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- PDB-6cwm: Crystal structure of SpaA-SLH/G109A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cwm
タイトルCrystal structure of SpaA-SLH/G109A
要素Surface (S-) layer glycoprotein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Surface layer homology domain / Secondary cell wall polymer / S-layer / SLH / SCWP
機能・相同性S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Surface (S-) layer glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus alvei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Blackler, R.J. / Evans, S.V.
資金援助 カナダ, オーストリア, 3件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)CGSD3-426678-2012 カナダ
Austrian Science FundP22791-B12 オーストリア
Austrian Science FundP27374-B22 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis of cell wall anchoring by SLH domains in Paenibacillus alvei.
著者: Blackler, R.J. / Lopez-Guzman, A. / Hager, F.F. / Janesch, B. / Martinz, G. / Gagnon, S.M.L. / Haji-Ghassemi, O. / Kosma, P. / Messner, P. / Schaffer, C. / Evans, S.V.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface (S-) layer glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8342
ポリマ－19,7981
非ポリマー351
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.348, 65.668, 73.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Surface (S-) layer glycoprotein / SpaA


分子量: 19798.266 Da / 分子数: 1 / 断片: SLH domains (UNP residues 21-193) / 変異: G109A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus alvei (バクテリア)
遺伝子: spaA / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1JZ07
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 % / Mosaicity: 0.395 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 57497 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.939 / Net I/av σ(I): 38.406 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 419434
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.15-1.176.90.74527690.7980.3030.8060.79593.5
1.17-1.197.30.67627590.8560.2660.7270.81994.6
1.19-1.217.40.56828100.9030.2220.6110.85794.8
1.21-1.247.40.48927690.9230.1910.5250.89395
1.24-1.277.40.38527990.9510.1510.4140.91695.4
1.27-1.37.40.32628000.9640.1270.350.90895.6
1.3-1.337.40.2728490.9720.1060.2910.95295.9
1.33-1.367.40.22628430.9780.0880.2430.97296.3
1.36-1.47.40.19128310.9840.0750.2061.01896.3
1.4-1.457.40.15928460.9890.0620.1711.06896.8
1.45-1.57.40.12428980.9920.0490.1331.08996.9
1.5-1.567.40.09728940.9950.0380.1041.01797.3
1.56-1.637.40.07428820.9960.0290.080.9197.6
1.63-1.727.40.06429200.9970.0250.0690.91198
1.72-1.837.40.05929240.9970.0230.0631.07698
1.83-1.977.30.05129450.9980.020.0551.20298.5
1.97-2.167.30.04129710.9990.0160.0440.99398.7
2.16-2.487.30.03529960.9990.0140.0370.83999.1
2.48-3.127.20.03130500.9990.0120.0340.74599.3
3.12-506.40.03229420.9980.0140.0350.7491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CWC

6cwc


解像度: 1.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.839 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 2631 4.9 %RANDOM
Rwork0.1309 ---
obs0.1322 51418 90.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.16 Å2 / Biso mean: 20.294 Å2 / Biso min: 10.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 1 185 1497
Biso mean--26.38 30.66 -
残基数----171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0191365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1581.9461842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93633010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3465176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74126.06661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61715242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.068152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7471.388698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7181.386697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.922.084876
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.66732665
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.412547
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.35852780
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 68 -
Rwork0.226 1455 -
all-1523 -
obs--34.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.6853 Å / Origin y: -2.9339 Å / Origin z: 11.8142 Å
111213212223313233
T0.0052 Å20.0017 Å20.0031 Å2-0.0087 Å2-0.0047 Å2--0.0157 Å2
L0.3661 °20.0014 °20.1469 °2-0.4871 °20.1635 °2--0.9777 °2
S0.0083 Å °-0.0206 Å °-0.0211 Å °0.0337 Å °0.0039 Å °0.0168 Å °-0.0189 Å °-0.0244 Å °-0.0121 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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