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- PDB-4zy1: X-ray crystal structure of PfA-M17 in complex with hydroxamic aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zy1
タイトルX-ray crystal structure of PfA-M17 in complex with hydroxamic acid-based inhibitor 10r
要素Probable M17 family aminopeptidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / M17 LEUCYL-AMINOPEPTIDASE / PROTEASE / INHIBITOR / HYDROXAMIC ACID / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like ...Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4U5 / CARBONATE ION / leucyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum FcB1/Columbia (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Drinkwater, N. / McGowan, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1063786 オーストラリア
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Potent dual inhibitors of Plasmodium falciparum M1 and M17 aminopeptidases through optimization of S1 pocket interactions.
著者: Drinkwater, N. / Vinh, N.B. / Mistry, S.N. / Bamert, R.S. / Ruggeri, C. / Holleran, J.P. / Loganathan, S. / Paiardini, A. / Charman, S.A. / Powell, A.K. / Avery, V.M. / McGowan, S. / Scammells, P.J.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable M17 family aminopeptidase
B: Probable M17 family aminopeptidase
C: Probable M17 family aminopeptidase
D: Probable M17 family aminopeptidase
E: Probable M17 family aminopeptidase
F: Probable M17 family aminopeptidase
G: Probable M17 family aminopeptidase
H: Probable M17 family aminopeptidase
I: Probable M17 family aminopeptidase
J: Probable M17 family aminopeptidase
K: Probable M17 family aminopeptidase
L: Probable M17 family aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)710,158109
ポリマ－695,78712
非ポリマー14,37197
水26,0321445
1
A: Probable M17 family aminopeptidase
B: Probable M17 family aminopeptidase
C: Probable M17 family aminopeptidase
D: Probable M17 family aminopeptidase
E: Probable M17 family aminopeptidase
F: Probable M17 family aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,60251
ポリマ－347,8936
非ポリマー6,70945
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27690 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area96270 Å2
手法PISA
2
G: Probable M17 family aminopeptidase
H: Probable M17 family aminopeptidase
I: Probable M17 family aminopeptidase
J: Probable M17 family aminopeptidase
K: Probable M17 family aminopeptidase
L: Probable M17 family aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,55558
ポリマ－347,8936
非ポリマー7,66252
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27460 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area95820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.097, 177.325, 229.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Probable M17 family aminopeptidase


分子量: 57982.230 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 84-605 / 変異: D152N,D515N,D516N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum FcB1/Columbia (マラリア病原虫)
株: isolate FcB1 / Columbia / プラスミド: PTRCHIS-2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A024V0B1, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 7種, 1542分子

#2: 化合物
ChemComp-4U5 / N-{(1R)-2-(hydroxyamino)-1-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]-2-oxoethyl}-2,2-dimethylpropanamide


分子量: 330.382 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O3
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物...
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.9 Å / Num. obs: 232933 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.24 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KQZ

3kqz


解像度: 2.5→48.9 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 11491 4.95 %
Rwork0.203 --
obs0.205 232204 95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46949 0 730 1445 49124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00348534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6365813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.33417327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0257540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038325
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.52840.42383360.33797425X-RAY DIFFRACTION97
2.5284-2.55820.35974140.3187349X-RAY DIFFRACTION96
2.5582-2.58940.41124030.32627381X-RAY DIFFRACTION96
2.5894-2.62210.3334070.30977415X-RAY DIFFRACTION96
2.6221-2.65660.33333730.29087380X-RAY DIFFRACTION96
2.6566-2.6930.35263940.29527414X-RAY DIFFRACTION96
2.693-2.73150.35333550.29047448X-RAY DIFFRACTION96
2.7315-2.77230.32263570.27897426X-RAY DIFFRACTION96
2.7723-2.81560.32333770.27097426X-RAY DIFFRACTION96
2.8156-2.86170.33823610.26197344X-RAY DIFFRACTION96
2.8617-2.91110.34354210.25527393X-RAY DIFFRACTION96
2.9111-2.9640.30934180.25077322X-RAY DIFFRACTION96
2.964-3.0210.2934080.24577360X-RAY DIFFRACTION96
3.021-3.08270.31264050.2497353X-RAY DIFFRACTION96
3.0827-3.14970.30453520.24897415X-RAY DIFFRACTION95
3.1497-3.22290.27064000.22777380X-RAY DIFFRACTION96
3.2229-3.30350.27623450.21847355X-RAY DIFFRACTION95
3.3035-3.39280.26793950.19957352X-RAY DIFFRACTION95
3.3928-3.49260.26223860.19767362X-RAY DIFFRACTION95
3.4926-3.60530.25133810.18987364X-RAY DIFFRACTION95
3.6053-3.73410.23513910.18137323X-RAY DIFFRACTION95
3.7341-3.88360.22593300.16847417X-RAY DIFFRACTION95
3.8836-4.06020.21113760.15767303X-RAY DIFFRACTION95
4.0602-4.27420.213970.1517319X-RAY DIFFRACTION94
4.2742-4.54180.17653870.13457321X-RAY DIFFRACTION94
4.5418-4.89220.16963830.13737289X-RAY DIFFRACTION94
4.8922-5.38390.21644000.15117259X-RAY DIFFRACTION93
5.3839-6.16170.2213520.16927304X-RAY DIFFRACTION93
6.1617-7.75810.21784030.16567285X-RAY DIFFRACTION92
7.7581-48.90970.1823840.15497229X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 84.6781 Å / Origin y: 233.5397 Å / Origin z: 35.4785 Å
111213212223313233
T0.0394 Å20.0074 Å2-0.0026 Å2-0.0306 Å2-0.0507 Å2--0.079 Å2
L0.0391 °20.0225 °2-0.0259 °2-0.0249 °2-0.0195 °2--0.0483 °2
S-0.0092 Å °0.0109 Å °-0.0293 Å °0.0005 Å °0.0107 Å °0.0145 Å °0.005 Å °0.0023 Å °0.0044 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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