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- PDB-6cug: Crystal structure of BC8B TCR-CD1b-PC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cug
タイトルCrystal structure of BC8B TCR-CD1b-PC complex
要素
  • (T-cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1b
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / antigen presenting molecule / CD1b / PC / phosphatidylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tetracosyl octadecanoate / Chem-POV / T-cell surface glycoprotein CD1b / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shahine, A.E. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A T-cell receptor escape channel allows broad T-cell response to CD1b and membrane phospholipids.
著者: Shahine, A. / Reinink, P. / Reijneveld, J.F. / Gras, S. / Holzheimer, M. / Cheng, T.Y. / Minnaard, A.J. / Altman, J.D. / Lenz, S. / Prandi, J. / Kubler-Kielb, J. / Moody, D.B. / Rossjohn, J. / Van Rhijn, I.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: refln

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1b
B: Beta-2-microglobulin
D: T-cell receptor alpha variable TRAV9-2 - BC8B TCR
E: T-cell receptor beta variable TRBV6-2 - BC8B TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2428
ポリマ－95,6044
非ポリマー1,6384
水7,458414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.300, 65.700, 101.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1b


分子量: 33530.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1B / プラスミド: pHLSEC / 細胞株 (発現宿主): 293S GnTI / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK / 組織 (発現宿主): embryonic kidney / 参照: UniProt: P29016
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHLSEC / Cell (発現宿主): epithelial kidney / 細胞株 (発現宿主): 293S GnTI / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK / 参照: UniProt: P61769

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T-cell receptor ... , 2種, 2分子 DE

#3: タンパク質 T-cell receptor alpha variable TRAV9-2 - BC8B TCR


分子量: 22726.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 T-cell receptor beta variable TRBV6-2 - BC8B TCR


分子量: 27598.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 417分子

#6: 化合物 ChemComp-CUY / tetracosyl octadecanoate


分子量: 621.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H84O2
#7: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 % / 解説: cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 3350, Tris-HCl / PH範囲: 7.0 - 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月6日
放射モノクロメーター: Channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→65.7 Å / Num. obs: 78785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 40.66 Å2 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.0178 / Net I/σ(I): 5.2
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 14.4 % / Num. unique obs: 5464 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.0465 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WL1, 4QRP, 4G8F

5wl1

4qrp

4g8f


解像度: 2.4→54.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.382 / SU Rfree Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.234
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1889 5.04 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 37517 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 106.94 Å2 / Biso mean: 32.6 Å2 / Biso min: 5.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4808 Å20 Å2-3.3234 Å2
2---12.2613 Å20 Å2
3---6.7805 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→54.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6276 0 103 414 6793
Biso mean--39.72 31.97 -
残基数----803
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2979SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes953HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6579HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion827SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7307SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6579HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8931HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.96
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 143 4.91 %
Rwork0.232 2768 -
all0.233 2911 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39370.8051-0.75960.04220.35550.4951-0.00080.00120.0092-0.00720.0019-0.0018-0.0017-0.0042-0.0011-0.0011-0.03490.0053-0.0019-0.0155-0.0107-29.1406-8.330815.776
20.3565-0.12-0.365200.29970.0169-0.0032-0.00720.0018-0.0024-0.0008-0.00660.0167-0.00060.0040.0092-0.00250.0052-0.0057-0.0175-0.0055-24.9817-20.140217.8087
30.15170.21610.07170.00050.53710.4427-0.0012-0.0057-0.00270.00440.00350.01120.0033-0.0044-0.0023-0.0122-0.0029-0.0080.0184-0.0216-0.0112-46.7688-3.782646.5175
40.1898-0.00670.17540.07530.20220.1104-0.00220.00680.0057-0.00010.00510.0025-0.0031-0.0136-0.0029-0.01220.01140.00230.0114-0.0073-0.0012-50.19360.746326.0167
50.1135-0.7273-0.09310.1969-0.05320.2741-0.0006-0.0029-0.00570.0028-0.0054-0.01060.004-0.00130.00590.00390.02640.0051-0.0131-0.02560.0052-3.8814-18.286-10.4942
60.1982-0.3533-0.16750.11930.1830.10690.00040.00270.0026-0.0014-0.0008-0.00370.00160.00040.0004-0.0130.0130.00810.0096-0.0078-0.001411.6988-8.0054-38.7968
7-0.08110.3130.16260.2329-0.3360.55170.00080.0033-0.00010.00560.00640.0033-0.0053-0.0049-0.00720.00660.0101-0.0075-0.00830.0063-0.0024-14.0732.0696-11.9898
80.3115-0.1298-0.17590.09970.01270.18890.00870.013-0.0066-0.0006-0.0067-0.001-0.00360.0214-0.002-0.0127-0.0068-0.0080.0072-0.0113-0.0108-0.61672.0632-39.5397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|3 - 109}A3 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2{A|110 - 175}A110 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3{A|176 - 278}A176 - 278
4X-RAY DIFFRACTION4{B|3 - 99}B3 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5{D|1 - 114}D1 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6{D|115 - 187}D115 - 190
7X-RAY DIFFRACTION7{E|2 - 115}E2 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8{E|116 - 245}E116 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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