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- PDB-6uk4: Complex of T cell Receptor with HHAT Neoantigen Peptide KQWLVWLFL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uk4
タイトルComplex of T cell Receptor with HHAT Neoantigen Peptide KQWLVWLFL Presented by HLA-A206
要素
  • 302 TIL T cell receptor alpha chain
  • 302 TIL T cell receptor beta chain
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
キーワードIMMUNE SYSTEM / Neoantigen / Peptide/MHC / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Hedgehog ligand biogenesis / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...: / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Devlin, J.R. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural dissimilarity from self drives neoepitope escape from immune tolerance.
著者: Devlin, J.R. / Alonso, J.A. / Ayres, C.M. / Keller, G.L.J. / Bobisse, S. / Vander Kooi, C.W. / Coukos, G. / Gfeller, D. / Harari, A. / Baker, B.M.
履歴
登録2019年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
D: 302 TIL T cell receptor alpha chain
E: 302 TIL T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4385
ポリマ－96,4385
非ポリマー00
水00
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1143
ポリマ－45,1143
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
2
D: 302 TIL T cell receptor alpha chain
E: 302 TIL T cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3242
ポリマ－51,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.310, 86.507, 238.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / HLA-A*02:06


分子量: 32001.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue / 参照: UniProt: U5YJP1
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT


分子量: 1233.521 Da / 分子数: 1 / 断片: Neoantigen peptide (UNP residues 68-76) / Mutation: L75F / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q5VTY9, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#4: タンパク質 302 TIL T cell receptor alpha chain


分子量: 23541.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3
#5: タンパク質 302 TIL T cell receptor beta chain


分子量: 27783.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 6.3, 7.5% PEG6000, 0.2 M lithium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月30日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 35931 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 63.92 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1672 / CC1/2: 0.908 / Rpim(I) all: 0.195 / Rrim(I) all: 0.539 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.11.1モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1TVH, 5JZI, & 5C0B

1tvh

5jzi

5c0b


解像度: 2.7→49.47 Å / SU ML: 0.3996 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9451
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1949 5.58 %
Rwork0.2196 --
obs0.2214 34958 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6728 0 0 0 6728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00426917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73899399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0486981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.49662551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.37651300.35642206X-RAY DIFFRACTION95.27
2.77-2.840.38151380.31742321X-RAY DIFFRACTION99.19
2.84-2.930.38951370.32612318X-RAY DIFFRACTION99.19
2.93-3.020.29151380.30212339X-RAY DIFFRACTION99.48
3.02-3.130.32351370.28392317X-RAY DIFFRACTION99.8
3.13-3.250.31511370.2932335X-RAY DIFFRACTION99.64
3.25-3.40.3381380.28322318X-RAY DIFFRACTION97.5
3.4-3.580.28491390.26462354X-RAY DIFFRACTION99.76
3.58-3.810.24731400.22692373X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.10.24671390.21332367X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.510.21271410.18142374X-RAY DIFFRACTION99.96
4.51-5.160.18131400.16752382X-RAY DIFFRACTION98.98
5.16-6.50.23941450.19632452X-RAY DIFFRACTION100
6.5-49.470.20991500.16862553X-RAY DIFFRACTION99.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04947131872-0.03722438331910.3763376577772.36370595213-0.3121906238592.63477948087-0.1964768228070.0864954829101-0.2332755076690.074186062810.0409286751986-0.04761568277420.734594887535-0.02062899334720.1780309224181.00849261413-0.03324965696730.2442679447070.383466511118-0.01071985695250.667736327298-60.922230159433.290909611336.3912811692
23.20294640928-0.52926783930.02870759286253.07955862379-1.813524298023.669910082950.1485136528370.183185112047-0.355798753903-0.711334122090.01406230757170.1374262552730.314332701235-0.134787581126-0.1709898003781.25406925773-0.06100671578570.1533648821420.472321741052-0.01952516840090.584477452255-71.75106372465.5195212539855.462463237
34.471919831831.439941744740.5239270112342.286683120710.1864119010550.771908379618-0.2815372591150.0813456395283-0.214871793239-0.3784353087140.2658313435640.345518975740.372423190733-0.2847147473510.03370280160651.14915939197-0.1986816083450.2393302529450.5539848056280.03375688615740.870022641678-83.24104887619.132886066541.7753774343
41.720721814310.412426024081-0.2055287879071.002574883450.704243097746.929752240550.0589239962230.368040595643-0.3359071019920.4904509552480.468406438115-0.2287561543051.061942227040.343021019538-0.4841476491530.8403033003210.1584489632170.2134257239250.439411622325-0.02413910114540.661356724439-57.23649019739.415408905132.2600323025
55.541346182463.08578671787-1.032337020754.244515418810.3703525633064.61655533241-0.0434227263632-0.177340573304-0.20088756210.448493265565-0.0278109503638-0.1843863666150.2745788361250.7547399844440.06858367814620.4022203891950.128514167354-0.03402070964220.5149834887760.01951563853330.513949089123-42.5907078619-27.223547279434.5727229694
66.062510870620.2351645531860.08606443950894.112026586480.5674557259123.678156039380.0301926494013-0.6211469603770.600454131768-0.4502398387980.132680897889-0.17430263337-0.9325324539780.812241647482-0.1280721577660.730284284329-0.319408400090.02424407310250.917728744026-0.1375135179650.725594349693-27.85512929770.3335616875418.829782613
71.562169079010.09262081000770.1142879655816.52516076613-0.9661117584324.35340095345-0.04108046784270.3241763694750.2422051942590.0160389271261-0.02587100277890.256510743270.20746974688-0.2402326747330.08827916010690.232326203243-0.00183489650914-0.006012252867660.5739941035560.01910483152340.510452545557-57.4961534892-27.188762353916.8442833218
87.562150892430.0658280920172-0.9596427054942.66348192992-0.3136059154993.208931257330.259942156516-0.3727328649820.541385248084-0.0696098857555-0.07666667044670.21446686869-0.4678812034120.185950152474-0.1497758999680.392834636808-0.0958770714275-0.008019911684830.4601625511680.07094960729280.502982092651-37.0191570663-7.307809798346.0415393933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 180 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 181 through 275 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 0 through 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 9 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 3 through 114 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 115 through 204 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 2 through 115 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 116 through 245 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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