PDB-6brl: Crystal structure of a glutamate tRNA ligase from Elizabethkingia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6brl

タイトル

Crystal structure of a glutamate tRNA ligase from Elizabethkingia meningosepticum CCUG26117 in complex with its amino acid

要素

Glutamate tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Chryseobacterium / Flavobacterium / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of glutamyl-tRNA synthetase from Elizabethkingia anopheles and E. meningosepticum.
著者: Brooks, L. / Subramanian, S. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Myler, P.J. / Asojo, O.A.

履歴

登録	2017年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6brl.cif.gz	221.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6brl.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6brl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6brl_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6brl_full_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示
XML形式データ	6brl_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	6brl_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6brl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6brl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b1zC 2ja2S 2wmxS 4griS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vmk-4 6vmk-12 6vmk-16 6vmk-2 4cni-1 3pnv-1 6vmj-2 4cni-2 3b9k-1 5b37-2 6vmk-5 6vmj-1 5w0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate tRNA ligase

ヘテロ分子

59 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.260, 111.890, 130.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate tRNA ligase 分子量: 58626.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア) 株: CCUG 26117 / プラスミド: ElmeA.01348.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1T3HI54*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MCSG1 E10 (295949e10): 200mM Ammonium tartarate dibasic, 20% (w/v) PEG3350: ElmeA.01348.a.B1.PW38364 16.23 mg/mL, direct cryo: xxk4-10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月16日

放射

モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→35.854 Å / Num. obs: 43563 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.092 % / B_iso Wilson estimate: 31.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 17.75

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	6.175	0.572	3.21	3169	0.884	0.624	99.9
2.05-2.11	6.18	0.455	4.05	3099	0.901	0.496	100
2.11-2.17	6.146	0.367	5.01	3028	0.938	0.4	100
2.17-2.24	6.204	0.285	6.28	2903	0.966	0.311	100
2.24-2.31	6.153	0.242	7.39	2846	0.974	0.264	100
2.31-2.39	6.194	0.196	9.03	2771	0.981	0.214	100
2.39-2.48	6.156	0.159	10.82	2642	0.987	0.173	100
2.48-2.58	6.127	0.133	12.58	2561	0.991	0.145	100
2.58-2.7	6.145	0.111	15.18	2476	0.993	0.121	99.9
2.7-2.83	6.149	0.089	18.19	2368	0.996	0.097	100
2.83-2.98	6.107	0.072	22.09	2235	0.997	0.078	99.8
2.98-3.16	6.078	0.059	25.81	2154	0.997	0.065	100
3.16-3.38	6.031	0.049	30.89	2000	0.998	0.053	99.7
3.38-3.65	6.047	0.043	34.71	1883	0.998	0.046	99.8
3.65-4	6.016	0.038	38.31	1747	0.999	0.041	99.6
4-4.47	5.99	0.035	40.75	1573	0.998	0.038	99.6
4.47-5.16	5.945	0.033	41.25	1395	0.999	0.036	99.5
5.16-6.32	5.832	0.033	38.89	1217	0.999	0.036	99.2
6.32-8.94	5.711	0.031	41.16	944	0.999	0.034	98.8
8.94-35.854	4.971	0.029	40.94	552	0.999	0.032	95.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.31 Å	42.43 Å
Translation	5.31 Å	42.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PHENIX	(dev_2947)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GRI, 2JA2, and 2WMX

4gri

2ja2

2wmx

解像度: 2→35.854 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2139	1997	4.59 %
R_work	0.1683	-	-
obs	0.1705	43551	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.17 Å² / B_iso mean: 37.4443 Å² / B_iso min: 17.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→35.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3947	0	22	404	4373
B_iso mean	-	-	50.85	44.46	-
残基数	-	-	-	-	502

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0001-2.0501	0.2547	136	0.2128	2922	3058	100
2.0501-2.1055	0.2688	136	0.1997	2926	3062	100
2.1055-2.1675	0.2395	161	0.195	2918	3079	100
2.1675-2.2374	0.2295	134	0.186	2922	3056	100
2.2374-2.3174	0.2527	135	0.1817	2946	3081	100
2.3174-2.4101	0.2291	116	0.1815	2979	3095	100
2.4101-2.5198	0.2325	123	0.1748	2948	3071	100
2.5198-2.6526	0.2325	149	0.1813	2933	3082	100
2.6526-2.8187	0.2642	153	0.1866	2950	3103	100
2.8187-3.0363	0.2548	151	0.1898	2960	3111	100
3.0363-3.3416	0.239	162	0.1871	2982	3144	100
3.3416-3.8247	0.2137	130	0.1636	3004	3134	100
3.8247-4.8169	0.1659	147	0.1298	3037	3184	100
4.8169-35.8597	0.1724	164	0.1532	3127	3291	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0708	-0.6613	0.5793	1.6262	-1.0788	1.415	-0.0286	0.082	-0.0144	0.0342	0.0433	0.0653	-0.0428	-0.0453	-0.0294	0.1347	-0.0256	-0.0056	0.2167	-0.025	0.1922	30.847	100.655	40.589
2	0.1218	-0.6573	0.2075	4.6308	-1.1619	0.6145	0.0747	0.0297	0.0038	-0.1308	-0.1584	-0.0748	0.211	0.0344	0.0818	0.2639	-0.0205	-0.0104	0.2857	0.0088	0.2222	45.454	63.843	52.717
3	8.0167	3.1182	5.7641	1.9282	2.2005	4.1468	-0.0729	0.2652	-0.6263	-0.6178	0.2929	-0.1784	0.3366	-0.2937	-0.2152	0.5627	-0.1132	0.0518	0.6502	-0.0965	0.5524	35.314	93.298	44.043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:200 )	A	2 - 200
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 201:502 )	A	201 - 502
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 601:601 )	A	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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