+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d5s | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Hexagonal thermolysin cryocooled to 100 K with 50% MPD as cryoprotectant | ||||||
![]() | Thermolysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / zinc protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Juers, D.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The impact of cryosolution thermal contraction on proteins and protein crystals: volumes, conformation and order. 著者: Juers, D.H. / Farley, C.A. / Saxby, C.P. / Cotter, R.A. / Cahn, J.K.B. / Holton-Burke, R.C. / Harrison, K. / Wu, Z. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 109 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5un3C ![]() 5uu7C ![]() 5uu8C ![]() 5uu9C ![]() 5uuaC ![]() 5uubC ![]() 5uucC ![]() 5uudC ![]() 5uueC ![]() 6avlC ![]() 6b6nC ![]() 6b6oC ![]() 6b6pC ![]() 6b6qC ![]() 6b6rC ![]() 6b6sC ![]() 6b6tC ![]() 6d5nC ![]() 6d5oC ![]() 6d5pC ![]() 6d5qC ![]() 6d5rC ![]() 6d5tC ![]() 6d5uC ![]() 6d6eC ![]() 6d6fC ![]() 6d6gC ![]() 6d6hC ![]() 6dzfC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00800, thermolysin |
---|
-非ポリマー , 6種, 314分子 ![](data/chem/img/VAL.gif)
![](data/chem/img/LYS.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LYS.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-VAL / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-LYS / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 % / 解説: Hexagonal prism |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Protein: 100 mg/mL in 45% dams Well: 2 M AmSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→13.81 Å / Num. obs: 22529 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 12.922627996 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / CC1/2: 0.903 / Rrim(I) all: 0.425 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.2645845833 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.00003547199→13.8084334859 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|