PDB-6dr7: YopH PTP1B WPD loop Chimera 2 PTPase bound to vanadate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dr7

タイトル

YopH PTP1B WPD loop Chimera 2 PTPase bound to vanadate

要素

Targeted effector protein

キーワード

HYDROLASE / PTPase / phosphatase / PTP / YopH

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.849 Å

データ登録者

Moise, G. / Morales, Y. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: A YopH PTP1B Chimera Shows the Importance of the WPD-Loop Sequence to the Activity, Structure, and Dynamics of Protein Tyrosine Phosphatases.
著者: Moise, G. / Morales, Y. / Beaumont, V. / Caradonna, T. / Loria, J.P. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.

履歴

登録	2018年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dr7.cif.gz	129.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dr7.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dr1C 6dr9C 6drbC 6dt6C 4yaaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3f9a-d 3d1v-d 7l0m-d 1rt9-d 1aed-d 1stq-d 3f99-d 3blt-d 3o1o-d 1sbm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Targeted effector protein

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.697, 54.731, 96.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Targeted effector protein / Type III secretion injected virulence protein / YopH 分子量: 33628.004 Da / 分子数: 1 変異: C235R, G352T, N353T, Q357F, T358G, A359V, V360P, S361E 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 163 to 186 not observed. / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yopH, YPCD1.67c / プラスミド: pD-Nus1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68720
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-VO4 / VANADATE ION 分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.05 % / Mosaicity: 1 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: Hepes, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月28日 / 詳細: Rh coated flat mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.127 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.849→50 Å / Num. obs: 23225 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.72 Å² / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 1.148 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.92	9.1	1.615	1.6	2256	0.607	0.561	1.712	1.109	100
1.92-1.99	9.3	1.095		2290	0.747	0.376	1.16	1.187	100
1.99-2.08	9.3	0.76		2263	0.857	0.262	0.805	1.328	99.9
2.08-2.19	9.4	0.52		2305	0.921	0.177	0.55	1.226	100
2.19-2.33	9.3	0.384		2281	0.953	0.132	0.406	1.282	100
2.33-2.51	9.4	0.279		2311	0.969	0.095	0.295	1.133	100
2.51-2.76	9.4	0.21		2332	0.982	0.071	0.222	1.137	100
2.76-3.16	9.4	0.15		2326	0.991	0.051	0.159	1.05	99.9
3.16-3.99	9.1	0.107		2357	0.994	0.037	0.114	1.052	100
3.99-50	8.8	0.086		2504	0.996	0.03	0.092	0.984	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 4YAA

4yaa

解像度: 1.849→44.186 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	1160	5.01 %
R_work	0.1735	-	-
obs	0.1753	23173	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.73 Å² / B_iso mean: 32.5097 Å² / B_iso min: 14.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.849→44.186 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2172	0	12	161	2345
B_iso mean	-	-	53.01	38.97	-
残基数	-	-	-	-	282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793	3015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.677	1390

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8487-1.9328	0.3207	141	0.3008	2683	2824
1.9328-2.0347	0.2754	143	0.2217	2693	2836
2.0347-2.1622	0.2577	143	0.2034	2720	2863
2.1622-2.3291	0.2489	143	0.1843	2710	2853
2.3291-2.5635	0.2246	143	0.1756	2747	2890
2.5635-2.9344	0.2019	146	0.1753	2765	2911
2.9344-3.6967	0.1766	146	0.1612	2777	2923
3.6967-44.1983	0.1853	155	0.1509	2918	3073

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1684	-0.0103	-0.6541	5.5833	0.5899	5.1678	0.1951	-0.3118	-0.0959	0.3967	-0.2896	0.4069	-0.1649	-0.6977	0.054	0.2514	0.0169	0.057	0.2993	-0.0232	0.2031	13.2884	17.2251	40.1399
2	2.6521	-0.1854	0.7617	1.4855	-0.1419	3.1571	-0.2837	-0.1227	0.2458	-0.083	0.2219	0.1072	-0.8454	-0.4926	0.0475	0.349	0.0755	-0.0185	0.2235	0.0291	0.2139	11.346	18.6484	16.1322
3	1.8129	-0.628	0.6047	1.9209	-0.0094	2.1457	0.0206	-0.0206	-0.1134	-0.1769	0.0366	0.2718	0.105	-0.384	-0.0195	0.2008	-0.0581	-0.0238	0.2288	0.0137	0.211	9.0777	4.1677	10.4018
4	0.6844	-0.5457	0.6321	3.15	-2.3166	4.9727	0.1048	0.0501	-0.1607	-0.3564	0.1531	0.2333	0.6335	-0.2326	-0.2685	0.3227	-0.1075	-0.0203	0.2446	-0.0038	0.2737	13.8809	-4.3177	9.2868
5	2.3155	0.3263	0.2018	2.0097	-1.5281	5.6815	-0.0769	-0.3367	-0.0825	0.0437	0.0001	0.0549	0.292	-0.2217	0.0192	0.1848	-0.0441	-0.0175	0.1594	-0.0191	0.2073	14.298	-0.4151	15.1915
6	5.7206	0.6875	-3.9878	2.3018	0.516	7.966	0.077	-0.4534	-0.0748	0.2551	-0.0092	-0.0537	-0.04	0.2599	-0.1486	0.2256	-0.0181	-0.0386	0.1393	-0.0096	0.2095	23.5549	-1.7774	21.2402
7	7.0019	-2.4835	-4.1189	1.3538	0.446	4.5879	0.2955	-0.1988	1.4116	-0.2895	0.2429	-0.8543	-0.5219	0.9776	-0.5102	0.3081	-0.0961	0.09	0.3846	-0.0414	0.4283	30.3996	9.3919	10.2045
8	0.3201	0.188	0.3201	2.6044	1.4192	4.1839	0.0283	-0.0774	-0.0521	0.2238	0.0169	-0.1084	0.1359	-0.1731	-0.0413	0.1922	0.004	0.0082	0.1988	0.0269	0.2268	17.5532	10.1332	30.4923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 187 through 208 )	A	187 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 209 through 263 )	A	209 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 264 through 305 )	A	264 - 305
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 306 through 338 )	A	306 - 338
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 339 through 358 )	A	339 - 358
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 359 through 385 )	A	359 - 385
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 386 through 398 )	A	386 - 398
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 399 through 468 )	A	399 - 468

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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