PDB-6dvv: 2.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dvv

タイトル

2.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Klebsiella pneumoniae in Complex with NAD and Mn2+.

要素

6-phospho-alpha-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 6-phospho-alpha-glucosidase / NAD / Mn2+

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose-6'-phosphate glucosidase / maltose-6'-phosphate glucosidase activity / sucrose metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...

履歴

登録	2018年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dvv.cif.gz	370 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dvv.ent.gz	303.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/6dvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dt3C 6duxC 6dxnC 6e85C 6nauC 6nbgC 6ndiC 6wn5C 6wn8C 6x1lC 7rjjC 7tl5C 7tzpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vc6-3 6vc6-4 1gaq-1 6n17-1 5dvv-d 4euf-d 2yya-2 6qix-1 5xi0-1 3o2k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96847

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phospho-alpha-glucosidase

B: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.027, 86.027, 230.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-735- HOH
2	1	B-723- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	6-phospho-alpha-glucosidase 分子量: 50334.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: aglB / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q9AGA6, maltose-6'-phosphate glucosidase

-
非ポリマー , 7種, 388分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.3 mg/ml, 0.01M Tris-HCl pH 8.3, 2mM Mn; Screen: Classics II (G4), 0.2M Lithium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350;

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 47795 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.099 / R_sym value: 0.092 / Χ²: 1.525 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2327 / CC_1/2: 0.837 / R_pim(I) all: 0.324 / R_rim(I) all: 0.894 / R_sym value: 0.833 / Χ²: 0.991 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→28.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 12.533 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21896	2527	5.3 %	RANDOM
R_work	0.16428	-	-	-
obs	0.16709	45255	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.294 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.63 Å²	0.81 Å²	0 Å²
2-	-	1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.25→28.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6816	0	118	370	7304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	7148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.7	9719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.449	1.698	14949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.226	5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.631	22.622	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.957	15	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.733	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.04	0.02	7991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.037	0.02	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.437	3.635	3490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.434	3.635	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.633	5.442	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.633	5.443	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.142	4.099	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.138	4.099	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.701	6.001	5353
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.12	44.319	8111
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.098	44.042	8050
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.251→2.309 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	204	-
R_work	0.234	3247	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.761	1.3372	0.1125	2.3225	1.2217	3.3373	-0.0998	-0.3498	0.2795	0.2145	-0.0746	-0.0844	-0.3792	0.1047	0.1745	0.2556	-0.0761	-0.0994	0.1539	-0.076	0.1575	24.2168	22.1912	41.9152
2	0.7966	-0.0993	0.0693	0.2797	-0.5604	2.6196	-0.0033	-0.0544	0.0054	0.1073	-0.0833	-0.2268	-0.2044	0.4348	0.0866	0.169	-0.15	-0.0228	0.1866	-0.0568	0.3306	26.6455	21.502	22.1087
3	1.1481	0.4933	-0.3849	2.4546	-0.1605	2.3053	0.1046	-0.1399	0.3063	0.3866	-0.1182	0.1874	-0.6169	0.0083	0.0136	0.3904	-0.0771	0.0731	0.0618	-0.1318	0.3587	6.0719	36.9422	19.1618
4	0.5203	-0.5928	0.3871	0.7431	-1.1153	8.6565	-0.1475	-0.0123	0.2599	0.1486	0.0107	-0.2485	-0.34	0.0898	0.1369	0.3885	-0.2088	-0.0863	0.1531	-0.0617	0.3093	29.5313	40.2189	31.7886
5	0.5654	0.1545	0.1162	0.5636	0.0589	1.4019	-0.0145	-0.0319	0.1457	0.0595	-0.0243	-0.155	-0.2503	0.2785	0.0388	0.1315	-0.1008	0.0063	0.0953	-0.0485	0.2937	19.2325	23.1117	13.4677
6	4.8636	1.4183	-1.6904	3.0291	-0.9619	2.5172	-0.1139	-0.3343	0.5172	0.0809	0.1486	0.561	-0.3559	-0.7657	-0.0346	0.1069	0.1725	0.0377	0.5328	-0.1825	0.4086	-32.5762	15.9781	20.9219
7	1.2196	0.1212	-0.2892	3.3738	1.2728	2.5837	-0.0864	0.118	0.2195	-0.167	-0.0425	0.5006	-0.0762	-0.7544	0.1289	0.0271	-0.0211	-0.0175	0.3208	-0.0408	0.2243	-24.8215	3.6457	5.2499
8	0.9453	0.1835	-0.1919	1.0305	0.348	3.3339	-0.055	-0.115	0.0564	0.1405	0.0189	0.018	0.3251	-0.3393	0.0361	0.128	-0.0803	0.0262	0.1097	-0.0267	0.1198	-8.8478	-1.3217	19.6962
9	4.4094	-4.6566	-3.1075	5.0339	3.6822	4.0423	-0.3956	-0.2388	-0.4354	0.4478	0.1361	0.4393	0.6034	-0.6348	0.2594	0.1635	-0.2023	0.1256	0.4832	0.0024	0.3475	-33.5207	-5.0242	19.1702
10	1.0247	0.687	-0.0073	1.5819	0.9992	2.3391	-0.0797	0.0225	0.1355	-0.1205	-0.0527	0.2456	-0.0216	-0.4898	0.1324	0.0995	-0.0552	-0.0013	0.1567	-0.0212	0.2382	-12.2673	4.0797	5.3489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	170 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	271 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	314 - 440
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	86 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	144 - 269
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	270 - 316
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	317 - 440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)