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- PDB-6cuh: Crystal structure of the unliganded BC8B TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cuh
タイトルCrystal structure of the unliganded BC8B TCR
要素(T-cell Receptor ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / TCR / BC8B / CD1b / PC / phosphatidylcholine
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Shahine, A.E. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A T-cell receptor escape channel allows broad T-cell response to CD1b and membrane phospholipids.
著者: Shahine, A. / Reinink, P. / Reijneveld, J.F. / Gras, S. / Holzheimer, M. / Cheng, T.Y. / Minnaard, A.J. / Altman, J.D. / Lenz, S. / Prandi, J. / Kubler-Kielb, J. / Moody, D.B. / Rossjohn, J. / Van Rhijn, I.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell Receptor alpha variable, TRAV 9-2. BC8B TCR
B: T-cell Receptor beta variable, TRBV 6-2. BC8B TCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6476
ポリマ－50,3252
非ポリマー3224
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Copurification as a monomer of dimers
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.616, 76.876, 119.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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T-cell Receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell Receptor alpha variable, TRAV 9-2. BC8B TCR


分子量: 22726.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質 T-cell Receptor beta variable, TRBV 6-2. BC8B TCR


分子量: 27598.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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非ポリマー , 5種, 189分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % / 解説: Rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Potassium-sodium tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95365 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月7日
放射モノクロメーター: Channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→47.29 Å / Num. obs: 31312 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 40.29 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.006 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.01→2.07 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 2266 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.0601 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QRP, 4G8F

4qrp

4g8f


解像度: 2.01→47.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1560 4.98 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 31312 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 137.14 Å2 / Biso mean: 53.68 Å2 / Biso min: 27.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.4668 Å20 Å20 Å2
2--5.4458 Å20 Å2
3---10.0211 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→47.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3261 0 20 185 3466
Biso mean--76.24 53.95 -
残基数----427
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1492SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes79HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes496HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3381HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion440SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3772SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3381HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4608HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.67
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 145 5.09 %
Rwork0.247 2701 -
all0.249 2846 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6754-0.3319-0.02711.03870.23131.12020.0009-0.01250.02440.02030.0281-0.004-0.025-0.0171-0.02890.01430.0936-0.07830.03350.0137-0.03663.52389.6137-3.5384
21.0131-0.72360.91010.0013-0.41920.6696-0.0051-0.0158-0.001-0.03770.0148-0.0224-0.0066-0.0019-0.0096-0.0578-0.03140.00840.0350.02650.028526.3656-15.1075-8.8102
30.2717-1.5241-0.01050.9007-0.63280.75560.0039-0.02340.0016-0.07370.01120.01320.0299-0.0243-0.0150.0884-0.0942-0.152-0.07030.0508-0.0398-1.10756.2735-25.9147
40.6506-0.29420.77470.1010.97611.54220.0179-0.0596-0.0666-0.1133-0.0164-0.0027-0.0382-0.0133-0.00150.0602-0.0734-0.0861-0.07710.0652-0.055516.0156-17.8136-20.9191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 114}A2 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2{A|115 - 189}A115 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3{B|2 - 115}B2 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4{B|116 - 244}B116 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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