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- PDB-6cdm: Structure of vaccine-elicited HIV-1 neutralizing antibody vFP7.04... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cdm
タイトルStructure of vaccine-elicited HIV-1 neutralizing antibody vFP7.04 in complex with HIV-1 fusion peptide residue 512-519
要素
  • HIV fusion peptide (512-519)
  • vFP7.04 heavy chain
  • vFP7.04 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Neutralizing / antibody / fusion peptide / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.408 Å
データ登録者Xu, K. / Liu, K. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2018
タイトル: Epitope-based vaccine design yields fusion peptide-directed antibodies that neutralize diverse strains of HIV-1.
著者: Kai Xu / Priyamvada Acharya / Rui Kong / Cheng Cheng / Gwo-Yu Chuang / Kevin Liu / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Reda Rawi / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou ...著者: Kai Xu / Priyamvada Acharya / Rui Kong / Cheng Cheng / Gwo-Yu Chuang / Kevin Liu / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Reda Rawi / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Mangaiarkarasi Asokan / Robert T Bailer / Michael Chambers / Xuejun Chen / Chang W Choi / Venkata P Dandey / Nicole A Doria-Rose / Aliaksandr Druz / Edward T Eng / S Katie Farney / Kathryn E Foulds / Hui Geng / Ivelin S Georgiev / Jason Gorman / Kurt R Hill / Alexander J Jafari / Young D Kwon / Yen-Ting Lai / Thomas Lemmin / Krisha McKee / Tiffany Y Ohr / Li Ou / Dongjun Peng / Ariana P Rowshan / Zizhang Sheng / John-Paul Todd / Yaroslav Tsybovsky / Elise G Viox / Yiran Wang / Hui Wei / Yongping Yang / Amy F Zhou / Rui Chen / Lu Yang / Diana G Scorpio / Adrian B McDermott / Lawrence Shapiro / Bridget Carragher / Clinton S Potter / John R Mascola / Peter D Kwong /
要旨: A central goal of HIV-1 vaccine research is the elicitation of antibodies capable of neutralizing diverse primary isolates of HIV-1. Here we show that focusing the immune response to exposed N- ...A central goal of HIV-1 vaccine research is the elicitation of antibodies capable of neutralizing diverse primary isolates of HIV-1. Here we show that focusing the immune response to exposed N-terminal residues of the fusion peptide, a critical component of the viral entry machinery and the epitope of antibodies elicited by HIV-1 infection, through immunization with fusion peptide-coupled carriers and prefusion stabilized envelope trimers, induces cross-clade neutralizing responses. In mice, these immunogens elicited monoclonal antibodies capable of neutralizing up to 31% of a cross-clade panel of 208 HIV-1 strains. Crystal and cryoelectron microscopy structures of these antibodies revealed fusion peptide conformational diversity as a molecular explanation for the cross-clade neutralization. Immunization of guinea pigs and rhesus macaques induced similarly broad fusion peptide-directed neutralizing responses, suggesting translatability. The N terminus of the HIV-1 fusion peptide is thus a promising target of vaccine efforts aimed at eliciting broadly neutralizing antibodies.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vFP7.04 heavy chain
B: vFP7.04 light chain
C: HIV fusion peptide (512-519)
D: vFP7.04 heavy chain
E: vFP7.04 light chain
F: HIV fusion peptide (512-519)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9696
ポリマ－96,9696
非ポリマー00
水6,323351
1
A: vFP7.04 heavy chain
B: vFP7.04 light chain
C: HIV fusion peptide (512-519)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4843
ポリマ－48,4843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
2
D: vFP7.04 heavy chain
E: vFP7.04 light chain
F: HIV fusion peptide (512-519)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4843
ポリマ－48,4843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.565, 61.034, 88.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain C
22chain F
13chain B
23chain E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPROPROchain AAA1 - 2131 - 218
21GLNGLNPROPROchain DDD1 - 2131 - 218
12ALAALAALAALAchain CCC512 - 5171 - 6
22ALAALAALAALAchain FFF512 - 5171 - 6
13GLYGLYGLUGLUchain BBB1 - 2131 - 218
23GLYGLYGLUGLUchain EEE1 - 2131 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 vFP7.04 heavy chain


分子量: 23720.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 vFP7.04 light chain


分子量: 24030.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV fusion peptide (512-519)


分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q2N0S5*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 30% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33013 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 0.767 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 113946
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.442.80.41215670.7980.2790.50.5995.7
2.44-2.492.90.37316140.840.2490.450.58897.6
2.49-2.532.90.35616280.8390.240.4320.5798.7
2.53-2.5930.34916100.8550.2330.4210.61199.5
2.59-2.643.10.34116640.8730.2260.4110.58299.8
2.64-2.73.30.34216270.8490.2250.4110.66100
2.7-2.773.40.3116610.8840.2010.370.657100
2.77-2.853.50.29716570.9170.1870.3520.706100
2.85-2.933.60.25716480.930.1590.3030.696100
2.93-3.023.70.25216380.9350.1540.2960.771100
3.02-3.133.70.22416420.9450.1350.2620.786100
3.13-3.263.70.18716480.9650.1140.220.823100
3.26-3.413.70.15416520.9750.0930.180.861100
3.41-3.583.70.12716760.9780.0770.1490.866100
3.58-3.813.70.10316500.9840.0620.120.84100
3.81-4.13.70.0916630.9870.0540.1050.959100
4.1-4.523.70.0716610.9930.0420.0820.973100
4.52-5.173.70.06216810.9950.0380.0720.864100
5.17-6.513.70.06516830.9940.040.0760.724100
6.51-503.50.05417430.9960.0340.0640.901100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BKY

3bky


解像度: 2.408→48.417 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 1565 4.74 %
Rwork0.1835 --
obs0.1853 32997 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.42 Å2 / Biso mean: 27.5734 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.408→48.417 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 0 351 7075
Biso mean---31.92 -
残基数----884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9119372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7244076
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1996X-RAY DIFFRACTION7.933TORSIONAL
12D1996X-RAY DIFFRACTION7.933TORSIONAL
21C36X-RAY DIFFRACTION7.933TORSIONAL
22F36X-RAY DIFFRACTION7.933TORSIONAL
31B1993X-RAY DIFFRACTION7.933TORSIONAL
32E1993X-RAY DIFFRACTION7.933TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4077-2.48540.28161230.22082662278593
2.4854-2.57420.25691660.20482813297999
2.5742-2.67730.26681290.204128682997100
2.6773-2.79910.25271320.202528562988100
2.7991-2.94670.26421360.193828953031100
2.9467-3.13130.23281650.189628162981100
3.1313-3.3730.20441510.172828773028100
3.373-3.71230.20471350.162528663001100
3.7123-4.24920.22551290.165528923021100
4.2492-5.35250.15961340.164129283062100
5.3525-48.4270.23061650.209629593124100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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