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Yorodumi- PDB-5fue: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with 3- ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fue | ||||||
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Title | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with 3- benzamido-benzohydroxamate | ||||||
Components | HISTONE DEACETYLASE 8 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PLATYHELMINTHS / INHIBITION / HISTONE / DEACETYLATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | SCHISTOSOMA MANSONI (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / OTHER / Resolution: 2.199 Å | ||||||
Authors | Marek, M. / Romier, C. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2016 Title: Structure-Based Design and Synthesis of Novel Inhibitors Targeting Hdac8 from Schistosoma Mansoni for the Treatment of Schistosomiasis. Authors: Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Marek, M. / Melesina, J. / Hauser, A.T. / Shaik, T.B. / Duclaud, S. / Robaa, D. / Erdmann, F. / Schmidt, M. / Romier, C. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fue.cif.gz | 650.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fue.ent.gz | 539.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fue.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5fue_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5fue_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 5fue_validation.xml.gz | 60.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5fue_validation.cif.gz | 83.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/5fue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/5fue | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 50444.875 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SCHISTOSOMA MANSONI (invertebrata) / Plasmid: PNEA-TH / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A5H660 |
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-Non-polymers , 6 types, 546 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-UV4 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-DMF / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.02 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.2 M NA,K L-TARTRATE 21% (W/V) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 1.07812 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07812 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 88530 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.88 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: OTHER Starting model: NONE Resolution: 2.199→42.145 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 2.02 / Phase error: 19.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.199→42.145 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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