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- PDB-6drb: Crystal Structure of the YopH PTP1B WPD loop Chimera 3 PTPase bou... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6drb | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the YopH PTP1B WPD loop Chimera 3 PTPase bound to tungstate | |||||||||
![]() | Targeted effector protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / PTPase / phosphatase / PTP / YopH | |||||||||
Function / homology | ![]() protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Morales, Y. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A YopH PTP1B Chimera Shows the Importance of the WPD-Loop Sequence to the Activity, Structure, and Dynamics of Protein Tyrosine Phosphatases. Authors: Moise, G. / Morales, Y. / Beaumont, V. / Caradonna, T. / Loria, J.P. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 125.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6dr1C ![]() 6dr7C ![]() 6dr9C ![]() 6dt6C ![]() 4yaaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33587.984 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C235R, G352T, N353T, Q357F, T358G, A359V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-WO4 / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation / pH: 7.5 / Details: 0.1M Hepes pH7.5, 24% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2016 Details: Flat bent collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.745→50 Å / Num. obs: 7417 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 68.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 1.627 / Net I/av σ(I): 23 / Net I/σ(I): 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdbid 4YAA Resolution: 2.745→36.868 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.06
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.44 Å2 / Biso mean: 74.9752 Å2 / Biso min: 43.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.745→36.868 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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