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- PDB-6dxd: Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxd
タイトルCrystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - C347S mutant
要素Chalcone synthase
キーワードTRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of anthocyanin biosynthetic process / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / plant-type vacuole membrane / flavonoid biosynthetic process / auxin polar transport / response to jasmonic acid / response to auxin / response to UV-B / response to gravity ...regulation of anthocyanin biosynthetic process / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / plant-type vacuole membrane / flavonoid biosynthetic process / auxin polar transport / response to jasmonic acid / response to auxin / response to UV-B / response to gravity / response to wounding / response to oxidative stress / endoplasmic reticulum / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1709616 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants.
著者: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone synthase
B: Chalcone synthase
C: Chalcone synthase
D: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,7464
ポリマ－172,7464
非ポリマー00
水32,8771825
1
A: Chalcone synthase
C: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3732
ポリマ－86,3732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
2
B: Chalcone synthase
D: Chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3732
ポリマ－86,3732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.860, 138.220, 108.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Chalcone synthase / Naringenin-chalcone synthase / Protein TRANSPARENT TESTA 4


分子量: 43186.598 Da / 分子数: 4 / 変異: C347S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CHS, TT4, At5g13930, MAC12.11, MAC12.14 / プラスミド: pHis8-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13114, chalcone synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月27日
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→32.92 Å / Num. obs: 201521 / % possible obs: 93.32 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 14.09 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.05533 / Rpim(I) all: 0.05533 / Rrim(I) all: 0.07824 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル解像度: 1.59→1.647 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3447 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 17370 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.3447 / Rrim(I) all: 0.4874 / % possible all: 65.39

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.68 Å34.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→32.92 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1685 1855 9.2 %
Rwork0.1451 --
obs0.1453 201487 93.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.1 Å2 / Biso mean: 22.5236 Å2 / Biso min: 6.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→32.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11956 0 0 1825 13781
Biso mean---30.64 -
残基数----1556
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.59-1.6330.2882900.2512106951078565
1.633-1.6810.2451040.2309110651116968
1.681-1.73530.23821400.2055151391527992
1.7353-1.79730.22721520.1945160481620098
1.7973-1.86930.1971510.1739160921624398
1.8693-1.95430.1981480.1577162241637298
1.9543-2.05740.2011520.1461161061625899
2.0574-2.18620.1741500.1371162661641699
2.1862-2.3550.15621540.1277162261638099
2.355-2.59190.17071510.1304163521650399
2.5919-2.96680.15791540.1338163501650499
2.9668-3.73710.14631530.13351646416617100
3.7371-34.14510.12911560.12921660516761100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58410.3412-0.71581.026-0.76261.84660.0834-0.06330.03560.0978-0.04880.0267-0.15060.0318-0.04750.04040.0214-0.01490.0701-0.01940.082822.91591.91836.629
23.1108-1.2285-4.57812.57151.67758.05810.25470.41640.176-0.2895-0.2429-0.0242-0.1377-0.334-0.03960.15340.06930.0160.16380.01260.105327.513811.1027-22.6224
31.3916-1.3295-0.83761.96210.84131.46590.04520.00480.1146-0.0641-0.0152-0.107-0.07440.1065-0.05120.1012-0.01080.0020.0819-0.00250.104636.23785.2331-10.8196
41.2796-0.6618-2.0730.85081.39524.61120.0622-0.15580.10850.02150.068-0.104-0.08090.2435-0.12840.0898-0.0046-0.01070.1045-0.01890.089133.55670.91426.338
50.30160.0168-0.38530.3994-0.08690.70390.0226-0.01420.01150.0053-0.00590.0072-0.0304-0.0181-0.00960.09980.0041-0.00440.0964-0.01420.086625.4355-3.816.2324
61.30410.32081.19790.1642-0.05843.03440.0152-0.23280.11830.1311-0.00960.0169-0.1012-0.2024-0.02810.12840.01950.01590.1256-0.03230.111312.39511.471917.7456
78.8186-1.960.33760.51970.00230.06710.10540.46440.1125-0.216-0.1315-0.01820.0179-0.10450.01110.11830.02010.00270.16120.01840.107319.3918-7.6147-13.4296
85.0066-0.7131-4.64451.02680.74954.3218-0.06150.1127-0.2203-0.0807-0.14190.26750.0291-0.21340.25740.10650.0015-0.0350.1551-0.01710.17161.1577-0.7275-2.0881
91.6359-0.0548-0.96530.6003-0.14312.2776-0.00480.18750.08-0.03890.00540.2247-0.1835-0.2602-0.02270.11170.0357-0.01690.1265-0.0130.1674.6238.7591-2.1494
101.445-0.0007-0.88461.33740.57372.24360.0369-0.08370.17960.08480.0140.1165-0.1995-0.0363-0.03180.1120.01990.00230.0646-0.02350.1116.459113.02863.2477
111.0764-0.4948-0.33932.97351.48512.4853-0.0082-0.02210.11390.09330.020.1856-0.1075-0.0846-0.01570.08350.02610.00730.0994-0.00980.1197.96545.85227.8643
120.46610.35560.33731.04480.5731.1342-0.0098-0.0944-0.03870.0289-0.05090.00570.1394-0.1050.03130.0873-0.00750.01070.06970.00240.0896-8.4213-15.371-37.8527
134.68260.80064.50032.74970.74098.12280.15660.1417-0.2541-0.21630.01030.13590.62940.1324-0.27280.2672-0.06870.00970.1191-0.0160.1388-17.8644-35.173-60.0986
140.5211-0.55490.57821.6141-0.76831.8036-0.00380.0494-0.0827-0.2406-0.00130.17770.2163-0.26690.00210.1727-0.0659-0.01880.1628-0.02050.1594-23.0292-22.427-52.7554
150.93160.13071.79250.37060.06295.4747-0.0165-0.05560.004-0.03990.03150.10180.1267-0.3588-0.02170.0876-0.02050.00330.1045-0.00630.1069-18.2107-11.3896-39.5909
160.5856-0.10570.2040.7406-0.06771.44830.01010.0512-0.039-0.02830.03170.06170.0031-0.14170.02120.0865-0.01080.00260.095-0.00140.1-12.5954-2.8112-35.5792
170.30690.12520.08110.44680.17660.6319-0.03590.0924-0.0371-0.07580.0422-0.00940.09290.0396-0.0170.1057-0.0207-0.00210.0802-0.00520.0784-7.2034-13.8709-44.0393
181.1281-0.2542-0.81340.71450.73581.0862-0.0186-0.1931-0.03870.12850.0572-0.02170.12290.1840.0140.13160.0066-0.02420.12350.01560.1062.5244-13.0642-27.3784
194.1106-2.34721.18291.3491-0.69550.35750.1420.419-0.296-0.2398-0.08770.14830.18960.1385-0.00070.17250.0042-0.02190.1661-0.05690.167-3.4952-17.6701-59.6687
201.27880.11280.54981.12170.02432.3568-0.04010.051-0.1237-0.00790.0505-0.1990.26770.2838-0.00580.14470.0459-0.00450.1014-0.01780.161810.2196-25.6001-41.5131
213.2509-0.4206-0.28271.00280.38971.4737-0.0155-0.0433-0.33060.04640.0464-0.12880.33440.08970.00610.20310.00750.00110.0789-0.00620.1624-1.2813-32.3792-41.5246
222.2183-0.81311.42631.3984-1.01845.0571-0.0187-0.0805-0.08610.16240.02880.0390.2072-0.0005-0.02350.1726-0.01210.00490.0691-0.00730.1137-5.9557-25.2549-31.6216
230.94180.211-0.16581.4755-1.12633.668-0.0392-0.0403-0.09650.14240.0243-0.0860.17320.11670.0130.12350.0276-0.01010.0634-0.00420.11744.6884-22.6918-33.7849
241.6873-0.4952-0.55880.8440.22740.6108-0.06340.0141-0.09820.0346-0.02940.0730.0905-0.06190.07040.0855-0.0101-0.00160.06360.02570.072720.6561-26.39215.7462
256.680.4964-4.27642.5094-1.17184.9873-0.0092-0.3048-0.1976-0.0788-0.1576-0.24310.30920.79020.06590.13380.05230.03110.19460.02990.188148.4114-36.76-2.838
261.34510.829-1.38773.1878-2.74862.8159-0.05210.1008-0.0877-0.2661-0.1158-0.23210.18680.05170.11390.16290.0090.0380.0941-0.00380.141635.519-31.0515-10.1977
276.47162.4632-4.35831.4965-1.68233.4508-0.14730.2163-0.174-0.15560.04810.0180.1605-0.20360.12120.0966-0.0034-0.00530.0858-0.01450.104719.1996-25.8396-4.9969
280.79920.0128-0.43040.7715-0.1441.1562-0.0124-0.0087-0.0014-0.0378-0.01740.060.03360.02240.02460.07690.0004-0.00180.0908-0.01110.114115.6642-18.50213.7155
291.5757-1.012-1.86011.17470.61992.76490.0129-0.12710.1155-0.02380.0103-0.21970.06860.3599-0.0480.09420.0130.00910.08420.00890.153836.0223-27.48470.0215
301.5938-0.25870.81160.38570.28270.9113-0.001-0.2398-0.09720.1037-0.02470.18570.1111-0.17360.02660.1311-0.01390.04630.13760.00880.161911.2915-25.038917.9411
310.1931-0.15371.00380.5844-1.96717.9637-0.0087-0.00730.0426-0.0601-0.1646-0.17030.10660.55120.11170.10270.03930.00860.17230.01420.122441.1395-17.64155.5845
324.8685-0.2224-6.23351.43640.20397.99020.0748-0.2129-0.05530.2018-0.1005-0.1407-0.16880.1402-0.03330.14490.0084-0.02440.17320.0160.136132.6259-23.330625.7871
333.0447-0.3478-1.74210.5909-0.17982.599-0.0621-0.2184-0.15750.1527-0.0101-0.11950.04260.17940.08390.14160.00980.01470.12210.03830.133331.8444-32.875622.7423
342.73660.7422-0.83141.54770.18381.7942-0.0771-0.086-0.19480.0998-0.0128-0.00530.2142-0.05450.0620.1256-0.00070.02580.06470.01370.122124.579-37.398412.0102
351.69771.5358-0.3842.9546-0.65410.9406-0.0919-0.1102-0.15280.12510.02120.03380.1183-0.03570.07660.10950.01480.03690.09490.01870.104521.5679-29.764320.781
361.3415-0.44071.05461.1355-0.43821.8161-0.05810.00670.0472-0.11120.01120.0851-0.2228-0.09350.04240.09290.01110.00530.0816-0.01460.0945-5.556311.8156-56.4664
370.4044-0.01730.32410.3781-0.06050.9267-0.01580.0194-0.0009-0.07680.00940.0002-0.0196-0.04020.00160.0871-0.00930.00040.105500.1007-1.2562.5826-56.1615
380.1363-0.1318-0.27990.37290.05520.81130.0393-0.0310.0312-0.0303-0.0308-0.0309-0.0508-0.07730.01920.09310.0004-0.00450.07620.01230.0917-4.90097.3393-44.6488
391.1036-0.00340.18890.54150.15031.1748-0.0263-0.03570.1125-0.03810.0275-0.0303-0.2060.0249-0.00660.1139-0.0194-0.01470.0660.00240.1182-0.836420.0076-42.6071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 48 )A7 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 68 )A49 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 95 )A69 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 122 )A96 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 123 through 230 )A123 - 230
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 231 through 252 )A231 - 252
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 253 through 276 )A253 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 277 through 296 )A277 - 296
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 297 through 326 )A297 - 326
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 327 through 362 )A327 - 362
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 363 through 395 )A363 - 395
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 7 through 48 )B7 - 48
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 49 through 67 )B49 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 68 through 95 )B68 - 95
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 96 through 122 )B96 - 122
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 123 through 159 )B123 - 159
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 160 through 230 )B160 - 230
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 231 through 252 )B231 - 252
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 253 through 276 )B253 - 276
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 277 through 312 )B277 - 312
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 313 through 343 )B313 - 343
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 344 through 362 )B344 - 362
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 363 through 395 )B363 - 395
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 7 through 48 )C7 - 48
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 49 through 68 )C49 - 68
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 69 through 95 )C69 - 95
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 96 through 122 )C96 - 122
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 123 through 201 )C123 - 201
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 202 through 230 )C202 - 230
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 231 through 252 )C231 - 252
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 253 through 276 )C253 - 276
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 277 through 296 )C277 - 296
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 297 through 326 )C297 - 326
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'C' and (resid 327 through 362 )C327 - 362
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 363 through 395 )C363 - 395
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 7 through 68 )D7 - 68
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 69 through 230 )D69 - 230
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 231 through 276 )D231 - 276
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 277 through 395 )D277 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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