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Yorodumi- PDB-5xi0: Crystal structure of FabV, a new class of enyl-acyl carrier prote... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xi0 | ||||||
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Title | Crystal structure of FabV, a new class of enyl-acyl carrier protein reductase from Vibrio fischeri | ||||||
Components | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / enoyl-acyl carrier protein reductase / FabV | ||||||
Function / homology | Function and homology information enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio fischeri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.087 Å | ||||||
Authors | Park, A.K. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of FabV, a new class of enyl-acyl carrier protein reductase from Vibrio fischeri Authors: Park, A.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xi0.cif.gz | 169.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xi0.ent.gz | 133.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xi0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xi0_validation.pdf.gz | 434.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xi0_full_validation.pdf.gz | 442.8 KB | Display | |
Data in XML | 5xi0_validation.xml.gz | 32.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5xi0_validation.cif.gz | 46.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3s8mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43818.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (bacteria) Strain: ATCC 700601 / ES114 / Gene: fabV, VF_0888 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q5E6G3, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Bis-tris Propane pH 5.5, 0.1M Sodium Fluoride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 1.23986 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 4, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.23986 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.09→50 Å / Num. obs: 49667 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 26.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.516 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 443849 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3S8M Resolution: 2.087→40.343 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / Phase error: 27.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 68.41 Å2 / Biso mean: 29.9783 Å2 / Biso min: 11.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.087→40.343 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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