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万見
- PDB-2j98: Human coronavirus 229E non structural protein 9 cys69ala mutant (Nsp9) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j98
タイトルHuman coronavirus 229E non structural protein 9 cys69ala mutant (Nsp9)
要素(REPLICASE POLYPROTEIN 1AB) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SSB / HCOV / MEMBRANE / HELICASE / SARS COV / VIRAL REPLICASE / RNA REPLICATION / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / RIBOSOMAL FRAMESHIFT / RNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Replicase NSP9 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectin lyase fold/virulence factor ...Replicase NSP9 / Alphacoronavirus nsp1 domain superfamily / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectin lyase fold/virulence factor / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Replicase polyprotein 1a / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN CORONAVIRUS 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ponnusamy, R. / Mesters, J.R. / Moll, R. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Variable Oligomerization Modes in Coronavirus Non-Structural Protein 9.
著者: Ponnusamy, R. / Moll, R. / Weimar, T. / Mesters, J.R. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2006年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REPLICASE POLYPROTEIN 1AB
B: REPLICASE POLYPROTEIN 1AB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2103
ポリマ－24,0562
非ポリマー1541
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-10.9 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)26.396, 61.377, 107.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9975, -0.0703, -0.000359), (-0.06991, -0.9914, -0.1102), (0.007392, 0.11, -0.9939)
ベクター: 0.8273, 53.99, 265.3)

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要素

#1: タンパク質 REPLICASE POLYPROTEIN 1AB / PP1AB / ORF1AB POLYPROTEIN / NON STRUCTURAL PROTEIN 9 MUTANT


分子量: 12028.768 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3825-3933 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN CORONAVIRUS 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6U2, UniProt: P0C6X1*PLUS
#2: タンパク質 REPLICASE POLYPROTEIN 1AB / PP1AB / ORF1AB POLYPROTEIN / NON STRUCTURAL PROTEIN 9 MUTANT


分子量: 12026.752 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3825-3933 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN CORONAVIRUS 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6U2, UniProt: P0C6X1*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 3893 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 3893 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.08 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5 / 詳細: 0.1M NA ACETATE PH 4.6 30% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8075
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月18日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→30 Å / Num. obs: 17889 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / % possible all: 44.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKLSUITEデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZ8

1qz8


解像度: 1.8→53.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 7.371 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUES 1,2 AND 107,108 FROM CHAIN A, RESIDUES 1-4 FROM CHAIN B ARE DISORDERED.CHAIN A RESIDUES 55REMARK OCCUPANCIES SET TO ZERO. VIZIER. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUES 1,2 AND 107,108 FROM CHAIN A, RESIDUES 1-4 FROM CHAIN B ARE DISORDERED.CHAIN A RESIDUES 55REMARK OCCUPANCIES SET TO ZERO. VIZIER.VIRAL ENZYMES INVOLVED IN REPLICATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1125 6.7 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.218 15696 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→53.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 8 74 1687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.982184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9585202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39723.49263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.04415276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.52159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3820.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.071.51028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73521614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9213681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1534.5570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 83 -
Rwork0.246 1136 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1849-0.3797-0.02522.75280.14961.1411-0.0208-0.1631-0.19280.25070.02030.0170.14850.03530.0005-0.06480.0033-0.0188-0.07640.0118-0.07295.348618.4814147.0995
23.05740.0108-0.56442.5515-0.4271.40180.0326-0.02730.0621-0.1991-0.03780.0661-0.1426-0.0340.0052-0.05940.01-0.0251-0.076-0.0406-0.07756.322722.5195120.6709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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