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- PDB-6co6: Crystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6co6
タイトルCrystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB
要素
  • Probable CoA-transferase alpha subunit
  • Probable CoA-transferase beta subunit
キーワードHYDROLASE / Cholesterol / Ring cleaving / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases / CoA-transferase activity / cholesterol catabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdA subunit / Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdB subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: IpdAB, a virulence factor inMycobacterium tuberculosis, is a cholesterol ring-cleaving hydrolase.
著者: Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable CoA-transferase alpha subunit
B: Probable CoA-transferase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,94119
ポリマ－61,3312
非ポリマー1,60917
水8,107450
1
A: Probable CoA-transferase alpha subunit
B: Probable CoA-transferase beta subunit
ヘテロ分子

A: Probable CoA-transferase alpha subunit
B: Probable CoA-transferase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,88138
ポリマ－122,6634
非ポリマー3,21934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area20010 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area37610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.910, 68.910, 241.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable CoA-transferase alpha subunit


分子量: 33793.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04651 / 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0S7P9
#2: タンパク質 Probable CoA-transferase beta subunit


分子量: 27538.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア)
株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04650 / 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0S7Q0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium potassium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.701→59.85 Å / Num. obs: 65095 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 18.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09076 / Net I/σ(I): 16.54
反射 シェル解像度: 1.701→1.762 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 6374 / CC1/2: 0.818 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1POI

1poi


解像度: 1.701→48.727 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1923 3311 5.09 %
Rwork0.1645 61710 -
obs0.1659 65021 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.38 Å2 / Biso mean: 23.3913 Å2 / Biso min: 10.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.701→48.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4148 0 91 450 4689
Biso mean--69.43 34.18 -
残基数----541
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.701-1.72530.25051550.244625322687
1.7253-1.75110.26341380.220724892627
1.7511-1.77840.25341300.206425202650
1.7784-1.80760.20731440.202225342678
1.8076-1.83870.27721030.199425402643
1.8387-1.87220.22221260.1925492675
1.8722-1.90820.24251160.186925272643
1.9082-1.94710.2321550.18225332688
1.9471-1.98950.23721430.184325072650
1.9895-2.03580.22151460.168425372683
2.0358-2.08670.18751510.157825322683
2.0867-2.14310.17481070.159225432650
2.1431-2.20620.19031470.159125742721
2.2062-2.27740.19521310.157925382669
2.2774-2.35880.16751430.161625482691
2.3588-2.45320.19991300.159725772707
2.4532-2.56480.20221530.166225792732
2.5648-2.70010.21831430.16325532696
2.7001-2.86920.19011490.172525942743
2.8692-3.09070.20891270.164425842711
3.0907-3.40170.16961390.152926192758
3.4017-3.89370.17711440.140226492793
3.8937-4.90490.15391520.13426812833
4.9049-48.74670.17411390.18328713010
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.91391.1735-2.00980.5812-0.96163.35950.08790.26590.3628-0.03160.03720.2226-0.161-0.5484-0.13620.1481-0.005-0.02010.1922-0.01150.165-4.474718.147199.8721
22.129-0.35640.45681.627-1.16663.0557-0.00620.1593-0.0367-0.0835-0.04050.02460.15970.01220.04720.1406-0.0310.01180.1308-0.01180.104911.02548.055695.7666
31.0246-0.3027-0.20350.68260.58360.61450.0190.05110.0447-0.06560.0075-0.0384-0.03520.0359-0.02530.1471-0.02410.00660.14430.00690.149820.191913.1932105.3745
41.39840.81633.62651.29362.59099.7470.02090.10460.0556-0.03480.0493-0.0703-0.23210.5214-0.04030.1054-0.05220.0310.17450.00210.156129.178519.4823115.7999
51.2951-0.26560.14990.3506-0.11990.8541-0.0453-0.0237-0.0988-0.02580.02010.09790.0822-0.17080.01790.1247-0.03970.00750.1353-0.00810.11284.980510.5872109.3094
66.62322.1071-1.90491.391-0.27744.2722-0.00180.0482-0.0288-0.0108-0.14030.28170.4132-0.60610.10350.1753-0.0593-0.01830.2206-0.02850.1454-7.52538.5211108.3384
71.4707-0.8555-1.37860.63680.46091.8373-0.11820.0813-0.14240.0159-0.0130.09670.2895-0.18850.14260.1888-0.0794-0.00940.1984-0.00810.1417-1.98943.968105.9908
82.11791.1687-1.74751.66-2.93296.7295-0.11490.2574-0.2154-0.45940.0324-0.00950.9094-0.28640.06030.3086-0.06960.01780.2004-0.0670.18088.0459-0.831583.7163
95.86530.10270.74264.33121.7675.38520.00440.4819-0.54210.0947-0.24950.3930.5635-0.58770.26940.4358-0.25440.02670.4186-0.0860.229-3.2822-4.150786.7763
103.8374-0.2526-1.29112.89012.17936.0962-0.06780.0424-0.23260.05710.1461-0.27220.2710.215-0.09130.0802-0.0036-0.02110.0910.01770.167233.7745-20.789111.6746
110.46120.1227-0.25150.5894-0.07930.93820.0012-0.0002-0.04090.07530.00950.00630.06630.0093-0.00770.1592-0.0217-0.00530.1331-00.160222.0469-7.3846115.4249
129.0151.6214-6.22535.3999-2.90715.0699-0.24610.4181-0.3294-0.47790.0342-0.13560.41270.09450.23860.1546-0.002-0.00930.1669-0.01680.103927.4765.627396.0153
130.70330.4126-0.10851.7512-0.04640.4294-0.0019-0.0184-0.04810.0549-0.0037-0.29630.00830.19840.00560.0977-0.0122-0.01640.17420.00480.155438.5046-6.728110.681
149.79126.7756-7.90792.1477-6.69126.7096-0.09450.25220.12780.03680.2907-0.03270.04660.0671-0.16180.170.00830.02050.1611-0.02680.195725.3881-21.7446104.2834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )A2 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 86 )A27 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 131 )A87 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 132 through 155 )A132 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 196 )A156 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 197 through 217 )A197 - 217
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 218 through 252 )A218 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 253 through 280 )A253 - 280
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 281 through 294 )A281 - 294
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 6 through 22 )B6 - 22
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 23 through 110 )B23 - 110
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 111 through 127 )B111 - 127
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 128 through 239 )B128 - 239
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 240 through 253 )B240 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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