[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6vc6: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-gluc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vc6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Gut Microorganisms in Complex with NAD and Mn2+ | ||||||
Components | 6-phospho-alpha-glucosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / 6-phospho-alpha-glucosidase / Gut Microorganisms | ||||||
Function / homology | 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE Function and homology information | ||||||
Biological species | Merdibacter massiliensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.133 Å | ||||||
Authors | Wu, R. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Gut Microorganisms in Complex with NAD and Mn2+ Authors: Wu, R. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vc6.cif.gz | 372.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6vc6.ent.gz | 307.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vc6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vc6_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6vc6_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
Data in XML | 6vc6_validation.xml.gz | 68.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6vc6_validation.cif.gz | 94.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dvvS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 51745.863 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Merdibacter massiliensis (bacteria) / Gene: AGLB / Plasmid: PLASMID / Details (production host): pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): gold / References: maltose-6'-phosphate glucosidase #3: Sugar | ChemComp-G6P / |
---|
-Non-polymers , 4 types, 606 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-NAD / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|---|
Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.51 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.6M Sodium Chloride, 0.1M MES:NaOH, 20% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.13→50 Å / Num. obs: 106570 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 41.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.363 / Net I/σ(I): 5.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DVV Resolution: 2.133→48.614 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 25.13
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.27 Å2 / Biso mean: 49.0368 Å2 / Biso min: 26.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.133→48.614 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|