-0.0121	-0.0112	0.0028	0.0001	0.0561	0.0155	-0.0138	0.0525	0.0029	0.0733	114.9215	45.6022	143.1704
60	0.003	-0.003	0.0029	0.0077	-0.0013	0.0058	-0.0034	0.0002	-0.0014	-0.0026	-0.0068	0.0014	0.0033	0.0012	-0.0145	0.0197	0.0076	0.0061	0.0104	-0.0096	0.0338	112.0418	33.7328	123.8305
61	0.0092	-0.001	-0.0055	0.0013	0.0004	0.003	-0.0134	-0.0131	0.0158	0.0143	-0.0033	-0.0242	-0.0015	0.0119	-0.0009	0.0782	-0.0058	-0.0444	0.0843	0.013	0.0838	119.6245	50.9606	171.1437
62	0.0027	0.0037	-0.0058	0.0062	-0.0106	0.0179	0.0183	-0.01	0.0285	0.0185	0.0086	-0.0351	-0.0229	0.0418	0.0014	0.0925	0.009	-0.0174	0.1231	0.0357	0.2138	128.0199	72.8106	166.0276
63	0.0147	-0.0074	0.0082	0.0024	-0.0065	0.0068	0.0127	-0.0575	-0.0252	0.0321	0.0223	-0.0182	0.0266	0.0012	0.1389	-0.0004	0.0449	-0.1236	0.0063	0.0712	-0.062	99.9676	50.187	169.9563
64	0.0073	0.0056	0.0021	0.0074	0.0049	0.0071	-0.0033	0.0014	0.0018	-0.0114	-0.0051	0.0124	-0.0017	-0.0088	-0.0242	0.0442	0.0034	-0.0564	0.0359	0.0121	0.0118	89.0111	57.8445	166.3042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 85 through 132 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 133 through 214 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 215 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 257 through 299 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 300 through 476 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 477 through 520 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 521 through 553 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 554 through 603 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 86 through 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 184 through 256 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 257 through 299 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 300 through 476 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 477 through 603 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 86 through 256 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 257 through 603 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 85 through 132 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 133 through 215 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 216 through 299 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 300 through 520 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 521 through 603 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 86 through 142 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 143 through 183 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 184 through 216 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 217 through 320 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 321 through 494 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 495 through 537 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 538 through 565 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 566 through 602 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 86 through 142 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 143 through 183 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 184 through 299 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 300 through 461 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 462 through 520 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 521 through 553 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 554 through 603 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 85 through 132 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 133 through 214 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 215 through 256 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 257 through 299 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 300 through 461 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 462 through 520 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 521 through 553 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 554 through 603 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 86 through 273 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 274 through 603 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 86 through 214 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 215 through 603 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'J' and (resid 85 through 132 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 133 through 216 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 217 through 299 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 300 through 476 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 477 through 603 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resid 86 through 132 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resid 133 through 183 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 184 through 246 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 247 through 299 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 300 through 494 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 495 through 537 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'K' and (resid 538 through 565 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'K' and (resid 566 through 602 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'L' and (resid 86 through 132 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'L' and (resid 133 through 215 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 216 through 520 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resid 521 through 606 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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