PDB-6c6x: Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c6x

タイトル

Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque.

要素

JC57-14 Heavy chain
JC57-14 Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / neutralizing / vaccine

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Importance of Neutralizing Monoclonal Antibodies Targeting Multiple Antigenic Sites on the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Spike Glycoprotein To Avoid Neutralization Escape.
著者: Wang, L. / Shi, W. / Chappell, J.D. / Joyce, M.G. / Zhang, Y. / Kanekiyo, M. / Becker, M.M. / van Doremalen, N. / Fischer, R. / Wang, N. / Corbett, K.S. / Choe, M. / Mason, R.D. / Van Galen, ...

履歴

登録	2018年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	6c6x_validation.pdf.gz	476 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c6x_full_validation.pdf.gz	491.7 KB	表示
XML形式データ	6c6x_validation.xml.gz	67.8 KB	表示
CIF形式データ	6c6x_validation.cif.gz	97.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c6x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6c6yC 6c6zC 4zptS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cfj-1 1jgl-d 6dwi-6 1mim-d 5i1i-d 1a6t-1 6n16-3 2hff-1 5xhf-1 5nbw-1 5ifa-d 2adi-d 1mam-d 6u6o-d 1l7i-d 6ute-2 6tcp-3 1ct8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

A: JC57-14 Heavy chain

B: JC57-14 Light chain

C: JC57-14 Heavy chain

D: JC57-14 Light chain

E: JC57-14 Heavy chain

F: JC57-14 Light chain

H: JC57-14 Heavy chain

L: JC57-14 Light chain

189 kDa, 8 ポリマー
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1

A: JC57-14 Heavy chain

B: JC57-14 Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, disulfide linked heterodimer
47.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: JC57-14 Heavy chain

D: JC57-14 Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: JC57-14 Heavy chain

F: JC57-14 Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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4

H: JC57-14 Heavy chain

L: JC57-14 Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.698, 129.804, 84.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN B AND (RESID 2 OR RESID 4 THROUGH 23...
2	1	1	(CHAIN D AND (RESID 2 OR RESID 4 THROUGH 23...
3	1	1	(CHAIN F AND (RESID 2 OR RESID 4 THROUGH 23...
4	1	1	(CHAIN L AND (RESID 2 OR RESID 4 THROUGH 23...

#1: 抗体	JC57-14 Heavy chain 分子量: 23724.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	JC57-14 Light chain 分子量: 23570.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 940 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.09 CHES pH 9.5, 18% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→50 Å / Num. all: 269908 / Num. obs: 103552 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.71
反射シェル	解像度: 1.99→2.07 Å / Num. unique obs: 7096

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZPT

4zpt

解像度: 1.99→41.28 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	5059	4.89 %
R_work	0.176	-	-
obs	0.178	103508	89.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→41.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12989	0	0	940	13929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.704	18129
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.994	7961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2070
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2310

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	B	3742	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	3742	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	F	3742	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	L	3742	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9899-2.0125	0.2799	57	0.2534	1013	X-RAY DIFFRACTION	28
2.0125-2.0362	0.2663	117	0.2368	2455	X-RAY DIFFRACTION	67
2.0362-2.061	0.2662	135	0.2218	2602	X-RAY DIFFRACTION	72
2.061-2.0871	0.2632	171	0.2181	2714	X-RAY DIFFRACTION	75
2.0871-2.1145	0.2553	141	0.2194	2834	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1145-2.1435	0.3037	148	0.2228	2997	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1435-2.1741	0.245	167	0.2186	3010	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1741-2.2066	0.2602	171	0.2116	3171	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2066-2.241	0.2479	169	0.207	3227	X-RAY DIFFRACTION	89
2.241-2.2778	0.2661	187	0.2104	3341	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2778-2.3171	0.2638	164	0.2047	3338	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3171-2.3592	0.2359	173	0.1991	3437	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3592-2.4046	0.2809	152	0.2015	3546	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4046-2.4536	0.2641	151	0.2013	3552	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4536-2.507	0.2468	180	0.1958	3511	X-RAY DIFFRACTION	97
2.507-2.5653	0.2353	174	0.1936	3571	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5653-2.6294	0.2645	171	0.1976	3579	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6294-2.7005	0.2195	175	0.2007	3659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7005-2.78	0.2388	175	0.1969	3574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.78-2.8697	0.2515	188	0.2012	3614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8697-2.9722	0.2564	189	0.1982	3594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9722-3.0912	0.2626	168	0.1872	3640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0912-3.2318	0.2035	162	0.1811	3606	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2318-3.4021	0.1867	197	0.1809	3583	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4021-3.6152	0.1999	215	0.1648	3575	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6152-3.8941	0.1699	174	0.1553	3582	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8941-4.2856	0.1976	171	0.1504	3607	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2856-4.9049	0.1607	233	0.1263	3506	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9049-6.1763	0.1626	200	0.1484	3532	X-RAY DIFFRACTION	96
6.1763-41.2926	0.1664	184	0.1666	3479	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3051	-1.9312	-0.588	4.6167	-0.5492	1.5643	-0.0392	0.3949	0.2339	0.3688	-0.2474	0.2086	-0.0532	0.2961	0.2376	0.1792	-0.0338	-0.0136	0.2179	-0.0155	0.2439	98.3834	-12.1818	27.2508
2	1.4855	0.6721	-0.7573	2.5548	0.0175	2.1197	0.1935	0.2613	-0.4177	-0.1492	-0.3553	0.1206	0.3525	0.1584	0.0959	0.2783	0.0246	-0.0269	0.2491	-0.064	0.3275	102.1571	-23.9552	29.2649
3	3.0164	-1.1267	0.4097	5.0959	-0.7883	3.2749	-0.1982	-0.0988	0.008	0.4778	0.0802	0.4995	-0.1064	-0.0365	0.0331	0.2459	0.0236	0.0785	0.2179	0.0077	0.2529	98.0011	-14.5422	38.3361
4	3.1771	0.2375	0.4764	6.7872	1.5486	3.8478	0.0678	-0.008	-0.9097	0.3281	0.3173	0.7972	0.2296	-0.4042	-0.1536	0.322	0.0252	0.0938	0.3266	0.0291	0.571	92.2614	-22.663	38.3415
5	2.2804	-1.8625	0.6982	4.4447	-1.0801	0.6274	0.2881	0.4318	-0.6953	-0.4162	0.0433	0.7857	0.2794	-0.1608	0.4791	0.2185	0.0338	-0.0569	0.2189	-0.1933	0.4359	93.5795	-21.9898	28.1578
6	2.156	-0.0404	0.4476	3.0581	-0.7863	1.3434	0.0001	0.1116	-0.1495	0.1665	-0.1586	0.2732	0.1033	0.1552	0.1326	0.2644	0.0113	0.0174	0.2355	-0.0568	0.2432	98.1211	-11.1085	33.4608
7	5.1956	0.5119	1.4306	2.9901	-1.1829	3.7284	-0.1807	0.3869	0.5462	-0.0537	0.187	-0.1386	-0.2182	0.3165	0.0116	0.2317	0.0288	-0.0264	0.2993	-0.0724	0.3867	113.5561	15.4112	28.4089
8	2.4276	0.4705	-0.0384	2.4093	0.2286	1.3249	-0.0063	-0.0724	0.6101	0.1078	0.0303	-0.0634	0.0714	-0.0299	-0.0039	0.197	0.0217	-0.0291	0.2083	-0.0088	0.2932	111.9785	7.9931	30.6211
9	4.1478	4.4521	1.4697	5.5606	1.1044	3.7377	-0.0259	0.7814	-0.4535	-0.1513	0.0772	-0.6301	0.1278	0.2606	-0.0983	0.2007	0.0389	-0.035	0.2601	0.0056	0.3081	116.9205	7.4602	23.0011
10	4.0352	3.8013	1.8812	4.0198	2.4399	2.3334	-0.3333	0.7111	-0.0981	-1.0305	0.4333	-0.4115	-0.2383	-0.2273	-0.1416	0.4007	0.0055	-0.0306	0.3786	0.0772	0.3154	115.5019	11.3278	19.604
11	3.6725	0.8992	0.1318	4.4304	-0.4203	2.6984	-0.224	0.2362	0.0616	1.2609	0.2538	0.1962	-0.6248	-0.3033	-0.0283	0.9519	0.0991	0.0784	0.5255	0.0271	0.3677	103.8153	-9.2568	57.8162
12	2.7429	0.1049	1.3864	3.2823	-0.3776	1.9227	-0.1053	-0.0948	-0.3609	0.6358	0.0776	-0.1537	-0.4102	-0.0597	-0.036	0.496	0.0477	0.0146	0.2462	0.0297	0.2597	107.3827	-18.7521	50.74
13	2.2859	0.1364	2.2025	3.2317	-0.4509	4.1503	-0.2184	-0.3261	-0.0952	0.8068	0.1478	-0.0022	-0.3403	0.0688	0.101	0.5274	0.1164	0.039	0.3247	-0.0086	0.2635	105.2729	-14.9498	53.7995
14	0.028	-0.1863	-0.0381	1.3021	0.2601	0.0488	-0.0461	-0.0206	0.0373	0.9167	-0.2013	-0.2771	0.337	0.6388	-0.6904	0.9755	0.0396	-0.5016	0.3788	-0.0221	0.5385	115.2695	4.7761	52.5164
15	7.5443	-1.0661	3.3816	2.7394	-0.6673	1.5481	0.3374	0.2828	-0.1822	-0.4523	0.0983	0.1497	0.2757	0.0106	-0.1239	0.3904	-0.0229	0.0227	0.3333	-0.0278	0.3087	111.4724	22.3295	27.7267
16	2.3908	-1.1054	1.7651	2.8972	-2.2673	5.1068	0.2109	-0.5381	0.0082	0.4595	0.1933	-0.02	0.3957	-0.2601	-0.5036	0.4277	-0.0408	-0.0953	0.3149	-0.0593	0.4037	111.7965	15.3448	42.2286
17	2.5787	-0.4618	0.5864	7.4802	-1.8914	3.9415	0.3132	-0.2968	-0.0476	0.6203	-0.0959	0.2167	0.0373	0.1411	-0.2764	0.417	0.0059	0.0203	0.3877	-0.0044	0.3091	109.278	16.4354	42.67
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20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 107 THROUGH 214 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 25 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'D' AND (RESID 26 THROUGH 75 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'D' AND (RESID 76 THROUGH 90 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'D' AND (RESID 91 THROUGH 101 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'D' AND (RESID 102 THROUGH 113 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'D' AND (RESID 114 THROUGH 128 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'D' AND (RESID 129 THROUGH 155 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'D' AND (RESID 156 THROUGH 174 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'D' AND (RESID 175 THROUGH 198 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'D' AND (RESID 199 THROUGH 214 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 17 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'E' AND (RESID 18 THROUGH 52 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'E' AND (RESID 53 THROUGH 82 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN 'E' AND (RESID 83 THROUGH 119 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN 'E' AND (RESID 120 THROUGH 134 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN 'E' AND (RESID 135 THROUGH 157 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN 'E' AND (RESID 158 THROUGH 203 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN 'E' AND (RESID 204 THROUGH 214 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN 'F' AND (RESID 1 THROUGH 25 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN 'F' AND (RESID 26 THROUGH 75 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN 'F' AND (RESID 76 THROUGH 90 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN 'F' AND (RESID 91 THROUGH 101 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN 'F' AND (RESID 102 THROUGH 113 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN 'F' AND (RESID 114 THROUGH 128 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN 'F' AND (RESID 129 THROUGH 144 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN 'F' AND (RESID 145 THROUGH 155 )
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48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN 'F' AND (RESID 189 THROUGH 214 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 82 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN 'H' AND (RESID 83 THROUGH 214 )
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN 'L' AND (RESID 102 THROUGH 113 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN 'L' AND (RESID 114 THROUGH 150 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN 'L' AND (RESID 151 THROUGH 188 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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