[日本語] English
万見
- PDB-6df1: Anti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 Fab complexed with phospho... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6df1
タイトルAnti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 Fab complexed with phosphotyrosine peptide
要素
  • Anti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 heavy chain
  • Anti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 light chain
  • LEU-PTR
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / RECOMBINATION
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
Model detailsAntibody
データ登録者Mou, K. / Leung, K. / Wells, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA196276 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Engineering Improved Antiphosphotyrosine Antibodies Based on an Immunoconvergent Binding Motif.
著者: Mou, Y. / Zhou, X.X. / Leung, K. / Martinko, A.J. / Yu, J.Y. / Chen, W. / Wells, J.A.
履歴
登録2018年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Anti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 heavy chain
H: Anti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 light chain
A: LEU-PTR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5893
ポリマ－52,5893
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.420, 98.930, 103.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 Anti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 heavy chain


分子量: 25832.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3)
#2: 抗体 Anti-phosphotyrosine antibody 4G10-4D5 light chain


分子量: 26268.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3)
#3: タンパク質・ペプチド LEU-PTR


分子量: 487.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2M potassium/sodium tartrate, and 0.1M Bir-tris propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) Khozu monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→103.9 Å / Num. obs: 29265 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 48.87 Å2 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.3677 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.3→71.647 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1635 5.59 %
Rwork0.2026 --
obs0.2036 29264 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.53 Å2 / Biso mean: 51.0777 Å2 / Biso min: 28.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→71.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3226 0 24 103 3353
Biso mean--42.8 47.22 -
残基数----433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2324508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5921138
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.36770.3231330.297322452378
2.3677-2.44420.34491390.300922572396
2.4442-2.53150.30621340.281922832417
2.5315-2.63290.31311360.258622422378
2.6329-2.75270.29661340.262423042438
2.7527-2.89780.27461360.25922712407
2.8978-3.07940.23391260.244222842410
3.0794-3.31720.25271410.222623092450
3.3172-3.6510.2141340.196623072441
3.651-4.17920.21271340.179623292463
4.1792-5.26510.15311420.14823342476
5.2651-71.68140.19611460.176724642610

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る