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万見
- PDB-3pnv: V369M mutant of Glutamyl-tRNA synthetase from Mycobacterium tuber... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pnv
タイトルV369M mutant of Glutamyl-tRNA synthetase from Mycobacterium tuberculosis
要素Glutamyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / non-discriminating glutamyl-trna aminoacylation / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain 1 / Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #350 / Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain / : ...Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain 1 / Glutamate-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #350 / Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain / : / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / HUPs / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate--tRNA ligase / Glutamate--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kachalova, G.S. / Laurinavichiute, D. / Bartunik, H.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of the non-discriminating glutamyl-tRNA synthetase from Mycobacterium tuberculosis suggests minor role of anticodon recognition in tRNA(Gln) discrimination
著者: Laurinavichiute, D. / Bruning, M. / Shkolnaya, L.A. / Bourenkov, G.P. / Domanski, G. / Konarev, P. / Svergun, D. / Strizhov, N.I. / Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D.
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl-tRNA synthetase
B: Glutamyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2722
ポリマ－111,2722
非ポリマー00
水3,063170
1
A: Glutamyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6361
ポリマ－55,6361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutamyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6361
ポリマ－55,6361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.434, 210.346, 57.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glutamyl-tRNA synthetase / Glutamate--tRNA ligase / GluRS


分子量: 55635.758 Da / 分子数: 2 / 変異: V369M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: gltS, gltX, MT3070, MTV012.06c, Rv2992c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: P0A636, UniProt: P9WFV9*PLUS, glutamate-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200mM Ammonium Acetate, 15% (W/V)PEG4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 72028 / Num. obs: 69795 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3631 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ja2

2ja2


解像度: 1.95→10.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 8.168 / SU ML: 0.229 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31578 3603 5 %RANDOM
Rwork0.27242 ---
obs0.27464 67945 96.92 %-
all-70104 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å20 Å2-3.28 Å2
2---2.13 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7517 0 0 170 7687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.96310469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7355964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3622.88368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.232151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9591578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.23523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.25217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.54923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17327707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61133083
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4084.52762
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 249 -
Rwork0.383 5007 -
obs--98.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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