PDB-4r76: Structure of the m17 leucyl aminopeptidase from malaria complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r76

タイトル

Structure of the m17 leucyl aminopeptidase from malaria complexed with a hydroxamic acid-based inhibitor

要素

M17 family aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum fcb1/columbia (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Drinkwater, N. / Mcgowan, S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Two-Pronged Attack: Dual Inhibition of Plasmodium falciparum M1 and M17 Metalloaminopeptidases by a Novel Series of Hydroxamic Acid-Based Inhibitors.
著者: Mistry, S.N. / Drinkwater, N. / Ruggeri, C. / Sivaraman, K.K. / Loganathan, S. / Fletcher, S. / Drag, M. / Paiardini, A. / Avery, V.M. / Scammells, P.J. / McGowan, S.

履歴

登録	2014年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r76.cif.gz	2.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r76.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r5tC 4r5vC 4r5xC 4r6tC 4r7mC 3kqzS 3ebg C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cbm-2 4r7m-1 4zyq-1 4r6t-1 6ee2-1 4zx9-1 3kr5-2 4r7m-2 3kr4-2 4zx8-2 3kr4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M17 family aminopeptidase

B: M17 family aminopeptidase

C: M17 family aminopeptidase

D: M17 family aminopeptidase

E: M17 family aminopeptidase

F: M17 family aminopeptidase

G: M17 family aminopeptidase

H: M17 family aminopeptidase

I: M17 family aminopeptidase

J: M17 family aminopeptidase

K: M17 family aminopeptidase

L: M17 family aminopeptidase

ヘテロ分子

715 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: M17 family aminopeptidase

B: M17 family aminopeptidase

C: M17 family aminopeptidase

D: M17 family aminopeptidase

E: M17 family aminopeptidase

F: M17 family aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
358 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: M17 family aminopeptidase

H: M17 family aminopeptidase

I: M17 family aminopeptidase

J: M17 family aminopeptidase

K: M17 family aminopeptidase

L: M17 family aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
358 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	174.041, 177.408, 231.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

the biological unit is a hexamer, there are 2 biological units in the asymmetric unit

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	M17 family aminopeptidase 分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 断片: unp residues 84-611 / 変異: D152N, D515N, D516N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum fcb1/columbia (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IL11*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 1866分子

#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 化合物	ChemComp-R5X / 3-amino-N-{(1R)-2-(hydroxyamino)-2-oxo-1-[4-(1H-pyrazol-1-yl)phenyl]ethyl}benzamide 分子量: 351.359 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇N₅O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 1 mM TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月6日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.59 Å / Num. obs: 210997 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.39 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
GDA		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KQZ

3kqz

解像度: 2.5→36.21 Å / SU ML: 0.3 / 位相誤差: 29.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	10411	4.94 %
R_work	0.207	-	-
obs	0.209	210675	85.4 %

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46790	0	568	1796	49154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	48254
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.65	65440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.062	17217
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	7516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	8294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5285	0.3355	255	0.2871	5203	X-RAY DIFFRACTION	67
2.5285-2.5582	0.3192	275	0.2751	5369	X-RAY DIFFRACTION	69
2.5582-2.5894	0.317	294	0.2799	5475	X-RAY DIFFRACTION	71
2.5894-2.6222	0.3231	313	0.2745	5571	X-RAY DIFFRACTION	73
2.6222-2.6567	0.3226	264	0.2705	5791	X-RAY DIFFRACTION	74
2.6567-2.6931	0.3004	301	0.2785	5878	X-RAY DIFFRACTION	76
2.6931-2.7315	0.337	279	0.2762	6085	X-RAY DIFFRACTION	78
2.7315-2.7723	0.2948	287	0.2783	6162	X-RAY DIFFRACTION	79
2.7723-2.8156	0.3157	338	0.2627	6300	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8156-2.8617	0.3146	316	0.2497	6471	X-RAY DIFFRACTION	83
2.8617-2.9111	0.2893	360	0.2546	6491	X-RAY DIFFRACTION	84
2.9111-2.964	0.2681	379	0.2438	6640	X-RAY DIFFRACTION	86
2.964-3.021	0.2831	355	0.2432	6763	X-RAY DIFFRACTION	87
3.021-3.0826	0.3023	373	0.2497	6864	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0826-3.1496	0.3006	342	0.2529	6960	X-RAY DIFFRACTION	89
3.1496-3.2228	0.2822	389	0.2382	7070	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2228-3.3033	0.269	318	0.2242	7133	X-RAY DIFFRACTION	91
3.3033-3.3926	0.2611	395	0.2119	7178	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3926-3.4923	0.2764	383	0.207	7226	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4923-3.605	0.2414	392	0.1965	7278	X-RAY DIFFRACTION	93
3.605-3.7337	0.2487	388	0.1911	7334	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7337-3.883	0.2113	343	0.1761	7349	X-RAY DIFFRACTION	93
3.883-4.0595	0.2273	391	0.1725	7292	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0595-4.2732	0.2082	386	0.1644	7270	X-RAY DIFFRACTION	93
4.2732-4.5405	0.1696	401	0.148	7237	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5405-4.8903	0.1804	380	0.1462	7214	X-RAY DIFFRACTION	92
4.8903-5.381	0.207	379	0.1613	7220	X-RAY DIFFRACTION	91
5.381-6.1563	0.2201	351	0.1824	7218	X-RAY DIFFRACTION	91
6.1563-7.7438	0.2215	388	0.1798	7165	X-RAY DIFFRACTION	90
7.7438-36.2176	0.1817	396	0.1622	7057	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 89.3334 Å / Origin y: 56.1982 Å / Origin z: 80.0074 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1611 Å²	0.0307 Å²	0.0021 Å²	-	0.2555 Å²	0.029 Å²	-	-	0.2707 Å²
L	-0.0004 °²	0.0151 °²	-0.0067 °²	-	0.0268 °²	0.0176 °²	-	-	0.1156 °²
S	-0.0073 Å °	-0.0292 Å °	-0.052 Å °	0.0053 Å °	0.0121 Å °	-0.0182 Å °	0.0064 Å °	0.0012 Å °	-0.0033 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	86 - 1003
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	86 - 1003
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	86 - 1003
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	86 - 1003
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	86 - 1003
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	86 - 1003
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	86 - 1003
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	86 - 1003
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	86 - 1003
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	86 - 1003
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	86 - 1003
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	86 - 1003
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 1004
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J - E	2 - 1004
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	7 - 1004
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	8 - 1004
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	9 - 1004
18	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	10 - 1004
19	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	11 - 1004
20	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	12 - 1004
21	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 1921
22	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1 - 1005
23	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	2 - 1005
24	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	3 - 1005
25	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 1005
26	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 1006
27	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	2 - 1007
28	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	3 - 1005
29	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	4 - 1005
30	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	5 - 1005
31	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	6 - 1005
32	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	7 - 1006
33	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	8 - 1005
34	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	9 - 1006
35	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	10 - 1005
36	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	11 - 1006
37	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	12 - 1006
38	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	13 - 1007
39	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F - E	14 - 1006
40	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 1007
41	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 1006
42	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 1009

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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