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- PDB-6blw: Zinc finger Domain of WT1(+KTS form) with M342R Mutation and 17+1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6blw
タイトルZinc finger Domain of WT1(+KTS form) with M342R Mutation and 17+1mer Oligonucleotide with Triplet GGT
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')
  • Wilms tumor protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex Wilms tumor suppressor protein zinc-fingers / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / Nephron development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / gonad development / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / podocyte differentiation / double-stranded methylated DNA binding / cardiac muscle cell fate commitment / hemi-methylated DNA-binding / mesenchymal to epithelial transition / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / germ cell development / vasculogenesis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / cellular response to cAMP / kidney development / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type ...Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Wilms tumor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.835 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Role for first zinc finger of WT1 in DNA sequence specificity: Denys-Drash syndrome-associated WT1 mutant in ZF1 enhances affinity for a subset of WT1 binding sites.
著者: Wang, D. / Horton, J.R. / Zheng, Y. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2017年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wilms tumor protein
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,86312
ポリマ－26,2613
非ポリマー6029
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.552, 95.572, 83.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-629-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Wilms tumor protein / WT33


分子量: 15228.576 Da / 分子数: 1 / 変異: M342R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WT1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P19544

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量: 5669.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 5362.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 80分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 30% PEG 300 0.1M CHES:NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.835→29.7 Å / Num. obs: 21595 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 32.7 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.835→1.92 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.937 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1764 / CC1/2: 0.909 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 80.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.835→29.691 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1079 5.01 %
Rwork0.2221 --
obs0.2233 21595 94.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.835→29.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数863 673 26 71 1633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5232358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.261863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8354-1.88130.411930.36351683X-RAY DIFFRACTION59
1.8813-1.93210.40811250.3642357X-RAY DIFFRACTION81
1.9321-1.9890.39271320.33952561X-RAY DIFFRACTION88
1.989-2.05320.32451480.33662761X-RAY DIFFRACTION95
2.0532-2.12650.30811590.30912874X-RAY DIFFRACTION99
2.1265-2.21160.31791520.29052896X-RAY DIFFRACTION100
2.2116-2.31230.23531500.28382907X-RAY DIFFRACTION100
2.3123-2.43410.3351510.28292902X-RAY DIFFRACTION100
2.4341-2.58650.32021530.25972932X-RAY DIFFRACTION100
2.5865-2.78610.28861570.26882884X-RAY DIFFRACTION100
2.7861-3.06620.2911470.27562926X-RAY DIFFRACTION100
3.0662-3.50930.20541560.19832901X-RAY DIFFRACTION100
3.5093-4.4190.21521500.17872923X-RAY DIFFRACTION100
4.419-29.69490.20761540.18032893X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3512-0.47370.33541.0192-0.23680.43320.3158-0.3579-0.19780.3615-0.4444-0.37040.2019-0.68360.00070.4418-0.16850.03040.76450.10950.4348-12.5749-10.109630.4837
22.22251.94360.00537.5165-3.0341.58840.11830.2342-0.38190.2033-0.4847-0.3867-1.3161-1.1785-0.61390.46520.09720.04840.8128-0.12720.3112-18.6925-4.461524.9237
30.17310.4154-0.1161.32320.0810.6032-0.303-1.022-0.2720.16890.04170.2260.1189-0.8924-0.10390.48030.18440.13321.16580.00830.5251-27.1232-1.648816.8791
40.30250.2443-0.0520.1632-0.06430.16440.1772-0.51810.14060.04450.04890.44560.536-0.87660.00030.3589-0.01270.05360.69840.0640.4577-29.1073-3.98248.5063
50.53160.0488-0.17480.5572-0.0460.0566-0.1702-0.271-0.1423-0.05110.0614-0.02580.0762-0.237800.3429-0.03240.01780.424-0.01120.3494-19.2531-5.27053.2448
60.1432-0.11140.04350.38420.18620.17160.11750.5514-0.1424-0.2302-0.0689-0.37280.14520.10800.41970.02130.06630.4766-0.0230.448-9.8416-13.4687-5.4663
70.05960.0121-0.0170.08210.18890.17760.1496-0.2951-0.5312-0.0466-0.38130.82310.30710.2850.00020.39770.0198-0.00820.3519-0.0750.4948-8.3631-19.9254-0.1867
84.23570.7929-0.60180.2989-0.30890.3267-0.2851.24470.38371.23430.5972-1.0860.9259-1.09020.041.20690.24330.09081.1543-0.38220.7482-8.4761-22.8347-14.781
90.3362-0.00050.28550.0486-0.02920.2624-1.54290.72550.8376-0.1133-0.10520.1163-0.73510.6737-0.02510.96960.1330.15841.0494-0.18670.9292-10.2191-14.858-16.8258
100.25360.1411-0.15891.6616-1.04930.71740.0075-0.8885-0.10050.2914-0.8197-0.0280.1415-0.4123-0.6360.8194-0.19310.13120.4873-0.25130.4877-21.5821-31.7985-2.4905
111.4437-0.5612-0.40391.1667-0.90911.0382-0.1337-0.21120.017-0.141-0.0253-0.2449-0.1464-0.08220.00010.4551-0.0516-0.00140.4170.00450.4833-13.9261-10.787912.3153
120.12110.11140.00510.4725-0.2970.21490.258-0.0705-0.2180.0358-0.3146-0.4852-0.4993-0.8203-0.00010.4530.019-0.07060.4583-0.05860.432-12.14811.957715.5227
130.3555-0.19060.12480.101-0.06810.03740.3295-0.2664-0.3252-0.425-0.28250.09780.239-0.01240.00010.4373-0.0228-0.02820.35140.00580.4906-11.5472-16.35211.829
140.79340.0607-0.15160.1774-0.07240.10190.08570.1709-0.52770.0518-0.10540.13030.4231-0.91450.01830.5763-0.22040.02670.5091-0.09950.452-24.8553-22.97532.1647
152.1275-0.20661.3510.0213-0.12390.8661.3395-0.3994-0.1318-0.8962-0.6074-0.2245-0.0437-0.43810.11230.7986-0.21040.20950.4637-0.16970.5395-19.9156-28.9779-10.521
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 317 through 336 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 337 through 348 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 349 through 353 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 354 through 366 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 367 through 383 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 384 through 394 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 395 through 407 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 408 through 422 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 431 through 436 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 6 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 7 through 17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 6 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 7 through 11 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 12 through 16 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 17 through 18 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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