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- PDB-6cw2: Crystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cw2
タイトルCrystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada2/Gcn5 HAT subcomplex, crystal form 1
要素
  • Histone acetyltransferase GCN5
  • Transcriptional adapter 2
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードGENE REGULATION / Ada2/Gcn5 structure
機能・相同性
機能・相同性情報


ADA complex / SAGA-type complex / histone crotonyltransferase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / SLIK (SAGA-like) complex / rDNA heterochromatin formation / histone H3 acetyltransferase activity / SAGA complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / phosphatidylserine binding ...ADA complex / SAGA-type complex / histone crotonyltransferase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / SLIK (SAGA-like) complex / rDNA heterochromatin formation / histone H3 acetyltransferase activity / SAGA complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / phosphatidylserine binding / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, centromeric region / histone acetyltransferase complex / subtelomeric heterochromatin formation / Ub-specific processing proteases / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin organization / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional adaptor 2 / ADA2-like, zinc finger, ZZ-type / Histone acetyltransferase GCN5 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. ...Transcriptional adaptor 2 / ADA2-like, zinc finger, ZZ-type / Histone acetyltransferase GCN5 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) family / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Homeobox-like domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional adapter 2 / Histone acetyltransferase GCN5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Sun, J. / Paduch, M. / Kim, S.A. / Kramer, R.M. / Barrios, A.F. / Lu, V. / Luke, J. / Usatyuk, S. / Kossiakoff, A.A. / Tan, S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088236 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111651 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM094588 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM072688 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54HG006436 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for activation of SAGA histone acetyltransferase Gcn5 by partner subunit Ada2.
著者: Sun, J. / Paduch, M. / Kim, S.A. / Kramer, R.M. / Barrios, A.F. / Lu, V. / Luke, J. / Usatyuk, S. / Kossiakoff, A.A. / Tan, S.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Histone acetyltransferase GCN5
C: Transcriptional adapter 2
A: antibody heavy chain
B: antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9706
ポリマ－90,8394
非ポリマー1312
水91951
1
A: antibody heavy chain
B: antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9522
ポリマ－47,9522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
2
D: Histone acetyltransferase GCN5
C: Transcriptional adapter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0174
ポリマ－42,8862
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area33890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.816, 191.816, 92.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 DC

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase GCN5


分子量: 29081.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN5, ADA4, SWI9, YGR252W / プラスミド: PST44 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q03330, histone acetyltransferase
#2: タンパク質 Transcriptional adapter 2


分子量: 13804.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ADA2, SCKG_0090 / プラスミド: PST44 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: A0A250W8G8, UniProt: Q02336*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#3: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 24548.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 antibody light chain


分子量: 23403.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 53分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 10 mM Tris-Cl pH 8.5, 200 mM Li2SO4, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→166.12 Å / Num. obs: 55876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.67→2.75 Å / 冗長度: 19.9 % / Num. unique obs: 4546 / Rpim(I) all: 0.947 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→95.908 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2838 2712 4.87 %
Rwork0.2501 53001 -
obs0.2517 55713 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 245 Å2 / Biso mean: 86.9959 Å2 / Biso min: 42.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→95.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5895 0 2 51 5948
Biso mean--91.51 67.45 -
残基数----772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7338221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2712130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6702-2.71870.36521510.30722688283997
2.7187-2.7710.29981160.29752785290199
2.771-2.82760.32651450.28432730287599
2.8276-2.88910.29341440.273227792923100
2.8891-2.95630.33561450.276427582903100
2.9563-3.03020.34421460.264327642910100
3.0302-3.11210.29331530.255927832936100
3.1121-3.20370.28551430.239127692912100
3.2037-3.30710.24971280.245628112939100
3.3071-3.42530.2791180.234928052923100
3.4253-3.56250.3151800.246727522932100
3.5625-3.72460.31371300.255527802910100
3.7246-3.9210.29121550.248727842939100
3.921-4.16670.27951280.236328232951100
4.1667-4.48840.23831390.21227762915100
4.4884-4.940.23551410.222728322973100
4.94-5.65480.2771090.234128452954100
5.6548-7.12410.27851570.27128433000100
7.1241-95.96990.30021840.28328943078100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39212.97850.46455.47120.7915.3445-0.6748-0.2813-1.04190.60380.491-0.18270.8590.80570.27910.92090.2392-0.00990.7804-0.17560.844539.3594106.7664-9.4437
22.45772.1292-1.55667.7157-0.06382.75130.02280.16690.00370.87040.5199-0.6242-0.1727-0.3687-0.47650.65330.36690.05481.07-0.02060.579227.071687.6286-3.1244
33.10940.1529-0.47622.519-0.40793.62030.1316-0.10920.14790.07320.09410.623-0.2225-1.2406-0.2280.55480.25770.07971.02740.04930.685216.680283.6239-9.4367
43.11651.0586-1.02913.53472.352.87730.0117-0.0019-0.3437-0.2070.22770.507-0.4982-0.7141-0.25470.63220.34310.04970.99950.04930.608922.351190.5454-20.9035
50.2723-0.6036-1.02865.57171.40123.879-0.3176-0.033-0.0533-0.5852-0.15431.0333-0.1554-1.1780.4080.68120.2269-0.01711.1179-0.05130.750220.721986.0445-26.6315
60.2942-0.4830.25436.6151-1.26970.26450.2209-0.11790.2047-0.1739-0.6598-1.3203-0.10530.0520.37680.88630.35480.14920.7955-0.04120.872437.8414120.8705-21.2401
74.42232.42412.84325.84340.22969.3296-0.03111.4548-0.81890.95510.7885-1.72840.5599-0.3505-0.92211.11920.0284-0.04620.5827-0.09720.927834.1497138.3879-32.1168
83.46891.8996-2.99274.0743-0.16013.2920.6368-0.5543-0.9781-0.38310.01290.32130.54210.6371-0.19871.00450.21790.00940.4672-0.01950.987523.3759128.9692-27.0851
93.86523.67242.26993.85872.65442.00060.7049-0.8463-0.6590.7414-0.41340.26951.00750.2177-0.10681.16480.256-0.09310.56290.05260.858129.5303131.3966-19.2119
104.79341.5636-2.44744.65173.50456.0621-0.19890.2940.69460.4077-0.3261-0.2561-1.0541-0.12090.48971.20020.08810.05160.57260.16020.955928.4223139.9734-19.8646
110.9924-2.1142-1.11214.61532.6812.002-0.11330.35450.8289-0.8989-0.7316-0.168-0.65450.25360.85641.21960.37440.01590.77620.01621.120436.5522119.7185-31.946
126.98712.5106-3.34392.67981.69467.33450.61650.40410.02420.48310.2163-1.0988-1.9624-1.2751-0.72481.02040.38030.11170.84380.12090.744329.9768110.2617-25.8088
138.93850.6365-3.03093.99661.75852.0224-0.23811.31710.4506-0.6062-0.12620.5439-0.7087-1.32530.26160.82090.49370.01150.9622-0.03410.606527.798103.6112-31.6453
142.7332-3.3546-0.44354.9816-0.77562.53560.87820.16520.1161-1.2868-0.5447-0.2061-1.1548-0.4316-0.40590.7750.2990.10510.7429-0.12630.618343.5501102.602-27.1967
153.3299-2.7799-0.00252.5431-1.11745.115-0.7213-1.3472-0.31421.04580.65960.49690.55091.2447-0.14770.70750.45870.15791.13440.0470.698656.856173.0008-11.9792
164.216-1.47040.46423.7137-0.78651.4796-0.3569-0.9573-0.14030.48970.2431-0.121-0.17-0.3960.09580.73690.44370.09041.02890.06920.600848.418579.8739-12.7619
173.1953-3.71640.27286.381-1.07371.1781-0.2362-0.4910.0005-0.14440.2144-0.14850.21320.1967-00.58570.26840.02090.83240.03040.405951.370979.5766-17.6839
183.1741-1.4868-1.22051.06670.71910.516-0.00930.0388-0.3818-0.2115-0.332-0.10370.46821.25450.31330.89630.63960.14281.60920.24610.832874.710760.059-22.2512
195.68514.62883.71035.3132.23545.72060.5355-0.0854-0.82321.23750.2935-1.06750.68610.4134-0.61260.75390.4110.0351.3652-0.06510.727374.503965.957-26.5149
207.2959-1.1072-4.55182.34370.02793.03730.14510.30420.1481-0.0074-0.2949-0.94220.62811.91340.32380.79180.47070.08271.93270.32120.846580.699963.1189-25.3459
213.5417-0.2285-2.98692.09610.97542.8389-0.2983-0.73350.1643-0.3645-0.403-0.12630.11351.83720.63290.94460.61170.08361.66860.18770.68176.219461.8373-14.8517
224.4165-0.881-1.3891.75590.23334.0902-0.13550.3947-0.27290.1209-0.00780.1497-0.05190.45720.11470.55960.20280.04170.831-0.04450.542151.987385.5893-36.0703
237.5022-1.0103-4.51032.9324-0.10194.2258-0.6821-0.2501-0.2130.01450.29360.04090.2080.49580.45390.54550.1974-0.04920.8966-0.0480.511952.169581.9102-32.8456
240.5923-0.3722-0.48271.49090.41770.3543-0.1911-0.289-0.1213-0.0759-0.0946-1.07490.86031.0024-0.08841.06311.02690.37751.79690.00920.609775.060261.6513-35.6707
250.6388-0.95811.36126.907-3.07513.02010.11250.2138-0.2516-0.42470.29880.08290.8720.1523-0.30790.97790.44590.15751.23260.08180.705372.763758.1995-40.0746
263.94520.7834-2.68762.1479-0.96824.05010.2048-0.1933-0.0194-0.3938-0.2355-0.49470.69441.2353-0.18310.80370.51760.13051.47520.02260.651570.144768.5496-36.6331
271.0297-1.4133-0.55594.12741.62150.636-0.33740.4178-1.2049-1.8153-0.26830.63191.98430.17930.64941.84570.56080.33341.1822-0.17381.020474.514652.9816-38.3577
281.7177-0.7987-0.56950.92030.74830.6017-0.2676-0.053-0.9914-0.1932-0.11910.00090.57650.2923-0.13481.73970.92640.50411.76450.17251.252980.766252.0353-43.0358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 72 through 89 )D72 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 90 through 110 )D90 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 111 through 187 )D111 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 188 through 233 )D188 - 233
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 234 through 259 )D234 - 259
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 260 through 298 )D260 - 298
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 299 through 312 )D299 - 312
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 6 through 18 )C6 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 19 through 31 )C19 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 32 through 49 )C32 - 49
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 50 through 66 )C50 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 67 through 80 )C67 - 80
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 81 through 107 )C81 - 107
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 108 through 120 )C108 - 120
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 4 through 20 )A4 - 20
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 21 through 86 )A21 - 86
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 87 through 138 )A87 - 138
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 139 through 173 )A139 - 173
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 174 through 191 )A174 - 191
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 192 through 217 )A192 - 217
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 218 through 232 )A218 - 232
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 1 through 76 )B1 - 76
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 77 through 102 )B77 - 102
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 103 through 130 )B103 - 130
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 131 through 159 )B131 - 159
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 160 through 175 )B160 - 175
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 176 through 199 )B176 - 199
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 200 through 215 )B200 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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