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- PDB-6b0p: Zinc finger Domain of WT1(-KTS form) with 12+1mer Oligonucleotide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b0p
タイトルZinc finger Domain of WT1(-KTS form) with 12+1mer Oligonucleotide with 3' Triplet GGT
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
  • Wilms tumor protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex Wilms tumor suppressor protein zinc-fingers / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / Nephron development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / gonad development / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / podocyte differentiation / double-stranded methylated DNA binding / cardiac muscle cell fate commitment / hemi-methylated DNA-binding / mesenchymal to epithelial transition / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / germ cell development / vasculogenesis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / cellular response to cAMP / kidney development / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Wilms tumor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.077 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Role for first zinc finger of WT1 in DNA sequence specificity: Denys-Drash syndrome-associated WT1 mutant in ZF1 enhances affinity for a subset of WT1 binding sites.
著者: Wang, D. / Horton, J.R. / Zheng, Y. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2017年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Wilms tumor protein
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
A: Wilms tumor protein
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,79216
ポリマ－45,1446
非ポリマー64710
水5,819323
1
D: Wilms tumor protein
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8347
ポリマ－22,5723
非ポリマー2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
2
A: Wilms tumor protein
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9589
ポリマ－22,5723
非ポリマー3866
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.798, 84.402, 85.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 DA

#1: タンパク質 Wilms tumor protein / WT33


分子量: 14626.925 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 304-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WT1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P19544

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EBFC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 4112.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3832.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 333分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20% PEG 3350 0.03M Citric Acid 0.07M BiS-TRIS Propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.077→37.883 Å / Num. obs: 33923 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3354 / CC1/2: 0.851 / Rpim(I) all: 0.322 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.077→37.883 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 3201 5 %
Rwork0.1877 --
obs0.1896 33860 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.077→37.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1997 984 16 323 3320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5294493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8481766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0768-2.10780.31171320.2962536X-RAY DIFFRACTION95
2.1078-2.14080.33721370.25822617X-RAY DIFFRACTION100
2.1408-2.17590.29921390.26782673X-RAY DIFFRACTION100
2.1759-2.21340.28741410.26362642X-RAY DIFFRACTION100
2.2134-2.25360.28641420.26272651X-RAY DIFFRACTION100
2.2536-2.2970.321390.24822676X-RAY DIFFRACTION100
2.297-2.34380.32111390.2322603X-RAY DIFFRACTION100
2.3438-2.39480.25391420.22952664X-RAY DIFFRACTION100
2.3948-2.45050.29661390.21992707X-RAY DIFFRACTION100
2.4505-2.51180.24351320.21132631X-RAY DIFFRACTION100
2.5118-2.57960.23791430.21292652X-RAY DIFFRACTION100
2.5796-2.65550.24391400.20882630X-RAY DIFFRACTION100
2.6555-2.74120.24161390.19542680X-RAY DIFFRACTION100
2.7412-2.83920.24251500.20642639X-RAY DIFFRACTION100
2.8392-2.95280.31151350.20872664X-RAY DIFFRACTION100
2.9528-3.08710.22661450.20422658X-RAY DIFFRACTION100
3.0871-3.24980.24811410.19172631X-RAY DIFFRACTION99
3.2498-3.45330.20031430.17292655X-RAY DIFFRACTION99
3.4533-3.71970.18821390.1522614X-RAY DIFFRACTION99
3.7197-4.09360.2111350.16062676X-RAY DIFFRACTION100
4.0936-4.68510.18931400.15662652X-RAY DIFFRACTION100
4.6851-5.89910.18051280.13912664X-RAY DIFFRACTION100
5.8991-37.8890.15981410.15612650X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1774-0.88255.50031.1832-1.12214.0830.3050.73240.48640.012-0.4461-0.22960.51140.75320.17810.3259-0.0077-0.05290.4070.13430.4065-10.863333.651-59.3131
28.5501-0.9525-0.9055.62910.01335.08160.10880.71310.1380.1196-0.1060.69350.07350.00010.12630.26580.0052-0.04990.31720.1380.4822-11.167531.318-52.8866
34.35261.16871.61963.6820.18228.39740.6118-0.74280.67490.6821-0.1781-0.2309-1.1981.4976-0.34880.5193-0.25740.01180.6233-0.05730.3426-7.396529.3568-34.0589
47.10353.07-2.61278.807-4.52127.34410.3388-0.39640.63370.8752-0.21720.7715-1.46550.1225-0.14480.448-0.01320.01230.244-0.05560.3385-15.851825.6278-31.4235
59.01253.33310.10934.0820.36985.6012-0.1117-0.71270.40540.7343-0.07750.80580.0234-0.55350.13880.31220.10780.11210.33740.02930.3422-30.371715.8429-29.2819
63.78873.3414-3.33543.3486-2.16326.7279-0.0223-0.0892-0.1470.22120.25250.49860.2916-0.7376-0.22420.25020.02940.00810.33550.11730.3891-27.855812.5422-34.8492
70.81850.160.30641.39130.61490.89180.27770.26650.499-0.245-0.07220.7816-0.3333-0.1352-0.11120.32790.0546-0.00960.32670.19170.5762-20.360628.3641-43.4479
81.3146-1.50010.35056.877-3.93153.46630.39790.29740.35470.1551-0.31130.2935-0.4628-0.0087-0.14420.40680.04630.03320.32780.10130.4775-19.431927.2931-43.9931
90.31370.01930.38350.0809-0.1513.67520.0653-0.4858-0.59660.3088-0.346-0.21460.01750.372-0.24450.2485-0.00110.00890.30210.1230.4044-5.6697-7.4426-11.9275
105.39323.7933-2.01163.7556-0.54644.35630.0224-0.4301-0.30720.184-0.057-0.0445-0.0716-0.0070.05930.1851-0.0032-0.00110.16610.05630.2073-11.1907-3.0984-13.4516
117.171-4.2235-4.28762.67432.65662.68110.59971.1435-0.4366-0.194-0.50380.2647-0.2364-0.9331-0.04050.24910.0346-0.03690.38930.01730.2842-26.498.0668-16.7056
125.2954-1.7423-1.74956.29623.01925.76890.30680.1853-0.09770.1169-0.3824-0.3193-0.2144-0.1572-0.01540.2982-0.03770.03310.2187-0.00540.3252-25.72379.8816-9.8667
131.35030.4119-2.66431.86210.2015.89120.0558-0.6598-0.30310.413-0.11960.35980.8109-0.9350.18150.4171-0.13540.07020.64240.02140.2298-29.116511.07028.7217
144.84961.4517-0.24994.76591.03739.5426-0.0099-1.0691-0.40660.486-0.0121-0.23820.4905-0.0897-0.06310.38120.00320.06080.4060.05050.2677-20.553414.610511.418
158.31924.38651.08285.42340.55253.90640.3363-1.304-0.18720.6147-0.3614-0.58070.12150.55210.01870.35480.0602-0.03020.5324-0.05290.3197-7.896226.054513.5593
167.68933.09884.66918.35712.9636.7055-0.32170.80690.2064-0.31920.3537-0.3863-0.01770.76840.06370.25610.05530.02070.3887-0.06340.3332-8.583829.11775.0104
170.93370.04551.01933.3292-0.97361.26930.33590.0489-0.2206-0.5169-0.3829-0.36420.15430.08230.03520.27620.02540.04740.2579-0.03540.2893-16.841212.6676-0.2335
183.3277-2.7134-0.50833.30762.44083.31430.2894-0.23680.19420.0856-0.2861-0.42290.1298-0.1442-0.03630.32830.01420.03760.3114-0.02160.2428-17.627713.3748-1.1854
193.68142.49511.36734.63111.48854.44480.0476-0.20550.63760.3561-0.21350.45730.0364-0.2241-0.07720.1788-0.00170.02190.2515-0.02670.3162-32.558846.4484-54.773
202.323.75373.14889.16724.00085.22140.096-0.13870.03310.24310.0144-0.3140.20130.0863-0.21040.1353-0.0011-0.00940.1427-0.02120.2079-26.620342.8875-56.2842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 349 through 358 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 359 through 378 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 379 through 394 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 395 through 406 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 407 through 416 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 417 through 436 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 13 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 2 through 13 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 319 through 328 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 329 through 348 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 349 through 358 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 359 through 378 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 379 through 394 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 395 through 406 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 407 through 424 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 425 through 436 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 2 through 13 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 2 through 13 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 319 through 328 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 329 through 348 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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