PDB-6vc6: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-gluc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vc6

タイトル

2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Gut Microorganisms in Complex with NAD and Mn2+

要素

6-phospho-alpha-glucosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / 6-phospho-alpha-glucosidase / Gut Microorganisms

機能・相同性

6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Merdibacter massiliensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.133 Å

データ登録者

Wu, R. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Gut Microorganisms in Complex with NAD and Mn2+
著者: Wu, R. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vc6.cif.gz	372.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vc6.ent.gz	307.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dvvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dvv-2 5fue-2 5dvv-d 6czn-d 3qcz-d 4ggp-4 1u8x-d 3m6z-1 6s20-d 1ua4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-phospho-alpha-glucosidase

B: 6-phospho-alpha-glucosidase

C: 6-phospho-alpha-glucosidase

D: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

211 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
52.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 6-phospho-alpha-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	194.460, 62.257, 160.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.350, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

6-phospho-alpha-glucosidase

分子量: 51745.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Merdibacter massiliensis (バクテリア)
遺伝子: AGLB / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照:

maltose-6'-phosphate glucosidase

#3: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 606分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.6M Sodium Chloride, 0.1M MES:NaOH, 20% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 106570 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 41.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.135 / Χ²: 1.363 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.13-2.18	4.3	0.634	5239	0.742	0.334	0.72	0.521	98.3
2.18-2.22	4.6	0.563	5279	0.812	0.285	0.634	0.545	99
2.22-2.26	4.9	0.534	5231	0.839	0.261	0.596	0.57	99.4
2.26-2.31	4.9	0.441	5342	0.885	0.217	0.494	0.597	99.9
2.31-2.36	4.9	0.391	5292	0.91	0.192	0.437	0.625	99.7
2.36-2.41	4.9	0.346	5329	0.925	0.171	0.388	0.663	99.7
2.41-2.47	4.8	0.327	5299	0.918	0.163	0.367	0.685	99.7
2.47-2.54	4.8	0.278	5295	0.937	0.139	0.312	0.748	99.6
2.54-2.61	4.7	0.248	5299	0.946	0.125	0.279	0.827	98.7
2.61-2.7	4.5	0.208	5300	0.958	0.108	0.235	0.908	98.8
2.7-2.79	5	0.189	5267	0.971	0.091	0.211	0.959	99.7
2.79-2.9	5	0.173	5349	0.973	0.084	0.193	1.061	99.8
2.9-3.04	4.9	0.15	5348	0.978	0.073	0.167	1.182	99.8
3.04-3.2	4.9	0.135	5358	0.98	0.067	0.151	1.409	99.6
3.2-3.4	4.7	0.123	5317	0.981	0.062	0.138	1.727	99.3
3.4-3.66	4.7	0.107	5352	0.986	0.053	0.121	2.057	99
3.66-4.03	5	0.101	5341	0.986	0.05	0.113	2.298	99.9
4.03-4.61	4.9	0.096	5402	0.986	0.048	0.107	2.567	99.7
4.61-5.81	4.7	0.099	5379	0.985	0.05	0.112	2.91	98.8
5.81-50	4.7	0.103	5552	0.983	0.053	0.116	4.238	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1-2575_1309	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DVV

6dvv

解像度: 2.133→48.614 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	5313	4.99 %
R_work	0.1961	-	-
obs	0.1977	106528	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.27 Å² / B_iso mean: 49.0368 Å² / B_iso min: 26.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.133→48.614 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14131	0	262	595	14988
B_iso mean	-	-	47.38	48.31	-
残基数	-	-	-	-	1743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.772	19930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2098
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.504	5577

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.133-2.1571	0.3211	151	0.2989	2924	86
2.1571-2.1825	0.3145	157	0.2848	3302	98
2.1825-2.2091	0.298	211	0.2698	3370	99
2.2091-2.2371	0.3289	182	0.2712	3342	100
2.2371-2.2665	0.3185	154	0.2713	3401	99
2.2665-2.2976	0.3271	169	0.2542	3379	100
2.2976-2.3304	0.2687	159	0.2515	3388	100
2.3304-2.3652	0.2927	203	0.2466	3349	100
2.3652-2.4021	0.3067	194	0.2449	3348	100
2.4021-2.4415	0.309	143	0.2405	3409	100
2.4415-2.4836	0.2725	177	0.2414	3426	100
2.4836-2.5288	0.2998	171	0.2369	3313	100
2.5288-2.5774	0.3009	182	0.2347	3384	99
2.5774-2.63	0.2943	162	0.232	3348	98
2.63-2.6872	0.2778	188	0.2337	3382	98
2.6872-2.7497	0.2838	190	0.2301	3352	100
2.7497-2.8185	0.2576	186	0.2238	3404	100
2.8185-2.8947	0.2706	195	0.2267	3315	100
2.8947-2.9798	0.2622	171	0.2183	3436	100
2.9798-3.076	0.2731	167	0.2292	3423	100
3.076-3.1859	0.2458	168	0.2222	3389	100
3.1859-3.3134	0.2543	164	0.2205	3412	100
3.3134-3.4642	0.2541	170	0.2045	3367	98
3.4642-3.6468	0.2081	178	0.1839	3432	100
3.6468-3.8752	0.2088	187	0.1712	3394	100
3.8752-4.1742	0.1877	213	0.155	3381	100
4.1742-4.594	0.1741	184	0.1455	3425	100
4.594-5.2581	0.1772	194	0.1481	3391	98
5.2581-6.622	0.2165	159	0.1877	3490	100
6.622-48.614	0.1667	184	0.1653	3539	98

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