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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dvv | ||||||
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タイトル | 2.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Klebsiella pneumoniae in Complex with NAD and Mn2+. | ||||||
要素 | 6-phospho-alpha-glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 6-phospho-alpha-glucosidase / NAD / Mn2+ | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maltose-6'-phosphate glucosidase / maltose-6'-phosphate glucosidase activity / sucrose metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023 タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae. 著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dvv.cif.gz | 364.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dvv.ent.gz | 303 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dvv_validation.pdf.gz | 807.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6dvv_full_validation.pdf.gz | 813.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6dvv_validation.xml.gz | 36.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dvv_validation.cif.gz | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6dt3C 6duxC 6dxnC 6e85C 6nauC 6nbgC 6ndiC 6wn5C 6wn8C 6x1lC 7rjjC 7tl5C 7tzpC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50334.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: aglB / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q9AGA6, maltose-6'-phosphate glucosidase |
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-非ポリマー , 7種, 388分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.3 mg/ml, 0.01M Tris-HCl pH 8.3, 2mM Mn; Screen: Classics II (G4), 0.2M Lithium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350; |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日 / 詳細: C(111) |
放射 | モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 47795 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.092 / Χ2: 1.525 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2327 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.324 / Rrim(I) all: 0.894 / Rsym value: 0.833 / Χ2: 0.991 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 12.533 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.294 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→28.99 Å
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拘束条件 |
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